dpb/doc/桃育种系统功能规划（分层路线图）.md

# 桃育种数字化管理系统 · 功能规划（分层路线图）

> **版本**：v1.1（功能规划总纲，新增 L4 前瞻 / V4.0 远景 AI 前瞻规划图层）  
> **日期**：2026-07-29  
> **定位**：顶层功能规划与推进顺序。字段级规格见 `桃育种系统模块扩展需求规格.md`（v1.8 §3）；业务背景与10阶段 SOP 见 `桃育种系统业务功能规划报告.md`（2026-07-28）。  
> **本期目标**：把"按层级、基础优先、顺序推进"的功能全貌梳理清楚；**一期范围已定**（基础数据/种质/育种流程 + 统计一期 2 个最基础：EBV/BLUP 与配合力 GCA/SCA，2026-07-28 菜单确认），本文给出依赖拓扑顺序与优先级，并在 §5.2 标注一期统计落点、在 §八 给出波次↔版本映射。  
> **状态**：纯规划文档，未触碰任何代码。

---

## 一、规划原则

1. **分层、基础优先**：下层是上层的地基，下层不稳上层无用。严格按 L0→L4 推进，禁止跳层（如没建好性状字典/系谱就去跑 ABLUP）。
2. **依赖拓扑而非固定时间表**：推进以"前置依赖是否满足"为准，不硬性绑死月份。本文用"波次"表达依赖顺序。
3. **公共基础跨组共享、作业数据按组隔离**（v1.8 团队隔离定稿）：性状字典/选择规则/种质/系谱 跨组共享；基地/地块/人员/育种流程/统计 按课题组隔离（已由 `sys_dept=桃育种课题组` 落地机制）。
4. **统计与决策是地基不是补丁**：数据模型必须让统计引擎（R `sommer`/`lme4`）与 AI 决策直接消费，不"先堆数据再补分析"。
5. **数量遗传学计算 ≠ AI**（用户 2026-07-29 澄清，关键）：BLUP/配合力/遗传力/选择指数是**数量遗传学计算**，归统计决策层，**不得称 AI**；只有 ML 辅助与 DL/大模型才算 AI（见 §6）。
6. **国际对齐**：数据模型按 BrAPI / MIAPPE / Crop Ontology / FAO-MCPD 设计，预留只读适配层。
7. **不确定不擅自动手**：枚举取值/数据来源/导入列等未与业务方对齐前，只规划不落地（遵循既定协作准则）。

---

## 二、功能分层架构（全貌）

```
┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│  L4  AI 增强层（智能化三层，§6）                                              │
│      L4-2 ML辅助(随机森林预测SCA/物候预测) │ L4-3 DL+大模型(图像识别/LLM顾问)  │
│      └─ 分子基因型层（GS/GBLUP/H矩阵）作为 L4-2 的量化引擎（V2.0 地基先建）    │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  L3  统计决策层（数量遗传学计算，非AI，§5）                                   │
│      统计计算 / MET多年多点 / 配合力 / ABLUP·EBV / 遗传力 / 选择指数 /          │
│      选择强度 / 决策支撑 / 育种报告 / 图形分析                                │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  L2  育种流程层（按课题组隔离，§4，10 阶段）                                 │
│      目标→组合选配→杂交授粉→种子处理→育苗→定植→单株鉴定→评价筛选→          │
│      优系复选(扩繁)→品种保护(DUS)→品种登记                                  │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  L1  基础数据层（跨组共享，§3）                                              │
│      种质资源 / 性状字典 / 选择规则 / 试验基地 / 试验地块 / 育种人员 /        │
│      育种目标                                                                │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  L0  系统底座层（公共能力，§2，必须先就位）                                  │
│      RBAC+部门隔离 / 数据字典 / 操作审计 / 文件照片 / 统一编号 /              │
│      定时任务 / BrAPI只读适配层                                              │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
```

**依赖方向**（单向向上，禁止回跳）：
- L0 必须先于一切；
- L1 依赖 L0（字典/编号/隔离）；
- L2 依赖 L1（种质/性状/人员/基地）；
- L3 依赖 L2 的数据 + L1 的性状字典 + 统一性状值视图；
- L4 依赖 L3 的 EBV/指数（AI 决策消费育种值）+ L2 的基础数据/文档（LLM 阅读）。

