dpb/doc/桃育种系统规划对照总表.md

# 桃育种系统 · 规划对照总表

> **版本**：2026-07-29 新增  
> **定位**：统一三份文档（业务功能规划报告 / 分层路线图 v1.1 / 模块扩展需求规格 v2.11）的模块级映射，消除口头"指回§3/§4"。  
> **状态约定**：✅ 已落地(基础字段) ｜ ⏳ 待建(规划已定，待生成器落地) ｜ ⏳ 待灌(数据) ｜ — 引擎/端点(不建表)。**2026-08-04 追加**：① 统计引擎两轮 P0 已代码落地（G×E + 性状方向标注）；② 花粉档案 §3.19 落地（bre_pollen + 授粉窗口校验）；③ 选择指数升级为**无性系级聚合**（决策正确性，可靠加权聚合 + 自株退化 + 系级决选）；④ 配合力 GCA/SCA 支持**交配设计 `design_type`**（统计严谨：完全双列/部分双列/line×tester(NCII)/NCIII，`combining.solve` 按设计分支双因素模型 + 运行按设计过滤组合）；⑤ **统计严谨·MLOps 复现性**（① Smith-Hazel 遗传相关改 **Calo 可靠性校正** r_g=r_EBV/√(rel_i·rel_j)；② **PA 落库** pa=√reliability + 批次 accuracy 真 PA；③ **MLOps 溯源** data_version/input_hash/engine_version（同数据重跑哈希一致、改观测必变）；④ **germplasm_id 填充**（亲本级 EBV 查询可用）；⑤ **砧木字典扩列** 矮化类/砧穗亲和性；⑥ **空间竞争协变量** covariate=competition（Chebyshev 邻域株数，无坐标显式报错））；⑥ **组合得失漏斗 v_combination_funnel**（按组合汇总 花→果→种→苗→定植→树→入选 六级派生指标——结实率/出苗率/选择强度滚到组合层，配合力第一手证据，只读端点可查）；⑦ **分子育种「建数据能力」**（§3.7 四表落地：bre_marker / bre_genotyping_dataset / bre_genotype_sample（weld 补 sample_name）/ bre_genotype_call，全量 CRUD + Excel 导入导出 + **VCF 导入**（marker/sample 自动建号、GT 编码、幂等）+ **DNA 指纹防错**（无性系混杂检测，同源不一致/异源一致两类标记））；⑧ **精修项四连发**（① **DUS/品种保护「数据能力（三表）」** bre_dus_descriptor/test/observation + UPOV TG/53 桃描述符种子 15 条 + 菜单 900230 真实页与 G 段按钮 900800-900808；② **stage 感知** bre_trait.stage（童期/成株）驱动 BLUP/选择指数/决策预览的过滤与警示 + 批次 stage 落库；③ **k-fold 交叉验证外部验证** ABLUP+GXEBLUP 双支持（sire 家系分层留出、逐折容错，bre_cv_result/fold 落库，MLOps 溯源复用）；④ **按 site EBV 公平性报告** site 系统性偏差 deviation/flagged + 排名一致性 Spearman + G×E 模式）；⑨ **六项能力完善**（① **MT-BLUP 遗传相关**——成对双性状 REML（`mtblup.solve_bivariate`：y 堆叠 Var(u)=G0⊗A，Va/Ve 取单性状 REML、仅对 ρ 黄金分割求极大精确 REML），`run_genetic_corr` 逐对 bivariate 组装 G0 + Higham 半正定投影，落 `bre_genetic_corr_result`（job_type=GENCORR），Smith-Hazel 增 `g_method="mtblup"`（单对不收敛回退 Calo+warning、G 非正定特征值截断、`g_source` 落库可审计）；② **GBLUP/ssGBLUP 引擎**——`genomic.py`：VanRaden G method1/2 + MAF 过滤 + blend 岭；`solve_gblup` 仅基因型株、`solve_ssgblup` 单步法 H⁻¹=A⁻¹+[[0,0],[0,G⁻¹−A22⁻¹]] 且 **V 块用 H 协方差**；`run_gblup` 样本 tree 直连/名称兜底、未映射+多等位跳过+warning，落 PredictionModel(GBLUP/ssGBLUP)+EBV 行；③ **DUS 特异性统计检验**——QN LSD（t_crit 由 `fdist.f_icdf` 二分反解 F(1,df)）+ PQ/QL 状态众数、**必测描述符**驱动建议、参照=同 trial_study 自动 + 显式覆盖、落 `analysis_json` + conclusion 自动建议；④ **AMMI/Finlay-Wilkinson 稳定性**——FW 环境指数回归 b/R²/se_b/flag_stable（完美拟合 b≈1 判稳）、AMMI 残差 SVD→IPC/ASV/ecovalence、`run_stability` site/year 两维、格子 <2×2→409，落 `bre_stability_result`；⑤ **MLOps 重训+版本回滚**——`bre_prediction.is_active` 版本链（无 active 时首批 active）、`model/drift` 输入哈希漂移检测（轻量 `_gather_digest_inputs`）、`model/retrain` 漂移才重训+active 转移、`model/activate` 回滚原语；⑥ **BLUP stage 拆分**——`bre_trait_observation.stage` 观测级

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## 一、主表：模块 ↔ 层 ↔ 规格 ↔ SOP ↔ 一期 ↔ 数据表 ↔ 状态

| 模块 | 层 | 规格章节(v2.7) | 报告SOP阶段 | 一期 | 数据表 | 状态 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 种质资源 | L1 | §4 germplasm | 阶段1 | 是 | breeding_germplasm | ✅落地(基础+**s_alleles** S-等位基因，Sf=自交亲和型，2026-08-04) |
| 性状字典 | L1 | §3.1 | 阶段6 表型 | 是 | breeding_trait | ✅落地(基础+direction/into_ebv/default_h2+**抗病/需冷量 5 条 numeric 种子**：细菌性穿孔病/褐腐病/白粉病 0-5 级病情指数 + 需冷量 h + 需热量 GDD，into_ebv=1 进选种目标，2026-08-04；**产量构成/物候/品质/生长量/描述性状种子 19 条**：单株产量/果数/均果重/好果率/裂果率 + 盛花期/果实成熟期/落叶期 + 可溶性固形物/可滴定酸/固酸比 + 主干周长/树高/冠幅 + 果形/茸毛/离核/果皮底色/着色类型，2026-08-05) |
| 砧木字典 | L1 | — | 阶段6 表型 | 是 | breeding_rootstock | ✅落地(矮化类/砧穗亲和性；**G×R 随机互作** rootstock 由固定哑变量升随机效应槽，2026-08-04) |
| 选择规则 | L1 | §3.11 | 阶段7 评价 | 是 | breeding_selection_rule | ✅落地(方向感知 conditions_json) |
| 试验基地 | L1 | §4 site | 阶段5 | 是 | breeding_site | ✅落地(基础) |
| 试验地块 | L1 | — | 阶段5 | 是 | breeding_plot | ✅落地 |
| 育种人员 | L1 | — | 全程 | 是 | breeding_personnel | ✅落地 |
| 育种目标 | L1 | — | 阶段1 | 是 | breeding_target | ✅落地 |
| 系谱链（pedigree） | L1 | §3.18 | 阶段1 | 是 | breeding_pedigree | ✅落地(独立系谱表，dam/sire 递归闭环，clone+germplasm 统一覆盖，A 矩阵唯一权威，2026-08-04；**mating_recommend 亲缘矩阵多源解析**——显式系谱规范化名称反查权威 + `tree.germplasm_id` 直连 FK 兜底（唯一一致）+ BFS 祖先展开去重，kinship_status/warning 显式告警，2026-08-05) |
| 杂交组合 | L2 | §4 cross_combination | 阶段2 | 是 | breeding_cross_combination | ✅落地(基础+**S-等位基因交配兼容性校验**：任亲本含 Sf→放行、共享 2 个→409「配了不结」硬门禁、共享 1 个→s_compat 半兼容警示，2026-08-04；**同质自交门禁**：female==male → 409「自交组合请确认」（create/update 生效亲本统一，A3），2026-08-05) |
