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# 桃育种系统 · 模块扩展需求规格（V2 草案）
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> 编制日期：2026-07-28
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> 依据：通用育种软件功能清单（用户提供） + 国际成熟方案（BrAPI / BMS·Breedbase / RosBREED / MIAPPE / Crop Ontology / FAO-MCPD / Genesys） + `doc\果树所\育种\yz.sql` 真实桃性状 + 现有 14 个 breeding 域
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> 状态：**草案，待评审**。字段取值/枚举以「待确认」标注处需与业务方对齐后再落地（遵循"不确定不擅自动手"准则）。
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## 版本历史
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| 版本 | 日期 | 说明 |
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| v1.0 | 2026-07-28 | 初稿+复审：14 域对标、新增 7 模块、§8 复审（9 遗漏）、EAV 定稿为混合固定列。BrAPI/MIAPPE/team/库存 待定 |
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| v1.1 | 2026-07-28 | 决策落地：① 采纳**直接对齐 BrAPI API**（新增 BrAPI 只读适配层）② 采纳 **MIAPPE 合规** ③ **不建 team 模块**（仅数据隔离，不需要，留 RBAC+created_id）④ **库存延后**（暂用报表） |
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| v1.2 | 2026-07-28 | 取值决策（用户授权"你来定"）：敲定 stage/generation/group_type/design_type 四枚举（§9）+ propagation 纳入一期（§3.8）；trait 种子建议 yz.sql；字段表补 generation/germplasm_id |
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| v1.3 | 2026-07-28 | §8 二次复审落地：① **MET 链路彻底修补**（trial_study.block_count + planting.trial_study_id + tree.trial_study_id/block_no + plot.block_no），与库存 `seed_lot` 一并建模，形成 seed_lot→seedling→planting→tree→trial_study 选择强度链（§3.13/§4/§5）② §0 原则1 与混合模型对齐（修订措辞）③ observation/field_operation 改显式 FK（弃多态）④ 补 environment_condition / audit_log / selection_rule / prediction 字段规格（§3.9–§3.12）⑤ tree_evaluation 明确"按 pa_four 扩列"+ 统一性状值视图 ⑥ 补「选择阈值规则」+「批量表型导入」规划 ⑦ 文档计数/枚举对齐修正 |
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| v1.4 | 2026-07-28 | 国际基准三轮复审（BrAPI/Breedbase/RosBREED/MIAPPE/Crop Ontology/FAO-MCPD/Genesys）落地：① 新增 `trial_study_entry`（entry 清单+entry_number，MET 设计矩阵）② site 补 lat/long/elevation（空间 BLUP/MIAPPE）③ observation 加 `status` 校验态（数据质量）④ trait 加 `ontology_uri`（Crop Ontology 对接）⑤ 明确 tree.trial_study_id/block_no 为**派生**（单写点=planting，防双真相漂移）⑥ germplasm 补护照描述符块（FAO-MCPD）⑦ 新增 `genotyping_dataset`+marker.panel（GS 训练群体分组）⑧ selection_result 加 `rule_id`（决策闭环）⑨ 补 crossing block 父/母本树（pollination 挂 female/male_tree_id）⑩ experiment_factor / breeding_report / breeding_program 标记延后。详见 §8.6 |
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| v1.6 | 2026-07-28 | 第五轮复审（v1.5 自洽+国际盲点）全部采纳：① tree_evaluation 加 trial_study_id（A1 核心性状环境键）② planting 粒度=block 级 + entry 跨 block 多 planting（A2）③ 新增 planting_treatment 关联表（A3）④ seed_lot.used_count 明确粒数（A4）⑤ §4 补 tree_photo 行（A5）⑥ tree→germplasm 重复测量聚合 EBV（A6）⑦ 国际补强：marker.assembly_version、genotype_call VCF/GP、trial_study.season、observation.validated_by/date/unit、trait.method_uri/scale_uri、planting.propagation_id、observationUnit level、kinship A 矩阵、selection_rule EBV 阈值、breeding_program 自由文本说明 ⑧ selection_result.trial_study_id、新表数据权限约束（并补齐 v1.5 因替换异常遗漏的 §3.14/treatment 行/used_count）。详见 §8.8 |
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| v1.7 | 2026-07-28 | V2.11 方案书《统计分析决策支持》逐条对照评估落地（用户确认报告一期必须）：① **`breeding_report` 确认进一期**（P2，年度 Word/PDF 报告实体+生成服务，不再仅只读端点，原 v1.4 延后项移除）② **`breeding_prediction_value` 值表前移 V1.1**（与 V1.1 统计引擎同期持久化 EBV，支撑年遗传趋势图/双轨选择/亲本单株决策；仅 GS 模型训练留 V2.0）③ `tree_evaluation` 加 `crop_load`（坐果量评级 1/2/3 协变量，降果实性状环境误差，专册 1.3）④ `breeding_trait` 加 `valid_min/valid_max`（自定义生物学合理阈值，数据质量校验/异常标记）⑤ 超期预警/通知列为工程项（cron + selection_rule，不阻塞数据模型）。详见 §8.9 |
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| v1.8 | 2026-07-29 | 团队/课题组隔离收口（讨论定稿）：**不建 team 模块，改用系统已有 `sys_dept` 承载"课题组"**，启用框架"本部门及子部门"数据范围实现**课题组间隔离**；breeding 业务表**不加 `owner_team` 字段**（隔离靠创建者 `dept_id` 推断，由 `Permission._permission_condition()` 自动注入）。边界：性状字典/选择规则/种质/基地地块/人员等**公共基础数据跨组共享**；育种流程（杂交→评价）与统计分析（育种值/指数/报告）**按课题组隔离**。落地为配置级（建 dept 节点+配角色 data_scope+用户归属），非代码，需确认真实课题组清单后执行。 |
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| v1.9 | 2026-07-29 | **枚举归属决策（方案A 已定）**：性状的**量表选项/范围**单一真相内联在 `breeding_trait.scale_json`（categorical 存 `options`、numeric 存 `min/max/step`），**不进 `sys_dict`**；`sys_dict` 仅承载"实体状态/分类枚举"（§9 的 `breeding_stage`/`breeding_generation`、`tree.status`、`germplasm_type` 等，非被测变量）。与"生成器机制 A/B/C"是两回事，勿混。详见 §3.1 / §0 原则1。 |
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| v2.0 | 2026-07-30 | **遗传评估数据模型架构决策锁定**：① 新增 **`breeding_clone` 独立系谱表**（§3.0，clone_id/combination_id/母父本/planting_year/status，**无砧木**），与 `germplasm`（亲本/种质档案）**分离**，聚合路径由 `tree.germplasm_id`→germplasm 级 EBV 改为 `tree.clone_id`→`breeding_clone` 级 EBV（§3.0/§4/§5 同步修订）② `breeding_trait` 加 `stage`（juvenile/evaluation，与 `category` 正交）③ 新增 **`breeding_rootstock` 砧木字典**（§3.17，只挂 observation 层）④ 新增 **数据质量门禁**（§3.16：缺失标记/异常值/单位强校验/按(clone_id,地点,年份,性状名)去重）⑤ 显式锁定 **砧木建模铁律**（§5.x：记 observation 层 + BLUP 固定效应扣除 + 绝不进 A 矩阵）⑥ 新增 **间接早选**（§5.y）⑦ 实施路线最前插入 **第0阶段 数据治理**（占40%、前置）。均为决策锁定、方案态，待用户"做"后落地 |
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| v2.1 | 2026-07-30 | **review 修订（R1–R9）**：① **R1** §4 tree 加 `clone_id`(FK→breeding_clone,定植必填,聚合锚点) ② **R2** 系谱升级为独立 `breeding_pedigree`(§3.18,个体覆盖 clone+germplasm,dam/sire 指回本表递归闭环)；`breeding_clone.female/male_parent_id` 降冗余；`germplasm.pedigree` 自由文本移除 ③ **R3** `breeding_prediction_value` 加 `heritability`(h² 同批次落库)、个体锚点改 `clone_id` ④ **R4** 新增模型健康监控(§5.z:h²连年突降/排名翻转告警) ⑤ **R5** 报告 §5.2 模块1 去掉种质内联表型/系谱 ⑥ **R6** 报告 R 引擎统一 subprocess 隔离(弃 rpy2) ⑦ **R7** 统一表名 `breeding_observation` ⑧ **R8** GCA/SCA 定位为亲本选配辅助 ⑨ **R9** 混合模型加 `clone×year` 随机互作。仍方案态，待"做"落地 |