---

## 三、L1 基础数据层（跨组共享，公共地基）

> 所有课题组共用同一套标准与资源库；隔离机制下"跨组共享"由 v1.8 边界保证。

| # | 功能 | 表/机制 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1.1 | 种质资源（含护照块/系谱串/克隆晋升/世代） | `breeding_germplasm`（§4 字段强化） | P0 | ✅已落地(基础字段) | L0 |
| 1.2 | 性状字典（含 ontology_uri / valid_min-max，yz.sql 种子） | `breeding_trait`（§3.1） | P0 | ⏳待建表 | L0 |
| 1.3 | 选择规则（阈值/指数条件，可引用 EBV） | `breeding_selection_rule`（§3.11） | P1 | ⏳待建 | L0 |
| 1.4 | 试验基地（坐标/土壤，空间 BLUP） | `breeding_site`（§4 字段强化） | P0 | ✅已落地(基础字段) | L0 |
| 1.5 | 试验地块（区块网格） | `breeding_plot` | P0 | ✅已落地 | L0 |
| 1.6 | 育种人员花名册 | `breeding_personnel` | P0 | ✅已落地 | L0 |
| 1.7 | 育种目标（主数据） | `breeding_target` | P0 | ✅已落地 | L0 |
| 1.8 | 数据字典灌库（40 个育种枚举） | `sys_dict_type/data` | P0 | ⏳待灌 | L0 |
| 1.9 | 系谱可视化（crossing block 父/母本树） | `cross_combination.parent_combination_id` 自链 + 前端树图 | P1 | ⏳字段待补 | 1.1 |

**说明**：1.1/1.4/1.5/1.6/1.7 当前是 v1.0 阶段落地的基础字段版，统计引擎与系谱所需的高级字段（护照块、坐标、父/母本树、系谱链）需在对应波次补齐（见 §4/§5 字段强化，规格见 v1.8 §4）。

---

## 四、L2 育种流程层（按课题组隔离，10 阶段）

> 作业数据按组隔离；阶段间靠锚点 ID（germplasm_id / combination_code / tree_no）关联，不靠菜单嵌套。

| # | 阶段 | 功能 | 表/机制 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2.1 | 1 目标与组合 | 杂交组合选配（+cross_type/世代/选配理由/父母本） | `breeding_cross_combination`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | L1 |
| 2.2 | 2 杂交授粉 | 授粉管理（+父/母本树 crossing block） | `breeding_pollination`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.1 |
| 2.3 | 3 种子处理 | 种子处理 + 种子批库存链 | `breeding_seed_treatment` + `breeding_seed_lot`（§3.13） | P0/P1 | ✅处理已落地 / ⏳seed_lot待建 | 2.1 |
| 2.4 | 4 杂种苗培育 | 育苗管理（+seed_lot_id 溯源） | `breeding_seedling`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.3 |
| 2.5 | 5 田间定植 | 定植（+rootstock/entry/trial_study/block/seed_lot/propagation 双路径） | `breeding_planting`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.4 |
| 2.6 | 6 单株鉴定 | 单株评价（+trial_study_id/crop_load 协变量） | `breeding_tree_evaluation`（§4，混合固定列） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.5 |
| 2.7 | 6 单株鉴定 | 育种单株（克隆晋升链路/两类树区分） | `breeding_tree`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.5 |
| 2.8 | 6 单株鉴定 | 单株照片（+observation_id） | `breeding_tree_photo`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.6 |
| 2.9 | 6 单株鉴定 | 扩展观测（物候/临时性状 EAV） | `breeding_observation`（§3.2，显式FK/status） | P0 | ⏳待建 | 2.6 |
| 2.10 | 6 单株鉴定 | 农事操作 | `breeding_field_operation`（§3.3） | P0 | ⏳待建 | 2.5 |
| 2.11 | 7 评价筛选 | 选育结果（+rule_id/阶段流转/审批） | `breeding_selection_result`（§4） | P0 | ✅已落地(基础) | 2.6 |
| 2.12 | 8 优系复选 | 克隆扩繁（入选株→克隆种质→扩繁→新树闭环） | `breeding_propagation`（§3.8） | P1 | ⏳待建 | 2.11 |
| 2.13 | 8 优系复选 | 分组/标签（family 虚拟/category 复用 variety_type） | `breeding_group`+`member`（§3.5） | P1 | ⏳待建 | 2.7 |
| 2.14 | 9 品种保护 | DUS 测试证据包 + 品种权档案 + 年费状态 | 字段已含 audit_type/annual_fee；DUS 证据包待建模 | P2 | ⏳待建 | 2.11 |
| 2.15 | 10 品种登记 | 区域试验 + 登记状态流转 | `breeding_target` 关联；区域试验待建模 | P2 | ⏳待建 | 2.14 |
| 2.16 | 全程 | 批量表型导入（EAV 主数据入口，单位换算/单元解析） | observation 批量通道（§6） | P1 | ⏳待建 | 2.9 |
| 2.17 | 全程 | 移动端 PWA 离线采集 + 相机直拍 | UniApp（框架已有） | P2 | ⏳待建 | 2.6 |