| 授粉管理 | L2 | §4 pollination（含 §3.19 关联） | 阶段2 | 是 | breeding_pollination | ✅落地(基础+pollen_lot_id/授粉方式/窗口校验，2026-08-04；**花粉来源父本一致性**：批次采集父本≠授粉声明父本→409（混合/外地批次放行，A1），2026-08-05) |
| 花粉档案 | L2 | §3.19 | 阶段2 | 是 | breeding_pollen | ✅落地(采集/贮藏/活力/有效期+available_lots，2026-08-04；**pollination 来源一致性消费** male_tree_id，2026-08-05) |
| 种子处理 | L2 | — | 阶段3 | 是 | breeding_seed_treatment | ✅落地(基础+**seed_lot_id 关联补链**（收种→种子处理，A4），2026-08-05) |
| 种子批库存 | L2 | §3.13 | 阶段3 | 是 | breeding_seed_lot | ✅落地(基础+超期预警接入+**pollination_id 关联补链**（授粉→收种，A4），2026-08-05) |
| 育苗管理 | L2 | §4 seedling | 阶段4 | 是 | breeding_seedling | ✅落地(基础) |
| 定植管理 | L2 | §4 planting | 阶段5 | 是 | breeding_planting | ✅落地(基础) |
| 单株评价 | L2 | §4 tree_evaluation | 阶段6 | 是 | breeding_tree_evaluation | ✅落地(基础) |
| 育种单株 | L2 | §4 tree | 阶段6 | 是 | breeding_tree | ✅落地(基础+**stage 自动设置**（create 按 breeding_generation 推断 juvenile/evaluation，A6），2026-08-05；**显式亲本 vs 组合父母本警示**：显式 dam/sire 偏离组合时返回体 warning「以显式为准」（不阻断，A2），2026-08-05) |
| 单株照片 | L2 | — | 阶段6 | 是 | breeding_tree_photo | ✅落地 |
| 扩展观测(EAV) | L2 | §3.2 | 阶段6 | 是 | breeding_observation | ✅落地(EAV 通用录入可挂 plot 级、obs_type numeric/text/date，900050；**germplasm 级观测**（bre_observation.germplasm_id 描述性数据入口，A3）+**EAV 校验**（numeric/date parse、valid_min/max 越界、同键重复 409，A5），2026-08-05) |
| 农事操作 | L2 | §3.3 | 阶段6 | 是 | breeding_field_operation | ✅落地(op_type 字典施肥/喷药/修剪/灌溉/疏果/套袋/采收，900051；**采收结构化入口** op_type=harvest 产量表单 yield_kg/fruit_count/avg_fruit_weight/marketable_rate，树级采收同步写统计性状观测、plot 级只留操作记录，A1，2026-08-05) |
| 选育结果 | L2 | §4 selection_result | 阶段7 | 是 | breeding_selection_result | ✅落地(基础；**晋级同步落系谱**——单株晋级 line/regional_trial/released 建种质时自动写 bre_pedigree（tree.dam/sire 回退组合亲本），跨代系谱链闭合，2026-08-05) |
| 克隆扩繁 | L2 | §3.8 | 阶段8 | 是 | breeding_propagation | ✅落地 |
| 分组/标签 | L2 | §3.5 | 阶段8 | 否(二期) | breeding_group / member | ✅落地(2026-08-05) |
| DUS/品种保护 | L2 | §8.17 台账 | 阶段9 | 否 | breeding_dus_descriptor / breeding_dus_test / breeding_dus_observation | ✅落地(数据能力三表 + UPOV TG/53 描述符种子，2026-08-04) |
| 区域试验/登记 | L2 | — | 阶段10 | 否 | (target 关联) | ⏳待建 |