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| v2.2 | 2026-07-30 | **深度复审 A–H 全量落地（用户逐条确认 + F1/F2 架构拍板）**，详见 §8.10：**A 组内部矛盾**——A1 `tree.clone_id` 改为「实生苗定植可空/参试无性系必填、入选晋升才建 clone」（删"定植必填/1树=1clone"）；A2 `produced_clone_id`=被扩繁原 clone（沿用不新建）；A3 全文 `rootstock_id` 统一 FK→`breeding_rootstock`（删 FK→germplasm）；A4 A 矩阵系谱以 `breeding_pedigree` 为唯一权威、combination 父母本仅作派生源。**B 组统计**——B1 `heritability` 由明细移主表 `breeding_prediction`；B2 术语正名**加性(狭义)遗传力**、落库取克隆均值 h²=V_clone/(V_clone+V_e/k̄)；B3 补 sommer 基线公式；B4 双轨选择统一 clone 级判定。**C 组门禁**——C1 门禁作用于 `breeding_trait_observation` 长表；C2 加 `issue_status`；C3 门禁×状态机衔接。**D 组 clone 居中**——D1 `selection_result`+clone_id；D2 `breeding_clone`+generation；D3 `trial_study_entry`+clone_id；D4 补 tree↔clone 状态流转矩阵。**F 组架构（本轮拍板）**——F1 **裁定走单一长表、废固定列、报表用视图 pivot**；F2 保留两张长表职责正交（`breeding_trait_observation` 单株鉴定明细/喂 EBV；`breeding_observation` 仅 plot/combination+物候/不喂 EBV），plot 级果实均值由**统计 VIEW 聚合、不双写**；统计管线用普通 **VIEW 保 fresh**、看板层才用 **MV**（MV 不得作 BLUP 输入）；F3 门禁关键键实生苗阶段退化为 tree_id；F4 判重键含 tree_id（保 clonal replicates）；F5 §5.2 公式补 rootstock 固定效应。**G/H**——G1 统一编号服务定义+clone_id 序号扩位；G2 鉴定类表禁物理删+UPDATE 强制 audit；G3 method 文本+method_uri 受控合并；H1-H3 打磨。仍方案态，待"做"落地 |
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| v2.3 | 2026-08-04 | **统计引擎两轮 P0 代码落地（自 v2.0 起首次从方案态推进到可运行，均 e2e 验证通过）**，详见 §8.11 / `桃育种系统统计引擎实施记录.md`：① **G×E 交互引擎**（§5.2 互作项落地）——`run_ablup` 加 `gxe=True` + `gxe_env=site/year`（method=GXEBLUP），site→自动固定效应 `trial_study`、year→`year`，σ²gxe/gxe_ratio/n_cross_env 落 `breeding_prediction.note`，不可辨识门禁（无跨环境重复/单元内无重复）→409，同 clone 多株坍缩为基因型节点 `c{clone}`，异步 `StatisticsJobModel` job_type=GXE/ABLUP+SUCCESS/FAILED；② **性状方向标注**（§3.1/§5.9/§5.z 落地）——`breeding_trait` 加 `direction`(desc/asc)/`into_ebv`(1/0)/`default_h2`(先验)，选择指数（zsum/smith_hazel）/EBV 排行/决策预览/轮次对比按方向归一，低优性状（裂果率/病害级别/酸度）不再选反；`into_ebv='0'` 仅从选种候选剔除；`default_h2` 无实测 h² 时兜底；并修复两处结构性 bug（`ebv_ranking` 方向盲区→读时重排、`compare_predictions` 硬编码降序→方向感知） |
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## 0. 设计原则（本规格的宪法）
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1. **性状字典与测量值分离 + 统一长表存储（对标 BrAPI `ObservationVariable` + `Observation`）**：`trait` 是唯一的性状字典（代码/类型/单位/量表），**新增桃性状只加字典、不动核心表结构**；测量值一律走**长表 EAV**，分两张职责正交的表——① **单株鉴定明细** 走 `breeding_trait_observation`（挂 `evaluation_id`，tree 级，clone 级 EBV 取数主路径）② **物候时序 + plot/combination 级观测** 走 `breeding_observation`。统计层经"统一性状值视图"（DB 普通 `VIEW`，按 `trait_code` pivot）归一供 BLUP 消费（§8.4）。**（v2.2/F1 裁定：废弃初稿"核心性状固定列 + EAV 双轨"口径——`tree_evaluation` 已删固定列、全迁 `breeding_trait_observation` 长表；当初上固定列的收益=报表/SQL 聚合快，改由 DB 视图/物化视图 pivot 顶上，不回退固定列）**。这是与初稿最大的修正：字典一处定义、值全部长表、报表用视图。
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2. **Program/Trial/Study 三层（对标 BrAPI）**：把"多年多点试验"从 site/plot 里抽象出来，支持同一品系跨生态点、跨年同步试验（MET, Multi-Environment Trial）。
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3. **桃语义而非大田语义**：清单里的「P/F1/F2 世代、拔节期/抽穗期、播种季节、随机区组/间比」是按一年生大田作物（玉米/小麦）写的，**对桃（多年生无性繁殖果树）必须语义替换**（见 §1）。
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4. **砧木–接穗建模**：桃特有的「嫁接繁殖」维度，现有系统完全缺失，必须补齐。
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5. **预留分子层**：`marker`/`genotype_sample`/`genotype_call` 对齐 BrAPI `Sample`+`Calls`，未来接 GBS / PeachSNP170K 做基因组选择（GS）不改骨架。
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6. **统计与决策是地基不是补丁**：上面的数据模型必须能让 V1.1 统计引擎（R `sommer`/`lme4` 做 ABLUP/EBV、选择指数）与 V3.0 AI 决策直接消费，不做"先堆数据再补分析"的短视设计。
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7. **API 直接对齐 BrAPI（已采纳）**：保留现有 `/breeding/*`（UI 业务接口）的同时，新增 **BrAPI 兼容只读适配层**（`/brapi/v2/...`）。数据模型已按 BrAPI 实体设计，适配成本低，可无缝对接 Breedbase / Flapjack / 国际数据交换，避免未来重复造导入导出。
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8. **MIAPPE 合规（已采纳）**：试验元数据按 MIAPPE 的 **Investigation(=target/Program) / Study(=trial_study) / ObservationUnit(=tree/plot) / ObservationVariable(=trait)** 对齐，作为数据共享/投稿的一致性基线。
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## 1. 桃育种语义替换表（清单 → 桃）
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| 清单原文（大田作物语境） | 桃系统应改为 | 落点 |
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| P / F1 / F2 世代（选择阶段） | **选择阶段 `stage`**：实生苗 → 初选株 → 复选株 → 品系 → 区试品系 → 新品种（枚举见 §9） | germplasm/tree/cross/selection_result 的 `stage` |
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| 遗传世代 | **遗传世代 `generation`**：F1 / F2 / BC1 / BC2 / BC3（与 `cross_type` 联动；引入种质留空） | 权威 `cross_combination.generation`，`tree`/`germplasm` 冗余拷贝便于筛选 |
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| 拔节期 / 抽穗期 | 桃物候：萌芽 / 开花(初花·盛花) / 坐果 / 果实发育 / 成熟 / 落叶 | `observation`（物候类变量） |
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| 播种季节 | 桃用**嫁接 / 定植**（砧木 + 接穗），非播种 | planting.rootstock_id → **breeding_rootstock**（A3） |
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| 自交系 | 桃为**克隆（无性繁殖）**，入选株 = 待审定克隆，需砧木关联 | germplasm.is_rootstock（仅"可作砧木"标记）/ tree.rootstock_id → **breeding_rootstock**（A3，全文砧木 FK 统一指字典，不指 germplasm） |
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| 随机区组 / 间比试验 | 桃果园株数少，简化为 **区组 + 重复 + 对照**轻量设计 | trial.design_type |
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| 材料编号 | accession_no（唯一 accession 编号） | germplasm.accession_no |
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**stage / generation 枚举（v1.2 已定，详 §9）**：依 RosBREED 桃无性选育流水线与现有 14 域敲定，作为 `sys_dict` 新增字典类型（`breeding_stage` / `breeding_generation`），落库英码、前端显中文。
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## 2. 目标模块总览（现有 14 + 新增 13，部分为规划）
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**A. 现有 14 域（保留 + 字段调整）**
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germplasm / site / plot / target / cross_combination / pollination / seed_treatment / seedling / planting / tree / tree_evaluation / tree_photo / selection_result / personnel
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**B. 新增模块（P0–P2，含 v1.3 复审补入）**
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| 模块 | 表名 | BrAPI 映射 | 优先级 |
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|---|---|---|---|
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| trait（性状字典） | breeding_trait | ObservationVariable | P0 地基 |
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| observation（plot/物候观测） | breeding_observation | Observation | P0 地基 |
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| trait_observation（单株鉴定明细，**v2.2/F2 补登记**） | breeding_trait_observation | Observation | P0 地基 |