**关键约束**：2.9/2.10 的 `observation`/`field_operation` 必须与 2.6 的 `tree_evaluation` 通过"统一性状值视图"归一（§5），否则统计引擎断链。

**数据接入策略（一期，2026-07-29 定）**：系统数据入口为 Excel 导入。一期先做"性状记录"类导入模板——以果树所 `yz.sql` 桃性状种子（pa_four~40 字段）为蓝本，对应表型模块（tree_evaluation 等），配字段映射 + 校验规则；其余表（系谱/杂交组合/种子处理等）的导入模板待对应功能模块完备后再分批提供，不一次性全做。数据接入落位见 `桃育种系统规划对照总表.md`。

---

## 五、L3 统计决策层（数量遗传学计算，非 AI，§5）

> **本层全部归"数量遗传学计算"，不叫 AI**（用户澄清）。按"地基→计算→决策"再细分。

### 5.1 统计地基（必须先建，否则引擎无输入）
| # | 功能 | 表/机制 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3.1 | 统一性状值视图（固定列+EAV 归一，克隆重复测量聚合） | `v_trait_value` 视图/服务（§4 末尾，A6） | P0 | ⏳待建 | 2.6/2.9 |
| 3.2 | MET 结构（trial/study/study_entry/treatment/planting_treatment） | `breeding_trial`+`trial_study`+`study_entry`(§3.4)+`treatment`(§3.14)+`planting_treatment`(§3.15) | P1 | ⏳待建 | 2.5 |
| 3.3 | 环境因子（G×E 协变量） | `breeding_environment_condition`（§3.9） | P1 | ⏳待建 | 1.4 |
| 3.4 | 系谱 A 矩阵（pedigree 解析） | `germplasm.pedigree` 解析服务（§5 B9） | P1 | ⏳待建 | 1.1/1.9 |
| 3.5 | 审计切面（晋级审批轨迹） | `breeding_audit_log`（§3.10，Service 通用切面） | P1 | ⏳待建 | L0 |

### 5.2 统计计算（R sommer/lme4 桥接）

> **一期统计落点（2026-07-29 定）**：一期随基础数据/育种流程同期，先落地最基础的 2 个统计产品——**3.10 ABLUP·EBV（育种值）** 与 **3.9 GCA/SCA 配合力**；遗传力/选择指数/G×E 列入后续波次，不阻塞一期交付。

| # | 功能 | 方法 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3.6 | 描述统计 + 异常值检测 | Python/Pandas/Scipy | P0 | ⏳待建 | 3.1 |
| 3.7 | 方差分析 / GLMM | R lme4/sommer | P0 | ⏳待建 | 3.1/3.2 |
| 3.8 | 性状相关 + PCA | Python Sklearn/Scipy | P0 | ⏳待建 | 3.1 |
| 3.9 | GCA/SCA 配合力（非平衡 REML） | R sommer（Griffing 方法4） | P1 | ⏳待建 | 3.1/3.4 |
| 3.10 | ABLUP 育种值 EBV（系谱 A 矩阵） | R sommer | P1 | ⏳待建 | 3.1/3.4 |
| 3.11 | 遗传力 h²/H² | R sommer | P1 | ⏳待建 | 3.10 |
| 3.12 | 育种值持久化（趋势图/双轨选择/亲本决策读） | `breeding_prediction`+`breeding_prediction_value`（§3.12，值表前移） | P1 | ⏳待建 | 3.10 |
| 3.13 | 选择强度链（获种→成苗→定植→入选） | seed_lot→seedling→planting→tree→selection_result 计数 | P1 | ⏳待建 | 2.3/2.11/3.5 |
| 3.14 | 多环境联合 G×E（AMMI/Eberhart-Russell） | R sommer（FA 结构） | P1/P2 | ⏳待建 | 3.2/3.3 |