| MET 试验结构 | L3 | §3.4 | 阶段5 | 否(二期) | breeding_trial / trial_study / study_entry | ✅落地(trial/trial_study/trial_study_entry 全模块，2026-08-05；**RCBD 试验设计深度**——`POST /statistics/trial-design` 按 block_count 均分 entry 到区组 + random.Random(seed) 组内随机可复现、`bre_trial_study_entry.block_no` 落库；`run_anova(block=True)` 设计基 ANOVA 析出区组效应 SS_block/F_block/p_block（method=ANOVA/H2/RCBD），A–F 六缺口·批2，v2.23，2026-08-05；**增广/α-格子设计深度**——augmented 对照 anchoring（check_germplasm_ids 每区组重复、block_no 不落库）+ 新品系 round-robin 均分区组；alpha 平方闭式格子（v=k² 直线构造、完全格子 r=k+1、k 素数完全平衡否则 balance_warning 保守告警）/ 一般 v 贪心可分解回退，block_no=rep*100+block 复合编码，A–F 六缺口·批4，v2.25，2026-08-05) |
| 环境因子(G×E) | L3 | §3.9 | 全程 | 否(二期) | breeding_environment_condition | ✅落地(2026-08-05) |
| 统一性状值视图 | L3 | §4 末尾 | 阶段6 | 是(视图) | v_trait_value | ✅落地(v_trait_value + /statistics/trait-values 长表查询，2026-08-04) |
| 描述统计 / ANOVA | L3 | §5 3.6–3.8 | — | 是(地基) | (引擎) | ✅落地(/describe 描述统计 + /anova/run ANOVA+H²，纯 numpy 零 R，2026-08-04) |
| **配合力 GCA/SCA** | L3 | §5 3.9 | — | **是(一期2个)** | (引擎 + prediction) | ✅落地(交配设计 design_type) |
| **育种值 EBV/ABLUP** | L3 | §3.12 / §5 3.10 | — | **是(一期2个)** | breeding_prediction / breeding_prediction_value | ✅落地(ABLUP+GXEBLUP+G×E，2026-08-03；**PA 落库**+**MLOps 溯源** data_version/input_hash/engine_version+**germplasm_id 填充**+**空间竞争协变量** covariate=competition+**stage 感知**（童期/成株过滤与警示、批次 stage 落库）+**k-fold CV 外部验证**（ABLUP/GXEBLUP 双支持，sire 家系分层留出，bre_cv_result/fold 落库）+**MT-BLUP 成对双性状遗传相关**+**GBLUP/ssGBLUP 基因组选择引擎**+**AMMI/Finlay-Wilkinson 稳定性**+**BLUP stage 拆分**（观测级 stage 过滤，model_name `_{stage}` 后缀）+**MLOps 重训/版本回滚**（is_active 版本链 + drift/retrain/activate 端点）+**G×R 砧木×接穗随机互作**（method=GXRBLUP，rootstock 升级第三随机效应槽、与 G×E 互斥、σ²gxr 落 note，2026-08-04）+**GS 专用 k-fold 交叉验证**（GBLUP/ssGBLUP 掩蔽留出 GEBV vs 表型实证 pearson，method=KFCV/GBLUP·KFCV/ssGBLUP，固定种子随机分层、G/H/Hinv 只建一次，`genomic.kfold_cv_genomic`，2026-08-04）+**AR1×AR1 空间协方差**（run_ablup(spatial=True) → method=AR1×AR1/model_name=SPATIAL_*，e~N(0,σ²e·R) R=AR1(ρ)⊗AR1(ρ) 纯 numpy eigh 求 R⁻¹、REML 对 (h²,ρ) 坐标上升黄金搜索、与 G×E/G×R 互斥、缺 row/col 坐标 409，blup 1.3.0，2026-08-04）+**稀疏 A⁻¹+共轭梯度**（n>N_SPARSE(1000) 阈值分派 solver=sparse-cg、`_build_ainv_sparse` COO + `_cg_solve` + Hutchinson k=100 可靠性近似、稠密路径零变化，2026-08-04）+**经典侧计算端点**（数据质量 