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| field_operation（农事操作） | breeding_field_operation | Observation(op_type) | P0 |
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| trial（多年多点试验） | breeding_trial + breeding_trial_study + **breeding_trial_study_entry**(v1.4) | Trial / Study / Entry | P1 |
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| group（分组/标签） | breeding_group + breeding_group_member | List | P1 |
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| statistics（统计报表） | breeding_report（配置）+ 聚合端点 | — | P2 |
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| propagation（克隆扩繁） | breeding_propagation | — | P1（§3.8） |
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| seed_lot（种子批·库存） | breeding_seed_lot | — | P1（§3.13，与 MET 一并建模） |
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| environment_condition（环境因子） | breeding_environment_condition | — | P1（§3.9，G×E 地基） |
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| audit_log（审计日志） | breeding_audit_log | — | P1（§3.10） |
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| selection_rule（选择阈值规则） | breeding_selection_rule | — | P1（§3.11，决策地基） |
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| treatment（试验因子/处理） | breeding_treatment | Treatment(BrAPI) | P1（§3.14，支撑 split_plot 等设计的因子主效应/互作估计） |
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| planting_treatment（定植-处理关联） | breeding_planting_treatment | — | P1（§3.15，treatment 多对多落地） |
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| 分子基因型层 | breeding_marker(含 panel) / breeding_genotype_sample / breeding_genotype_call + **breeding_genotyping_dataset**(v1.4) | Sample / Calls / Marker / Dataset | V2.0（地基先建） |
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| prediction（育种值） | breeding_prediction / breeding_prediction_value | — | **值表 V1.1（EBV 持久化）/ GS 模型训练 V2.0（§3.12）** |
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> 注：原稿数"21"已过期，此处以清单为准；其中 seed_lot / environment_condition / audit_log / selection_rule 为 v1.3 复审补入一期，`prediction` 留 V2.0。
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**重要简化（避免模块膨胀）**
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- **物候期不单列模块** → 只是 `observation` 中「物候类变量」的观测。
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- **系谱树不单列模块** → 靠 `cross_combination.parent_combination_id` 自链 + `germplasm.pedigree` 字符串 + 前端 D3 树图 + `/pedigree/{id}` 聚合端点。
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## 3. 新模块字段规格
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### 3.0 breeding_clone（入选克隆系谱表，P0 数据治理地基）
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> 桃为无性繁殖，入选株 = 待审定克隆。本表是**遗传身份（clone）层**，与亲本/种质档案 `germplasm`（父母本来源）**分离**（v2.0 决策：亲本资源 vs 入选克隆分离）。砧木只挂在 observation 层，**本表无砧木字段**（建模铁律，§5.x）。嫁接扩繁株沿用原 clone_id，不新建。
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> **（v2.2/A1 修订）** clone ≠ 每株实生苗。杂种实生苗定植时**不建 clone**（`tree.clone_id` 可空），仅当该单株**入选晋升**时由流程创建一条 `breeding_clone` 并回填 `tree.clone_id`；参试无性系（来自 `entry`）定植即有 clone。故本表行数 = 入选克隆数（数百级），而非定植实生苗数（数千级），避免 EBV 全收缩到单株均值。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int | PK | 自增主键 |
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| clone_id | varchar(32) | UNIQUE NOT NULL | 组合码 + **单株序（≥4 位，容纳单组合数千株，G1）**，如 `JY-DJB-001-0007`；全局唯一可追溯。**由统一编号服务在入选晋升时生成（§8.9），非定植时**（A1） |
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| combination_id | int | FK→breeding_cross_combination NOT NULL | 所属杂交组合 |
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| female_parent_id | int | FK→breeding_germplasm | 母本（**冗余直查列**；权威系谱见 §3.18 `breeding_pedigree`，避免 A 矩阵递归断裂） |
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| male_parent_id | int | FK→breeding_germplasm | 父本（**冗余直查列**；同上） |
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| planting_year | int | NOT NULL | 定植年份 |
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| generation | varchar(16) | | **v2.2/D2**：世代 F1/BC1/F2…；脚注：可由 `combination_id`→组合父母本派生，与 `tree.generation` 保持一致，冗余存此便于 clone 级筛选与系谱世代统计 |
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| status | varchar(1) | NOT NULL DEFAULT '1' | clone 级决选状态：1入选/2初选/3重点/4保存/5淘汰（淘汰=状态变更非删除） |
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| uuid / is_deleted / created_time / updated_time / deleted_time | — | 同框架契约 | 审计与软删 |
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**聚合语义**：同一 clone 经嫁接扩繁产生多株 `tree`，其表型是同一基因型的重复观测；统计前按 `tree.clone_id` 聚合为该 clone 的重复测量，EBV 随机效应估在 `breeding_clone` 级（`clone_id`），`tree` 仅作重复测量单元。此点取代原 `tree.germplasm_id → germplasm 级 EBV` 的聚合口径（§4/§5 同步修订）。**（v2.2/A1）** 实生苗入选前无 clone_id，其童期观测按 `tree_id` 聚合（门禁键此阶段退化为 tree_id，见 §3.16/F3）；入选建 clone 后再切换到 clone 级聚合。
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### 3.1 breeding_trait（性状字典，P0）
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| trait_code | varchar(64) | UNIQUE, NOT NULL | 如 `brix`、`fruit_weight`、`bloom_date` |
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| trait_name | varchar(128) | NOT NULL | 中文名：可溶性固形物、单果重… |
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| category | varchar(32) | NOT NULL | fruit/flower/plant/disease/phenology/yield/quality/rootstock（业务类别） |
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| stage | varchar(16) | NOT NULL | **v2.0**：性状分段 `juvenile`（童期）/ `evaluation`（评价段），与 `category` **正交并存、不混用**；童期采集→间接早选，评价段采集→clone 级 EBV |
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| data_type | varchar(16) | NOT NULL | numeric / categorical / date / boolean |
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| unit | varchar(32) | NOT NULL | g、%、°Brix、mm、date；**v2.0**：导入/观测时**强校验**，值单位须匹配，不符**整行拒收**（数据质量门禁，§3.17） |
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| method | varchar(256) | | 测定方法自由文本（如折射仪、游标卡尺） |
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| method_uri | varchar(256) | | **v2.2/G3**：受控词表方法 URI（Crop Ontology / MIAPPE Method），与 `method` 自由文本并存互补——`method` 供人读、`method_uri` 供 BrAPI/国际仓储对接；可空（合并 §6 路线图曾提的 method_uri，消除双字段漂移） |