### 5.3 决策支撑与输出
| # | 功能 | 机制 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 3.15 | 选择指数（Smith-Hazel 多性状 / 约束指数） | Python numpy（遗传相关） | P1 | ⏳待建 | 3.10/3.11 |
| 3.16 | 规则驱动自动 flag/晋级预览 | `selection_rule` 对表型/EBV 求布尔（§5 B10） | P1 | ⏳待建 | 1.3/3.12 |
| 3.17 | 图形分析（分布/PCA/BLUP/指数图） | ECharts 前端 | P2 | ⏳待建 | 3.6–3.12 |
| 3.18 | 育种报告（年度 Word/PDF，docx/pdf 导出） | `breeding_report`+生成服务（§3.6，v1.7 进一期） | P2 | ⏳待建 | 3.6–3.16 |
| 3.19 | 超期预警/通知（树 N 年未决策） | cron + selection_rule（工程项，§5 ⑪） | P2 | ⏳待建 | 2.11 |

**对照 V2.11 方案书 8 痛点**：①缺失数据配合力→3.9(REML) ②方差非负→3.10(REML约束) ③A矩阵 Shrinkage→3.4/3.10 ④G×E→3.14 ⑤多性状指数→3.15 ⑥预测未测组合→3.9(GCA) ⑦选择响应模拟→待 V2.0 ⑧可追溯→3.5/3.13。均被本层覆盖。

---

## 六、L4 AI 增强层（智能化三层，用户澄清）

> 按"智能化程度"分三层。⚠ L4-1 实际是 L3 的统计引擎，**不叫 AI**；只有 L4-2/L4-3 算 AI。

### L4-1 统计遗传学模型（数量遗传学计算，非 AI → 已在 §5）
- BLUP / 配合力 / 遗传力 / 选择指数。把遗传规律写成方程、用数据拟合参数。**归入 L3，不在此层重复列**。

### L4-2 机器学习辅助（AI 辅助，叠加在 L3 上）
| # | 功能 | 方法 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 4.1 | 特殊配合力预测（输入双亲 20 个表型特征） | 随机森林 / 梯度提升（学非线性，不假设加性） | P2 | ⏳待建 | §5 表型+系谱 |
| 4.2 | 物候/成熟期预测 | ML 回归（环境+历史） | P2 | ⏳待建 | 3.3/2.9 |
| 4.3 | 分子层地基（基因型表，先建表后分析） | `breeding_marker`+`genotype_sample`+`genotype_call`+`genotyping_dataset`（§3.7） | V2.0 | ⏳待建 | 1.1 |
| 4.4 | 基因组选择 GS / GBLUP / ssGBLUP（H 矩阵融合 A+G） | R BGLR/sommer（subprocess 隔离，不传染 Python） | V2.0 | ⏳待建 | 4.3/3.4/3.10 |
| 4.5 | GWAS / MAS | R GAPIT/FarmCPU | V2.0 | ⏳待建 | 4.3 |

> 分子层（4.3–4.5）是 L4-2 的量化引擎；GBLUP = BLUP 把 A 矩阵换 G 矩阵，H 矩阵融合 A+G（文档学习结论）。

### L4-3 深度学习 + 大模型（替代部分人工判断）
| # | 功能 | 实现 | 优先级 | 状态 | 依赖 |
|---|---|---|---|---|---|
| 4.6 | 图像表型识别（果径/着色/缺陷） | 工业相机 SDK + YOLO/PhenoCV | P3 | ⏳待建 | 2.8 |
| 4.7 | 育种知识库问答（内部品种档案 RAG） | Agno 智能体 + DeepSeek（框架已有） | P3 | ⏳待建 | L1/L2 数据 |
| 4.8 | LLM 自动生成杂交方案解释 | DeepSeek 阅读基础数据/文档 → 解释选配 | P3 | ⏳待建 | 2.1/1.1 |
| 4.9 | 分钟育种（输入目标→分钟级最优组合推荐） | LLM + 历史 GCA/EBV 检索 | P3 | ⏳待建 | 3.9/3.12 |