data-quality IQR+MAD 异常诊断 / 遗传增益 genetic-gain ΔG=k·r_g·σ_A 逐轮投影 / 主动选配 mating-recommend S-等位硬过滤+亲缘惩罚，纯计算不建表，2026-08-04；**EBV 来源置信修复**——direct 亲本自身值优先、缺直接值回退「子代测验近似」显式标注+降权 0.5、双亲均缺的子代树剔除防双侧等权重复计、candidate_ebv/coverage/逐对旗标显式可查，2026-08-05；**离群值方向语义修复**——IQR/MAD 偏离株按 bre_trait.direction 双通道分流：同向偏离→`extreme_candidates` 极值候选（精英）/ 反向偏离→`outliers` 疑似录入错误（高值优的异常低值、低值优的异常高值），返回体加 direction/extreme_candidates/summary.n_extreme_candidates、outliers 只含反向株、前端双表+方向指示，2026-08-05）+**Type-B 多环境遗传力**（run_type_b_heredity：`mtblup.solve_bivariate` 把环境当"性状"逐对精确 REML、env_dim=site/year、落 `bre_type_b_result`、POST /statistics/type-b-heredity + GET /type-b/{id}）+**遗传相关 genetic 模式**（correlation mode=genetic 逐对 bivariate 组装 G0、pheno 分支逐字节不变、不落库）+**UPGMA 层次聚类**（POST /statistics/cluster 纯 numpy、输出 clusters/merges/order、不落库），2026-08-05）+**近交衰退分析**（POST /statistics/inbreeding-depression：`relationship_matrix` 的 F=A_ii−1（非近交树 F=0 兜底）+ trait 树级表型均值 → numpy lstsq 回归 phenotype~F——slope/r2/t_slope/depression_rate/has_depression/interpretation + high_inbreeding 高 F 株清单（前 10），n<min_n 优雅降级 sufficient=false 不 409，`_DATA_VERSION` v2.22，A–F 六缺口·批1，2026-08-05)+**GS 家系阻塞折 CV**（`genomic.kfold_cv_genomic` 加 `split="family"` + `family_of`：同家系个体同折防亲缘泄漏高估准确度、无家系个体自成一族、家系数<折数折叠并 warning、单家系边界、输出 n_families；`run_cv` 加 split 透传——family_of 由树 sire（回退组合 male_parent）构建，note 记 split=family·n_families；random 路径逐字节不变，A–F 六缺口·批2，`_DATA_VERSION` v2.23，2026-08-05)+**OCS 最优贡献选择**（POST /statistics/ocs：max Σc·ebv − λ·c'Ac 投影梯度求解，n_select/λ 权衡、vs_top_n 贪心对照量化亲缘控制价值、kinship_status 显式告警，EBV 复用共享 `_can
| 遗传力 h²/H² | L3 | §5 3.11 | — | 否 | (引擎) | ✅落地(随BLUP批次落主表，2026-08-03) |
| 选择指数 | L3 | §5 3.15 | — | 否 | (引擎) | ✅落地(zsum+smith_hazel，方向翻转+default_h2兜底；**无性系级聚合** aggregate=clone 可靠加权+自株退化+系级决选；**Smith-Hazel 遗传相关** g_method=calo(可靠性校正 r_g=r_EBV/√(rel_i·rel_j))｜mtblup(**成对双性状 BLUP**，G 非对角用 bivariate REML，单对失败回退 Calo+warning)+g_corr/g_note/g_source 落库可审计，2026-08-04；**自动权重** auto_weights=True → default_h2 兜底 0.1、强制 use_h2=False 防双重相乘、direction 翻转、weights_json 记 __auto，B3，2026-08-05) |