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| scale_json | jsonb | | 量表/选项（categorical 时存选项数组；numeric 时存 min/max/step） |
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| ontology_uri | varchar(256) | | **v1.4**：Crop Ontology / Trait Ontology / MIAPPE 受控词表 term URI（如 `CO_356:0000041`），供 BrAPI 适配层与国际合作仓储对接；可空 |
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| valid_min | numeric(12,4) | | **v1.7**：生物学合理下限（自定义阈值），数据质量校验/异常值自动标记用；可空（专册 3.3.2 数据质量监控） |
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| valid_max | numeric(12,4) | | **v1.7**：生物学合理上限，同上；可空 |
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| direction | varchar(16) | NOT NULL DEFAULT 'desc' | **v2.3 已落地**：性状方向 `desc`=越大越好（默认）/ `asc`=越小越好（**低优性状**：裂果率、病害级别、酸度——若目标是低酸）。选择指数（zsum/smith_hazel）、EBV 排行、决策预览、轮次对比均按此翻转贡献符号/排序方向，杜绝"高 EBV=优"隐含假设把低优性状选反 |
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| into_ebv | varchar(1) | NOT NULL DEFAULT '1' | **v2.3 已落地**：是否选种目标 `1`=进 EBV/指数/决策候选（默认）/ `0`=仅记录（**仅从选种相关候选剔除**——指数候选/EBV 排行/决策预览/ABLUP 下拉；describe/correlation/trait_values 不受影响） |
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| default_h2 | double precision | | **v2.3 已落地**：先验遗传力 h²（桃经典先验，可在性状字典修改）；指数无实测 h² 时兜底（zsum/smith_hazel 均兜底，两者皆无才 409 拒绝） |
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> **valid_min/max 局限说明（v2.2/H1）**：本字段为**全局单值**，但果重/糖度等的生物学合理区间随**成熟期/年份/砧木**变化，全局阈值可能误标或漏标。一期口径：**接受全局阈值 + 人工复核**（门禁本就对异常值走人工复核，见 §3.16），不强制按 stage 分档；后续如需精细化，可在 `scale_json` 内按 stage 追加分档区间，不改表结构。
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| is_preset | bool | default false | 是否系统内置（种子数据） |
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| remark | varchar(512) | | |
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| created_time / updated_time / is_deleted | 标准 | | 来自 ModelMixin |
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> **BrAPI 映射简化说明（v1.4）**：BrAPI `ObservationVariable = Trait + Method + Scale` 三元组，本系统将 method/scale **内联合并**进 `trait`（桃单作物、方法稳定，避免三表 join 复杂度）。适配层导出 BrAPI 时需按此三元组拆分；`ontology_uri` 提供受控词表引用，满足 MIAPPE/Crop Ontology 可引用性。
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**种子数据来源**：`doc\果树所\育种\yz.sql` 的 `pa_four`（~40 字段：单果重/果形/果核/可溶性固形物/成熟期/离粘核/风味…）与物候类变量，导入为 `is_preset=true` 的桃专用性状字典。
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> **枚举归属决策（v1.9，2026-07-29，方案A 已定）**：性状的**量表选项/范围**是性状定义的一部分，单一真相内联在 `scale_json`（categorical 存 `options` 数组、numeric 存 `min/max/step`），**不进 `sys_dict`**；`sys_dict` 仅承载"实体状态/分类枚举"（如 §9 的 `breeding_stage`/`breeding_generation`、`tree.status`、`germplasm_type` 等，非被测变量）。二者语义不同——性状=ObservationVariable（有 method/unit/obs_year/重复测量）；分类枚举=实体一次设定属性，无测定方法/单位——**不得混用**。BrAPI 导出时 `scale_json`→Scale 三元组，无需 join `sys_dict`。这一定位与"方便统计分析"无关：统计引擎只读 `data_type`+实测值，选项清单存哪不影响计算；A 的真正收益是元数据自包含、防双源漂移、BrAPI 干净导出。
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### 3.2 breeding_observation（通用观测，P0）
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> 采用**显式可空外键**（`tree_id` / `plot_id` / `combination_id`），**不采用** `(unit_type, unit_id)` 多态——多态会破坏引用完整性、无法真正联表、且令现有 `_build_conditions` 数据权限注入（依赖已知 FK 列）失效。三者至多一个非空。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| tree_id | int FK→breeding_tree | 可空 | 观测单元=单株 |
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| plot_id | int FK→breeding_plot | 可空 | 观测单元=小区 |
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| combination_id | int FK→breeding_cross_combination | 可空 | 观测单元=杂交组合（如组合级表型） |
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| trait_id | int FK→breeding_trait | NOT NULL | 测了哪个性状 |
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| value_numeric | numeric(12,4) | | data_type=numeric 时 |
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| value_text | varchar(512) | | categorical / boolean 存此 |
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| value_date | date | | data_type=date 时 |
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| obs_year | int | | 观测年份（MET 聚合键） |
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| obs_date | date | | 具体日期 |
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| site_id | int FK→breeding_site | | 观测地点（冗余便于聚合；亦可由 tree→plot→site 推导） |
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| person_id | int FK→breeding_personnel | | 观测人 |
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| trial_study_id | int FK→breeding_trial_study | 可空 | 区分「试验观测」vs「果园日常观测」；试验观测可参与 BLUP |
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| status | varchar(16) | default "draft" | **v1.4**：数据质量态 `draft`(草稿)/`validated`(已校验)；批量导入/多人观测下隔离脏数据，统计前按 validated 筛选 |
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| issue_status | varchar(16) | default "normal" | **v2.2/C2**：门禁质量标记 `normal`(正常)/`pending`(待补录)/`rejected`(拒收)；与 `status` 配合驱动状态机（§3.16/C3），不新建 issue 表 |
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| validated_by | int FK→breeding_personnel | | **v1.6**：校验人（status=validated 时记录） |
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| validated_date | date | | **v1.6**：校验日期 |
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| unit | varchar(32) | | **v1.6**：本次观测值单位（冗余自 trait.unit，便于核对与单位换算）；批量导入时按 trait.unit 校验/换算 |
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| remark | varchar(512) | | |
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|
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**索引**：`(trait_id, obs_year)`、`(tree_id)`、`(plot_id)`、`(combination_id)`、`(trial_study_id)`。
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**语义（v2.2/F1+F2 重定职责）**：本表**仅承载 plot/combination 级观测 + 物候时序观测**（如花期/果实发育期时序、小区级/组合级群体表型），**不再承载 tree 级果实鉴定性状**——后者一律走 §3.2b `breeding_trait_observation`（挂 evaluation）。两表职责按"**是否喂 EBV**"正交切分：`breeding_trait_observation` 喂 EBV（clone 级取数主路径），`breeding_observation` **不喂 EBV**。**plot 级果实均值不在本表落值**，由统计 VIEW 从 `breeding_trait_observation` 聚合派生（§8.4），杜绝双写与重复计数。原"核心性状走 `tree_evaluation` 固定列"表述作废（F1，见 §4/§8.4）。**v1.6（B8）**：本系统 tree/plot/block 对应 BrAPI `observationLevels`（plant/plot/block），观测单元层级即观测的 FK 类型（tree_id/plot_id/combination_id）。
