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-- 断链焊接：系谱锚点 + 遗传力落库
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-- 幂等：全部 IF NOT EXISTS。
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-- 1) bre_tree 加 母本 dam_id / 父本 sire_id（FK→bre_germplasm）
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-- —— A 矩阵的系谱锚点（单株为子代、种质为亲本）
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-- 2) 按杂交组合回填现有单株的 dam/sire（组合无亲本的保持 NULL → founder）
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-- 3) bre_prediction 加 遗传力 heritability（§3.12）
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-- 注：SQLAlchemy create_all 只建新表、不改已有表，故已有库需执行本脚本一次。
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-- ── 1) bre_tree：母本/父本 ──────────────────────────────
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ALTER TABLE bre_tree ADD COLUMN IF NOT EXISTS dam_id INTEGER REFERENCES bre_germplasm(id) ON DELETE SET NULL;
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ALTER TABLE bre_tree ADD COLUMN IF NOT EXISTS sire_id INTEGER REFERENCES bre_germplasm(id) ON DELETE SET NULL;
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CREATE INDEX IF NOT EXISTS ix_bre_tree_dam ON bre_tree(dam_id);
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CREATE INDEX IF NOT EXISTS ix_bre_tree_sire ON bre_tree(sire_id);
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-- ── 2) 回填现有单株（组合 female/male 亲本 → 树 dam/sire）────
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-- 重复执行安全：再次回填与组合同步（覆盖早期手工/旧值）。
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UPDATE bre_tree t
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SET dam_id = c.female_parent_id,
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sire_id = c.male_parent_id
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FROM bre_cross_combination c
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WHERE t.combination_id = c.id
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AND t.is_deleted = false;
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-- ── 3) bre_prediction：遗传力 h² ─────────────────────────
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ALTER TABLE bre_prediction ADD COLUMN IF NOT EXISTS heritability NUMERIC;
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