> L4-3 做的不是"育种计算"，而是"替代育种家的眼睛和笔"（图像识别替代肉眼、LLM 替代笔头报告/解释）。

### L4 前瞻 / V4.0 远景 —— AI 前瞻规划图层

> **定位**：在已定"智能化三层"（L4-1 统计模型归 L3 非 AI / L4-2 ML 辅助 / L4-3 DL+LLM）边界内，把 AI 能力往更远处推。以下**全部属于 AI**（绝不把 BLUP 算进来），且**属 V3.0+ / V4.0 占位，非一期**。不臆造具体字段/枚举/数据，待后续锁定范围再细化。全部建立在已规划地基（`v_trait_value`+EBV、分子层+GS、`sys_dept` 隔离、Agno+DeepSeek）之上。

**① 感知闭环（让数据"自己长出来"，反哺 L3 统计）**

| 能力 | 内容 | 对桃育种价值 | 架构挂钩 |
|---|---|---|---|
| 多模态 VLM 顾问 | 图（树/果/田）+ 文（系谱/环境）一起喂大模型，自动判果形/色泽/疵点、估单果重 | 识别结果回填 trait 值，闭合"识别→录入" | `tree_photo`/`fruit_trait` 已存在 |
| 自动化表型流水线 | 无人机/物联网/高光谱/LiDAR 连续采树冠、坐果量、成熟度 | 替代人工定点测量，数据密度↑→EBV 精度↑ | `observation` EAV 可承接 |
| 边缘 AI 实时质检 | 田间端侧模型实时分选/计数 | 采收/初选环节提速 | 独立边缘服务 |

**② 认知决策（让 AI 替你想、甚至替你做）**

| 能力 | 内容 | 价值 | 挂钩 |
|---|---|---|---|
| 生成式杂交设计 | LLM + 优化器，给定目标性状谱**主动提出**新组合（非仅解释已有） | 从"解释方案"升级到"设计方案" | `germplasm`/`cross_combination` |
| 贝叶斯主动学习试验设计 | AI 决定下一步测哪些组合/点，最大化信息增益 | 资源有限时育种效率最高 | `trial_study`/选择强度链 |
| 数字孪生 · 虚拟育种 | 用预测引擎向前模拟 N 代选择，预估遗传增益、优化配资源 | "种之前"看到结果，降低试错 | `breeding_prediction_value` |
| 多智能体 Agent（分钟育种落地） | Agno 多 agent：查数→跑统计→出报告→提组合→排试验，一条龙 | 定义的"分钟级育种"真正落地 | Agno+DeepSeek（V3.0） |
| 知识图谱 + 因果推断 | 种质—性状—标记—环境—文献—系谱成图，做**因果**而非相关 | 从"预测"到"为什么"，指导精准导入 | `marker`/`genotype_call`/文献库 |

**③ 协作与信任（让 AI 可用、可信、跨组）**

| 能力 | 内容 | 价值 | 挂钩 |
|---|---|---|---|
| 联邦学习 | 多课题组**不共享原始数据**联合训 GS 模型 | 完美契合 v1.8 `sys_dept` 隔离！跨组增益不破隔离 | `sys_dept` 隔离架构 |
| 可解释 AI（XAI） | SHAP / 注意力说明"为何推荐此组合" | 满足"可追溯"硬要求，育种家才敢用 | 决策审计链 |

**④ V4.0 远景（更远，占位）**
- **基因组基础模型**：桃专用 foundation model（类 Nucleotide Transformer/Evo），零样本估性状/调控。
- **因果基因定位 + 精准编辑**：GWAS→精细定位→因果变异→CRISPR 靶向（分子层延伸）。
- **机器人育种**：自动表型机器人、自动杂交机械臂（物理 AI）。

**规划纪律**
- 全部属"AI"（L4-2/3 及更上）；**BLUP/配合力/遗传力仍归 L3 数量遗传学计算，不贴 AI 标签**。
- 属 V3.0+ / V4.0 占位，非一期；一期仍只到"基础数据+流程+统计地基"。
- 不臆造具体枚举/字段/数据，待范围拍板再细化。