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### 3.2b breeding_trait_observation（单株鉴定明细长表，P0，v2.2 正式登记）
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> **命名说明（v2.2/F2）**：本表已在代码落地（模块/URL/权限名 `trait_observation`，模型 `TraitObservationModel`，**物理表名 `breeding_trait_observation`** 与全项目 `breeding_*` 前缀一致），此前文档漏登记（"代码有、文档无"缺口）。此处补记**既有表**，非新建。
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> **职责（F1+F2）**：承载**单株（tree 级）每次鉴定的性状明细**——童期性状 + 评价段果实性状，是 clone 级 EBV 的**取数主路径**。与 §3.2 `breeding_observation`（plot/combination + 物候）按"是否喂 EBV"正交：本表**喂 EBV**。取代初稿 `tree_evaluation` 固定列（F1）。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int | PK | |
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| evaluation_id | int | FK→breeding_tree_evaluation NOT NULL | 所属鉴定主记录（一次鉴定=一主记录+N 明细） |
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| tree_id | int | FK→breeding_tree NOT NULL | 观测单元=单株（可经 evaluation 推导，冗余便于按株聚合/判重，F4） |
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||
| trait_id | int | FK→breeding_trait NOT NULL | 测了哪个性状（`breeding_trait` 驱动长表） |
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||
| value_numeric | numeric(12,4) | | data_type=numeric 时（统计 pivot 取此列） |
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| value_text | varchar(512) | | categorical / boolean |
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| value_date | date | | data_type=date 时 |
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| category | varchar(32) | | 归属标签页（基本鉴定/果实外观/果皮/果实大小/果肉/果核/其它），驱动前端分组录入 |
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| issue_status | varchar(16) | default "normal" | **v2.2/C2**：门禁标记 normal/pending/rejected（同 §3.2） |
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||
| unit | varchar(32) | | 本次观测值单位（冗余自 trait.unit，导入校验用） |
|
||
| remark | varchar(512) | | |
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| uuid / is_deleted / created_time / updated_time / deleted_time | — | 同框架契约 | **鉴定类表：禁物理删、UPDATE 强制 audit（§3.10/G2）** |
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**索引**：`(evaluation_id)`、`(tree_id, trait_id)`、`(trait_id)`。
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**统一性状值视图**：统计管线由 DB **普通 VIEW** 按 `trait_code` pivot 本表（+ 必要时 union `breeding_observation`）生成宽表供 BLUP，保证 fresh；看板/报表可另建 **物化视图 MV**（定时刷新），但 **MV 不得作为 BLUP 输入**（§8.4）。
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|
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### 3.3 breeding_field_operation（农事操作，P0）
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> 同样改显式 FK（`tree_id` / `plot_id`），弃 `(unit_type, unit_id)` 多态，理由同 §3.2。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| op_type | varchar(32) | NOT NULL | 施肥/灌溉/植保/除草/修剪/病害防治/其他 |
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| tree_id | int FK→breeding_tree | 可空 | 作用对象=单株 |
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| plot_id | int FK→breeding_plot | 可空 | 作用对象=小区 |
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| op_date | date | NOT NULL | 操作日期 |
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| material | varchar(128) | | 药剂/肥料名 |
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| dosage | varchar(64) | | 用量 |
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| method | varchar(128) | | 方式（叶面/根施…） |
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| operator_id | int FK→breeding_personnel | | 操作人 |
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| site_id | int FK→breeding_site | | 定位 |
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| remark | varchar(512) | | |
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**索引**：`(tree_id)`、`(plot_id)`、`(op_date)`。
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**BrAPI 映射修正**：field_operation **不映射为 `/events`**（BrAPI 无顶层 Event）；改为映射到 `/observations`（带 `op_type`），或自定义只读端点（见 §8.2-C）。
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|
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### 3.4 breeding_trial + breeding_trial_study（多年多点试验，P1）
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**breeding_trial**
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| trial_code | varchar(64) UNIQUE | 试验编号 |
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| trial_name | varchar(128) NOT NULL | |
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| target_id | int FK→breeding_breeding_target | 关联育种目标 |
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| design_type | varchar(32) | 取值见 §9（rcbd/augmented/contrast/split_plot/unreplicated）|
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| description | varchar(512) | |
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| years | varchar(64) | 跨年计划，如 2026-2028 |
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||
| remark | varchar(512) | |
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|
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**breeding_trial_study**（Trial×Location×Year）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| trial_id | int FK→breeding_trial | |
|
||
| site_id | int FK→breeding_site | 试验点 |
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| year | int | 年份 |
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| replicate_count | int | 重复次数（原 `replicate`） |
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| block_count | int | **区组数（v1.3 补）**；与 `tree.block_no` 对应，是 BLUP 的 block 随机效应来源 |
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| design_type | varchar(32) | 取值见 §9.4（便于 study 级覆盖 trial 默认设计） |
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| control_germplasm_id | int FK→breeding_germplasm | 对照品种 |
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| layout_json | jsonb | 田间种植图（小区排布坐标） |