| 选择强度链 / 组合得失漏斗 | L3 | §3.13 | — | 否 | seed_lot 计数 | ✅落地(组合得失漏斗 v_combination_funnel：花→果→种→苗→定植→树→入选六级派生指标 结实率/出苗率/选择强度，只读端点，2026-08-04；**前端入口** statistics 页「组合得失漏斗」对话框，C3，2026-08-05) |
| 育种报告 | L3 | §3.6 | — | 否 | breeding_report | ✅落地(CRUD + POST /report/generate 聚合预测/稳定性/CV，900075，2026-08-05) |
| 分析数据集 | L3 | — | — | 否 | breeding_analysis_dataset | ✅落地(trait_codes/sample_ids/config jsonb + status，900070，2026-08-05) |
| 超期预警 | L0 | — | 全程 | 否 | breeding_alert | ✅落地(每日 job 按 selection_rule 扫描树超期/花粉过期/种子超期 → bre_alert + /bre/alert/list + 前端预警中心，2026-08-05) |
| 审计切面 | L0 | §3.10 | 全程 | 是(切面) | breeding_audit_log | ✅落地(base_crud 三写注入 CREATE/UPDATE 字段级 diff/DELETE + 批量导入汇总，/bre/audit/list，2026-08-05) |
| 互操作 BrAPI | L0 | 原则7/§6 | — | 否 | (只读端点/不建表) | ✅落地(/brapi/v2 germplasm/observationvariables/studies/observations，2026-08-05) |
| 互操作 MIAPPE | L0 | 原则6 | — | 否 | (元数据模板/不建表) | ✅落地(/brapi/v2/miappe 模板导出，2026-08-05) |
| 统一编号服务 | L0 | §3.10 | 全程 | 是 | breeding_sequence | ✅落地(NumberGenService + pg_advisory_xact_lock 原子取号，4 处迁移 YY+3位/组合-序号/clone_code/batch_no，2026-08-05) |
| 备份容灾 | L0 | — | 全程 | 是 | (脚本+每日 02:00 job) | ✅落地(pg_backup.sh/pg_restore.sh，Temp/backup 按日期 + N 天轮转，2026-08-05) |
| 分子标记 | L4-2 | §3.7 | — | 否(V2.0) | breeding_marker | ✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04) |
| 基因型数据集 | L4-2 | §3.7 | — | 否 | breeding_genotyping_dataset | ✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04) |
| 基因型样品 | L4-2 | §3.7 | — | 否 | breeding_genotype_sample | ✅落地(CRUD+Excel，2026-08-04) |
| 基因型调用 | L4-2 | §3.7 | — | 否 | breeding_genotype_call | ✅落地(CRUD+VCF+指纹，2026-08-04；**孟德尔/亲本一致性检验**——`GET /genotype_call/mendelian/check`：子代树样本 vs 声明亲本（tree.dam_id/sire_id）逐标记 union 规则判兼容、rate<0.98 判 flag、亲本基因型跨数据集解析、双亲空/缺基因型归状态不 409、incompatible_markers 明细，填补 parentage 零命中，A–F 六缺口·批4，v2.25，2026-08-05；**落库+自动隔离+进报告**——`POST /genotype_call/mendelian/check/run` 落 `bre_mendelian_check`+每树子表+`bre_pedigree_exclusion` 隔离注册表（flag→隔离、未 flag→清除可逆），`data_quality_report(dataset_id)` 含 mendelian 段，系谱消费方断开隔离树亲本链退化为 founder，GET 只读预览零回归，批5，v2.26，2026-08-05) |