---

## 七、L0 系统底座层（公共能力，必须先就位）

| # | 功能 | 机制 | 优先级 | 状态 |
|---|---|---|---|---|
| 0.1 | RBAC 角色/权限 | 框架 sys_role（已配 USER 数据范围=本部门及以下） | P0 | ✅已落地 |
| 0.2 | 部门/课题组隔离 | `sys_dept=桃育种课题组`(id=2) + data_scope=2（v1.8 落地） | P0 | ✅已落地 |
| 0.3 | 数据字典管理 | `sys_dict_type/data`（40 育种枚举待灌） | P0 | ⏳待灌 |
| 0.4 | 操作日志审计 | 框架 sys_log + breeding_audit_log 切面（§3.10） | P0 | ✅系统级 / ⏳breeding切面待建 |
| 0.5 | 文件/照片管理 | 框架文件管理 / MinIO | P0 | ✅已落地 |
| 0.6 | 统一编号生成服务 | accession_no/combination_code/tree_no/trial_code/lot_code/batch_code 自动编号 | P1 | ⏳待建 |
| 0.7 | 定时任务 | APScheduler（超期预警/年费） | P1 | ⏳待建 |
| 0.8 | BrAPI 只读适配层 | `/brapi/v2/*` 只读映射现有表（§0 原则7，§6）；MIAPPE 元数据模板作为表型实验导入/导出规范（Investigation/Study/ObservationUnit/ObservationVariable） | P2 | ⏳待建 |
| 0.9 | 性能（统计引擎异步化） | R 引擎（sommer/lme4/AGHmatrix）走异步 job 队列（`breeding_statistics_job`），前端轮询/通知，避免阻塞 Web | P1 | ⏳待建 |
| 0.10 | 备份容灾 | PG 定时备份 + 种子数据（yz.sql/breeding_menu.sql/breeding_dict.sql）纳入 deploy 流程 | P1 | ⏳待建 |

---

## 八、推进顺序（依赖拓扑 = 波次）+ 时间线统一（波次↔版本）

> **说明**：波次表达"必须先做哪个"（依赖拓扑）；版本（V0.5~V4.0）表达"日历节奏"。二者经下方映射表对齐为一张可执行里程碑，**一期范围已定**（基础数据/种质/育种流程 + 统计 2 个最基础），不再以"以后再说"悬空。

| 波次 | 内容 | 覆盖条目 | 前置 |
|---|---|---|---|
| **波次 0** | 系统底座就位 | §7 全部（0.1–0.10，含字典灌库/编号服务/隔离/性能异步/备份） | 无 |
| **波次 1** | 基础数据闭环 | §3（1.1–1.9，含性状字典表/选择规则/系谱链）+ 数据接入性状导入模板 | 波次0 |
| **波次 2** | 育种流程核心（阶段1–7） | §4（2.1–2.11，含 observation/field_operation/seed_lot/批量导入） | 波次1 |
| **波次 3** | 统计地基 + 描述统计 | §5.1（3.1–3.5）+ §5.2 起步（3.6–3.8） | 波次2 |
| **波次 4** | 统计引擎（**一期 2 个**：配合力/ABLUP·EBV + 描述起步） | §5.2（3.9–3.12）+ §5.3 起步（3.15–3.16） | 波次3 |
| **波次 5** | 育种流程深化（阶段8–10） | §4（2.12–2.17，扩繁/分组/保护/登记/移动端） | 波次2 |
| **波次 6** | 决策输出与工程项 | §5.3（3.13–3.19，选择强度/图形/报告/预警） | 波次4 |
| **波次 7** | AI 增强（L4-2/L4-3） | §6（4.1–4.9，ML/分子/图像/LLM） | 波次4/波次5 |

**阶段—版本映射（时间线统一，2026-07-29 定）**

| 版本 | 周期(估) | 对应波次 | 交付内容 |
|---|---|---|---|
| V0.5 | 0–2 周 | 波次0–1 | 系统底座 + 基础数据闭环（性状字典/选择规则/系谱链）+ 数据接入性状导入模板 |
| V1.0 | 2–12 周 | 波次2 + 波次3 + 波次4起步 | 育种流程核心(2.1–2.11) + 统计地基(3.1–3.5) + **统计一期 2 个最基础：ABLUP·EBV + GCA/SCA 配合力** |
| V1.1 | 12–18 周 | 波次4剩余 + 波次6部分 | 遗传力/选择指数/EBV 持久化 + 育种报告 |
| V1.2 | 18–24 周 | 波次5部分 | 移动端 UniApp 田间采集 |
| V2.0 | 分子层 | 波次5深化 + §6(4.3–4.5) | marker/genotype_sample/genotype_call/genotyping_dataset + GS/GWAS/GBLUP |
| V3.0 | 品种保护+互操作 | §4(2.14–2.15) + §7(0.8 BrAPI/MIAPPE) | DUS/品种登记 + BrAPI 只读适配 + MIAPPE 元数据 |
| V4.0 | AI 前瞻 | §6(4.6–4.9) + V4.0 图层 | 触发条件 = 一期 Web 跑通真实数据 + 分子层 V2.0 与统计层 L3 数据积累到位后细化 |