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| season | varchar(32) | | **v1.6**：季节/播期分组（如 `2026_dry` 旱季），MIAPPE/BrAPI season 概念，关联 year 的细粒度环境聚合 |
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| remark | varchar(512) | |
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> **试验隶属链路（v1.3 彻底补全，原稿断裂）**：观测单元（tree）经两条显式 FK 挂到试验——
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> - `breeding_planting.trial_study_id`（定植时把这批树挂到某 trial_study，运营钩子）
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> - `breeding_tree.trial_study_id`（从 planting 同步，BLUP 直接消费）+ `breeding_tree.block_no`（该树所属区组/重复）
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> - `breeding_plot.block_no`（小区级试验时；tree 未填 block_no 则继承 plot）
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||
>
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> 这样任意 `tree_evaluation`/`observation` 记录 → tree → `trial_study`(environment=site×year) + `block_no` → 混合模型 `y = genotype + block + environment + G×E` 的 block 项不再缺失。布局图由前端可视化 + 轻量排布算法生成。
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**breeding_trial_study_entry**（试验 entry 清单，v1.4 补，对标 BrAPI Study 的 entry / ObservationUnit）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| trial_study_id | int FK→breeding_trial_study | 所属试验 |
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| germplasm_id | int FK→breeding_germplasm | 参试无性系/品系的**种质溯源**（保留，v2.2/D3） |
|
||
| clone_id | int FK→breeding_clone | **v2.2/D3**：参试落 **clone 级**（entry 直指遗传身份，与 BLUP/EBV 聚合层一致）；germplasm_id 仅作种质溯源 |
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||
| entry_number | int | **entry 编号**（该 study 内唯一；BrAPI `entryNumber`，BLUP 设计矩阵聚合键） |
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| planned_reps | int | 计划重复/区组数 |
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| n_plants | int | 计划株数 |
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| is_control | bool | 是否对照 entry |
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| remark | varchar(512) | |
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> **为何需要 entry 抽象（v1.4）**：v1.3 让 `tree` 直接带 `germplasm_id + trial_study_id + block_no`，假设一株=一个观测单元。但一个无性系在某 study 内常**重复多株/多区组**，且需"entry 编号"聚合设计效应。BrAPI 的 `ObservationUnit = germplasm × entryNumber × replicate × blockNumber × position`，本表即此 entry 层；`tree` 通过 `entry_id`（或冗余 `germplasm_id`）挂回，统计层按 `entry_number` 聚合后再估 genotype 效应。
|
||
>
|
||
> **⚠ 单写点纪律（v1.5 强化）**：`tree.trial_study_id` / `tree.block_no` / `tree.entry_id` **均派生自 `planting`**（定植时 planting 一次性写入 `trial_study_id` / `block_no` / `entry_id`，tree 创建时由 service 从所属 planting 复制并锁定；后续修改只能改 `planting` 并级联同步 tree）。严禁两处各自手填，否则 BLUP 输入静默错配。
|
||
> - **`tree.trial_study_id` 仅记「定植所属 study」**（来自 planting 的单次定植），多年生树跨年/跨点观测**不**改 tree 自身，而是落到 `observation.trial_study_id` + `obs_year`（观测级表达），统计按 observation 的 study 聚合，tree 只是观测单元。
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||
> - **两类 tree 区分（v1.5）**：`planting.entry_id` 非空 ⇒ 这是**参试无性系**批次，定植时 `germplasm_id` 必须等于 `trial_study_entry.germplasm_id`（入试即定，禁待晋升）；`planting.entry_id` 为空 ⇒ **杂种实生苗**批次，`germplasm_id` 待晋升流程写入（晋级纪律管）。单写点 + entry 有无即可区分两类 tree，无需新增类型字段。
|
||
> - 写树校验：`tree.trial_study_id = planting.trial_study_id`、`tree.entry_id = planting.entry_id`、`tree.germplasm_id` 与 entry 一致性按上述规则。
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### 3.5 breeding_group + breeding_group_member（分组/标签，P1）
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**breeding_group**
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| group_name | varchar(128) NOT NULL | |
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| group_type | varchar(32) | 取值见 §9（project/family/category/temporary_set/custom）|
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| target_id | int FK | 关联育种目标（可选） |
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| description | varchar(512) | |
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**breeding_group_member**
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| group_id | int FK→breeding_group | |
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| germplasm_id | int FK→breeding_germplasm | 或成员种质 |
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| clone_id | int FK→breeding_clone | **v2.2/H3**：或成员克隆（入选群体/决选批以 clone 为成员，呼应 D 组 clone 居中）；三者（germplasm/clone/tree）按分组用途择一 |
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| tree_id | int FK→breeding_tree | 或成员单株 |
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| note | varchar(256) | |
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> group_type 取值已定（§9）：project(育种项目) / family(家系·杂交组合群) / category(种质类别群) / temporary_set(临时选系集) / custom(自定义)。为避免与 `target`(育种目标) 语义重叠，不设 objective 维度。
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> **family / category 冗余消减（v1.3）**：`group_type=family` 本质是"某 `cross_combination` 的后代集合"，可由 `tree.combination_id` **动态推导**，不必存静态成员 → 建议 family 做成**虚拟分组（查询）**，不在 `group_member` 落成员；`group_type=category`（油桃/蟠桃/观赏桃）与 `germplasm.variety_type` 字典**重叠**，直接复用 `variety_type`，不在 group 里另起炉灶。故 `group_member` 主要服务于 project/temporary_set/custom 三类。
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### 3.6 breeding_report（统计报表配置，P2）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| report_name | varchar(128) NOT NULL | 报表名 |
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| report_type | varchar(32) | 育种进度/世代汇总/杂交组合统计/材料库存/MET分析 |
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| query_json | jsonb | 报表查询参数（保存配置，便于复用） |
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| created_by | varchar(64) | |
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| output_format | varchar(16) | | **v1.7**：报告输出格式 `docx` / `pdf` / `view`（看板实时聚合）；默认 `docx` |
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> **v1.7 确认进一期（原 v1.4 标记延后）**：V2.11 方案书 3.3.1 要求「年度育种进展 Word/PDF 报告」。故一期提供**报告生成服务**（基于 `report_type` 模板 + `query_json` 渲染），支持 docx/pdf 导出，不再仅限于只读聚合端点；看板类走 `view` 实时聚合，归档类走 docx/pdf 落盘。