| GWAS/QTL/MAS 标记辅助选择 | L4-2 | §3.7 | — | 否 | bre_gwas_result / bre_gwas_snp / bre_qtl / bre_mas_panel / bre_mas_panel_marker | ✅落地(900214 GWAS/QTL 页翻转 + GLM+PC 关联扫描 + QTL 定位 + MAS 决策 hook，2026-08-04；**EMMAX 混合模型** method=emmax 零模型 `_profile_solve` + eigh 对角化 + 逐标记 GLS、**QTL×E 环境互作** 分环境 GWAS 合并 stable/env-specific 计算端点不建表、**MAS 面板语义** mode/favorable_allele/haplotype_group 五语义命中，gwas 1.1.0，2026-08-04；**MABC 标记辅助回交** POST /statistics/mabc-progress——前景 MAS 命中（复用 `_mas_hit_map` 五语义、stage 无关童期可筛）+ 背景基因组恢复率（候选 vs 轮回亲本纯合剂量一致比例）+ `_BC_LADDER` 回交代建议，`_DATA_VERSION` v2.24，A–F 六缺口·批3，2026-08-05) |
| ML辅助/图像/LLM | L4-2/3 | §6 | — | 否 | (外部服务) | ⏳待建 |

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## 二、各层模块级落位（2026-07-29 定稿）

- **L0 系统底座**：RBAC(✅) · 部门隔离 sys_dept=课题组(✅) · 数据字典(✅四类已灌) · 操作审计 sys_log(✅)+breeding_audit_log 切面(✅，2026-08-05) · 文件(✅) · 编号服务(✅ NumberGenService 原子取号，2026-08-05) · 定时任务(✅ ap_scheduler 3 系统 job，2026-08-05) · **BrAPI 只读适配(✅)+MIAPPE 元数据模板(✅)，/brapi/v2 五端点，2026-08-05** · **性能(纯 numpy 引擎异步 job 队列，零 R，✅)** · **备份容灾(PG 备份 pg_backup.sh+每日 02:00 job，✅，2026-08-05)**。
- **L1 基础数据**：种质(✅)/性状字典(✅ 含抗病/需冷量 numeric 种子)/选择规则(✅)/基地(✅)/地块(✅)/人员(✅)/目标(✅)/系谱(✅ breeding_pedigree)。
- **L2 育种流程**：杂交/授粉/种子/育苗/定植/评价/单株/照片/选育(✅基础) + observation(✅ 900050)/field_operation(✅ 900051)/seed_lot(✅)/propagation(✅)/group(✅)/analysis_dataset(✅ 900070)/breeding_report(✅ 900075)/alert(✅ 超期预警)；**数据接入=Excel 导入，一期先性状记录模板(yz.sql 蓝本)，余表分批**。
- **L3 统计决策**：地基(统一视图/ MET/ 环境/ 系谱A/ 审计) + 计算(描述/ANOVA/相关PCA + **一期2个:配合力+EBV**) + 决策(遗传力/指数/报告/预警,后续)。
- **L4-2 分子层(V2.0)**：marker / genotyping_dataset / genotype_sample / genotype_call 四表(✅数据能力：CRUD+VCF 导入+DNA 指纹防错+**孟德尔/亲本一致性检验**（子代 vs 声明亲本 union 规则、跨数据集亲本基因型解析、flag 阈值、incompatible_markers 明细，A–F 六缺口·批4，2026-08-05；**落库+自动隔离**——POST /genotype_call/mendelian/check/run 落 bre_mendelian_check+每树子表+bre_pedigree_exclusion 隔离注册表（flag→隔离、未 flag→清除可逆）、data_quality_report(dataset_id) mendelian 段、系谱消费方断开隔离树亲本链退化为 founder 表型保留，批5，v2.26，2026-08-05），2026-08-04) + **GBLUP/ssGBLUP 引擎(✅：VanRaden G(method1/2)+MAF+blend 岭、单步法 H⁻¹=A⁻¹+[0,0;0,G⁻¹−A22⁻¹] 且 V 块用 H 协方差、run_gblup 样本 tree 直连/名称兜底、未映射+多等位跳过，2026-08-04)** + **GS 专用 k-fold 交叉验证(✅：`genomic.kfold_cv_genomic` 掩蔽留出 GEBV vs 表型实证 pearson/RMSE，KFCV/GBLUP·KFCV/ssGBLUP、固定种子随机分层、G/H/Hinv 只建一次，run_cv 加 dataset_id/method/maf_min，2026-08-04)** + **GWAS/QTL/MAS 闭环(✅：GLM+PC 关联扫描 + QTL 定位 + MAS 面板，bre_gwas_result/snp + bre_qtl + bre_mas_panel/marker 五新表，decision_preview marker 条件，900214 页翻转，2026-08-04)**。