**关键顺序纪律**：
- 波次 2 的 `observation`/`field_operation` 与波次 3 的"统一性状值视图"必须配套，否则波次 4 引擎无输入。
- 波次 4 的 `breeding_prediction_value`（EBV 持久化）必须在引擎首跑时建表，否则趋势图/双轨选择/亲本决策断链（v1.7 硬缺口①）。
- 分子层（4.3）地基可在波次 2 后任何时点先建表（不影响流程），但 GS 训练（4.4）必须等波次 4 的系谱 A 矩阵就绪。

---

## 九、优先级汇总（业务价值维度，非时间）

| 优先级 | 含义 | 代表功能 |
|---|---|---|
| **P0** | 地基/核心，无则系统不成立 | 系统底座、性状字典、种质、组合/授粉/种子/育苗/定植/单株鉴定/评价、统一性状视图、描述统计/ANOVA |
| **P1** | 重要，显著提升能力 | 选择规则、seed_lot、MET结构、环境因子、系谱A、配合力/ABLUP/EBV/遗传力、选择指数、扩繁、分组、审计切面、编号服务、定时任务 |
| **P2** | 增强/输出 | 图形分析、育种报告、G×E、移动端、超期预警、BrAPI适配、DUS/登记建模 |
| **P3 / V2.0 / V3.0** | 未来扩展 | ML辅助、分子层、GS/GWAS、图像识别、LLM顾问、分钟育种 |

---

## 十、待拍板 / 待确认

| # | 事项 | 状态 |
|---|---|---|
| 1 | **生成器机制**（内置生成器 plugin / 续 `_gen_*.py` / 全迁 plugin） | 已给推荐：统一到系统内置代码生成器（plugin 式），新模块即用 + 现有 14 择机迁移；待用户说"做" |
| 2 | **一期具体功能范围** | **已定**（2026-07-28 菜单确认）：基础数据/种质/育种流程 + 统计一期 2 个最基础（EBV/配合力） |
| 3 | 40 个育种枚举字典真实取值灌库 | 待与业务方对齐（可参考规划报告附录清单） |
| 4 | 真实课题组清单（未来多组扩展） | 当前仅桃组，机制已就位 |
| 5 | 历史数据迁移（4单株鉴定表.xlsx 等） | 待确认是否导入 |
| 6 | 统计引擎 R 环境部署（sommer/lme4/AGHmatrix） | 待确认部署方案 |
| 7 | 规划内部一致性 / 各层模块级 / 互操作 / 非功能 / 数据接入 / 时间线统一 | **2026-07-29 已全部定稿**（见规划对照总表.md + 本文 §八 映射 / §5.2 / §7 / §4 数据接入段） |

---

## 十一、与既有文档关系

- **本文 = 功能规划总纲（分层+顺序）**，是顶层视图。
- 字段级规格 → `桃育种系统模块扩展需求规格.md`（v1.9），本文 §3–§6 的"表/机制"列已指向其 §3/§4 具体字段；实施时以 v1.9 为准。
- **规划对照总表** → `桃育种系统规划对照总表.md`（2026-07-29 新增）：模块↔层(L0–L4)↔规格章节↔报告SOP↔是否一期↔数据表↔状态 的统一映射，三份文档交叉引用以此表为准。
- 业务背景/10 阶段 SOP/市场分析 → `桃育种系统业务功能规划报告.md`（2026-07-28），其第七/九节路线图被本文 §八 波次取代（按依赖而非按月份）。
- .team 隔离、统计决策缺口、智能化三层、AI 前瞻规划图层（V4.0 远景）等均已在本文体现（v1.8 / v1.9 / V2.11 对照 / 用户澄清）。

> **本文为纯规划文档，未触碰任何代码。** 待用户就"一期范围"与"生成器 A/B/C"拍板后，按波次顺序实施。