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**配套**：
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- 报告生成服务：`POST /breeding/statistics/report/generate`（按配置渲染 docx/pdf，可由 cron 触发年度归档）
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- 只读聚合端点：
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- `GET /breeding/statistics/progress` 育种进度
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- `GET /breeding/statistics/generation-summary` 世代汇总
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- `GET /breeding/statistics/cross-stats` 杂交组合统计
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- `GET /breeding/statistics/inventory` 材料库存
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- `GET /breeding/statistics/met` 多年多点分析（钩子，V1.1 R 引擎）
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### 3.7 分子基因型层（V2.0，地基先建）
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**breeding_marker**（标记/位点）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| marker_name | varchar(64) UNIQUE | 如 SNP_Chr01_123456 |
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| chromosome | varchar(16) | 染色体 |
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| position | int | 物理位置 |
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| marker_type | varchar(16) | SSR / SNP / InDel |
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| panel | varchar(32) | **v1.4**：所属标记面板/芯片版本（如 `PeachSNP170K` / `GBSv1`），用于区分不同基因组集、GS 时需一致 |
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| assembly_version | varchar(32) | | **v1.6**：参考基因组版本（如 `Peach_v2.0`/`Peach_v2.1`），GS 拼接须同版本坐标，不同版本不可混；对齐 BrAPI marker.referenceGenome |
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||
| remark | varchar(512) | |
|
||
|
||
**breeding_genotyping_dataset**（基因分型数据集，v1.4 补，GS 训练/预测群体分组）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| dataset_name | varchar(128) NOT NULL | 如 "2026_Brix_GS_train" |
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| platform | varchar(32) | GBS / PeachSNP170K / 测序 |
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||
| panel | varchar(32) | 与 marker.panel 对应 |
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| purpose | varchar(16) | train（训练群体）/ predict（预测群体）/ reference |
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| run_date | date | 分型日期 |
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| lab | varchar(128) | 检测单位 |
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| remark | varchar(512) | |
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> 关联：`genotype_sample.dataset_id` FK→genotyping_dataset（标记某样品属于哪个分型集）。GS 训练时按 dataset(purpose=train) 取 sample→call 矩阵，避免每次手工挑样品。
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**breeding_genotype_sample**（基因型样品）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| dataset_id | int FK→breeding_genotyping_dataset | **v1.4**：所属分型数据集 |
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| source_type | varchar(16) | germplasm / tree |
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||
| source_id | int | 来源 id |
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| sample_type | varchar(16) | DNA / leaf |
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| sample_date | date | |
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| method | varchar(64) | 测序/芯片（GBS / PeachSNP170K） |
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||
| lab | varchar(128) | 检测单位 |
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||
| remark | varchar(512) | |
|
||
|
||
**breeding_genotype_call**（基因型调用）
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||
| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| sample_id | int FK→breeding_genotype_sample | |
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| marker_id | int FK→breeding_marker | |
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| allele | varchar(32) | 基因型编码（AA/AT/TT 或 0/1/2）；**v1.6**：遵循 VCF/GP 编码约定（Breedbase 走 VCF 导入），0/1/2 = 纯合ref/杂合/纯合alt |
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| remark | varchar(256) | |
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||
|
||
**索引**：`(sample_id, marker_id)` 复合唯一。
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### 3.8 breeding_propagation（克隆扩繁/苗圃，P1，已定纳入一期）
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> 桃主繁殖方式为嫁接/芽接扩繁（非种子实生）。打通 **入选株(tree) → 克隆种质(germplasm) → 扩繁批次(propagation) → 新定植树(tree)** 闭环；现有 `seedling`/`seed_treatment` 仍管种子实生苗，二者互补。
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**breeding_propagation**（扩繁批次）
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| batch_code | varchar(64) UNIQUE | 扩繁批次号 |
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||
| scion_source_type | varchar(16) | germplasm / tree（被扩繁的克隆来源） |
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||
| scion_source_id | int | 来源 id（入选株或其对应种质） |
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||
| produced_clone_id | int FK→breeding_clone | **v2.2/A2 澄清**：本次扩繁**所繁殖的原克隆**（嫁接扩繁沿用同一 clone，**不新建 clone**）；产出的新 tree 直接 `tree.clone_id = produced_clone_id`。原"产出的克隆"措辞易误读为新建，特此澄清。取代原 `produced_germplasm_id`→germplasm |
|
||
| rootstock_id | int FK→breeding_rootstock | **v2.2/A3**：砧木字典（§3.17）；不再 FK→germplasm。`germplasm.is_rootstock` 仅作"可作砧木"标记 |
|
||
| method | varchar(16) | 嫁接/芽接/扦插 |
|
||
| graft_date | date | 嫁接日期 |
|
||
| nursery_site_id | int FK→breeding_site | 苗圃地点 |
|
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| operator_id | int FK→breeding_personnel | 操作人 |
|
||
| scion_count | int | 接穗/芽数 |
|
||
| grafted_count | int | 嫁接株数 |
|
||
| survival_count | int | 成活株数（后续登记） |
|
||
| destination | varchar(32) | 出圃/定植/入库 |
|
||
| remark | varchar(512) | |
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||
> `survival_count` 与 `grafted_count` 可派生成活率；产出苗木经 `planting`（带 `rootstock_id`→breeding_rootstock）成为新 `tree`，新 tree 的 `clone_id` = `produced_clone_id`（**沿用原 clone，不新建**，A2），完成闭环（**v2.0：clone 级晋升，取代原 germplasm 级**）。