- **L4-3 AI 前瞻(V4.0)**：占位，触发细化=一期 Web 跑通真实数据 + 分子/统计数据到位。

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## 三、时间线统一（波次 ↔ 版本，2026-07-29 定稿）

| 版本 | 周期(估) | 波次 | 交付 |
|---|---|---|---|
| V0.5 | 0–2 周 | 0–1 | 底座 + 基础数据闭环 + 性状导入模板 |
| V1.0 | 2–12 周 | 2–4 | 育种流程核心 + 统计地基 + **统计一期2个(EBV+配合力)** |
| V1.1 | 12–18 周 | 4余+6部 | 遗传力/选择指数/EBV持久化 + 育种报告 |
| V1.2 | 18–24 周 | 5部 | 移动端田间采集 |
| V2.0 | 分子层 | 5深+§6(4.3–4.5) | 分子四表 + GS/GWAS/GBLUP |
| V3.0 | 保护+互操作 | §4(2.14–2.15)+§7(0.8) | DUS/登记 + BrAPI/MIAPPE |
| V4.0 | AI 前瞻 | §6(4.6–4.9)+图层 | 触发=一期跑通+分子/统计数据到位 |

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## 四、与三份文档关系

- 本文 = **统一映射总表**，是模块级交叉引用的唯一真相。
- 业务背景/10阶段 SOP → `桃育种系统业务功能规划报告.md`
- 顶层分层/波次/版本 → `桃育种系统功能规划（分层路线图）.md` v1.1
- 字段级规格 → `桃育种系统模块扩展需求规格.md` v2.11
- **统计引擎落地台账** → `桃育种系统统计引擎实施记录.md` v1.5（2026-08-04，G×E 引擎 + 性状方向标注 + 花粉档案 §3.19 + 选择指数无性系级聚合 + 配合力交配设计 + 统计严谨·MLOps 复现性①Calo②PA③溯源④germplasm_id⑤砧木⑥空间竞争 + 组合得失漏斗 + 精修项四连发（DUS 数据能力三表 / stage 感知 / k-fold CV / 按 site 公平性报告）+ **十一、六项能力完善**（MT-BLUP 遗传相关 / GBLUP-ssGBLUP 引擎 / DUS 特异性统计检验 / AMMI-FW 稳定性 / MLOps 重训回滚 / BLUP stage 拆分）+ **十二、田间试验精度补强·砧木×接穗随机互作 G×R**（rootstock 第三随机效应槽，G×E 互斥，含探针验证与备份）+ **十三、十四**（2026-08-04 前段）+ **十五、GWAS/QTL/MAS 标记辅助选择闭环**（GLM+PC 求解器 / 5 新表 / gwas·qtl·mas-panel 端点 / decision_preview marker 条件 / 前端 900214 翻转 / 验证 7 段+回归零回归）+ **十六、九缺口补齐**（经典侧计算端点 A5 数据质量/A3 遗传增益/A6 主动选配 + 分子侧严谨性 B1 EMMAX/B2 SSR 多等位虚拟编码/B3 QTL×E/B4 MAS 面板语义 + 求解器核心 A2 AR1×AR1 空间协方差/A7 稀疏 A⁻¹+共轭梯度+Hutchinson 可靠性，三批 e2e+回归全过）+ **十八、桃育种业务流全面完善**（批A 业务数据链 A1-A6 / 批B 统计算法 B1-B4 / 批C 前端 C1-C4）+ **§18.5 世代闭环修复**（单株晋级落系谱）+ **§18.6 近交惩罚静默关闭修复**（亲缘多源解析）+ **§18.7 EBV 回退方法学修复**（direct 优先+子代测验降权+双侧去重）+ **§18.8 数据质量离群值方向语义修复**（同向=精英 / 反向=疑似录入错误）+ **§18.9 ΔG 投影假设 + 工程健壮性打磨**（note 假设声明 / spatial 缺坐标降级 / numpy 收敛向量化））
- 数据表脚本（含本表所有表的最新建表 SQL）→ `backend/sql/breeding_tables.sql`