|
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|
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### 3.9 breeding_environment_condition（环境因子，P1，G×E 地基）
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> 多年多点分析的核心是 G×E 互作。无 site×year 的环境协变量（需冷量/积温/降水），BLUP 只能粗估。本表提供每个试验点每年的环境背景。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| site_id | int FK→breeding_site | NOT NULL | 试验点 |
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| year | int | NOT NULL | 年份 |
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| chilling_hours | numeric(8,1) | | 需冷量（小时） |
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| growing_degree_days | numeric(8,1) | | 积温（GDD） |
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| rainfall_mm | numeric(8,1) | | 降水量 |
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| temp_avg | numeric(6,1) | | 年均温 |
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| soil_moisture | numeric(6,1) | | 土壤墒情（可选） |
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||
| source | varchar(32) | | 气象站/人工记录/遥感 |
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| remark | varchar(512) | | |
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**索引/唯一**：`(site_id, year)` 唯一，确保每点每年一条。可复用 `yz.sql` 的"天气"字段做种子。
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### 3.10 breeding_audit_log（审计日志，P1）
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> 晋级审批、全程可追溯需"谁/何时/改了什么"轨迹，现有仅 `updated_time` 粒度不足。
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| entity_type | varchar(32) | 实体（tree/selection_result/cross_combination…） |
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| entity_id | int | 实体 id |
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| action | varchar(32) | create/update/delete/select/approve |
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||
| field_name | varchar(64) | 变更字段（可空，批量时为 null） |
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| old_value | varchar(512) | 旧值 |
|
||
| new_value | varchar(512) | 新值 |
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| operator_id | int FK→breeding_personnel | 操作人 |
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| created_time | 标准 | 时间戳 |
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**索引**：`(entity_type, entity_id)`、`(created_time)`。建议作为现有 14 域的**通用切面**（在 Service 写操作时统一落审计），而非逐表加列。
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||
|
||
> **审计覆盖范围（v2.2/G2，落实操作手册"记录不可删只能改、改要留痕"铁律）**：
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||
> - **鉴定类表**（`breeding_tree_evaluation` / `breeding_trait_observation` / `breeding_observation`）：**禁止物理删除**，且**禁用软删**（`is_deleted` 不对外开放）；淘汰/作废走**状态变更**（`status`/`issue_status`）而非删除。
|
||
> - 上述表的**每次 UPDATE 必须写 `breeding_audit_log`**（field_name/old_value/new_value 逐字段），由 Service 切面强制，不可绕过。
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> - 其余业务表沿用框架软删；`selection_result`/`cross_combination`/`tree` 等关键决策表的 update/select/approve 一并纳入审计切面。
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||
|
||
### 3.11 breeding_selection_rule（选择阈值规则，P1，决策地基）
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||
> RosBREED 的 DNA-informed 选择靠**指数阈值**（如 Brix≥12 且单果重≥200g）自动 flagged。`selection_result` 只记晋级/淘汰，缺"标准"实体，决策支撑会退化为纯人工勾选。本表把"选择标准"显式建模。
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|
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
|
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| rule_name | varchar(128) | NOT NULL | 规则名（如"鲜食品系晋级线"） |
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| target_id | int FK→breeding_breeding_target | | 适用育种目标（可选） |
|
||
| stage | varchar(32) | | 适用选择阶段（§9.1，如 ap 复选） |
|
||
| conditions_json | jsonb | NOT NULL | 阈值条件数组，如 `[{"trait_code":"brix","op":">=","value":12},{"trait_code":"fruit_weight","op":">=","value":200}]` |
|
||
| logic | varchar(8) | default "and" | 多条件组合 and/or |
|
||
| action | varchar(16) | | flag(标记)/select(自动晋级)/eliminate(自动淘汰) |
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||
| priority | int | | 规则优先级 |
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| enabled | bool | default true | |
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||
| remark | varchar(512) | | |
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||
|
||
> 决策支撑（§5.4）：前端按规则对 `tree_evaluation`/观测值求布尔，自动 flag/晋级；规则与 `trait` 字典通过 `trait_code` 关联，新增性状自动可被规则引用。
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||
>
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||
> **（v2.3 已落地）方向感知**：`conditions_json` 的 `op` 缺省按性状 `direction`（desc→`>=`，asc→`<=`）；`rank_top_n` 按方向取**最优前 N**（asc 取 EBV 最小前 N，desc 取最大前 N）；`into_ebv='0'` 性状不参与决策候选。**兼容性提醒**：既有规则对 asc 性状**显式写了** `>=` 的仍字面执行（可能选反），上线后人工复核。
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|
||
### 3.12 breeding_prediction（育种值：值表 V1.1 持久化 / GS 模型训练 V2.0）
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> **v1.7 时序拆分（关键）**：v1.6 曾把整张 `breeding_prediction` 标 V2.0，与分子层同期。但 V1.1 统计引擎（R `sommer`/`lme4` 做 ABLUP/EBLUP）会产出育种值（EBV），而「年遗传趋势图（专册 2.6.3）」「EBV 双轨选择（§5 B10）」「亲本/单株决策（专册 3.1/3.2）」都依赖 **EBV 持久化读取**——若不建值表，V1.1 一接入即断链。**v1.7 拆分**：
|
||
> - **值存储表 `breeding_prediction_value` 前移 V1.1**：与 V1.1 引擎同期建表并写入，持久化 EBV/预测值，供趋势图与决策读（**硬缺口①闭环**）。
|
||
> - **GS 模型训练（基因型→育种值）留 V2.0**：依赖分子层（§3.7 `genotype_call`）；其产出的 GBLUP/EBV 同样写入同一 `breeding_prediction_value` 表。
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||
|
||
**主表** `breeding_prediction`（模型/批次元数据）：
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| 字段 | 类型 | 说明 |
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|---|---|---|
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| id | int PK | |
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| model_name | varchar(128) | 模型名（如"2026_Brix_ABLUP" / "2027_Brix_GS"） |
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| trait_id | int FK→breeding_trait | 预测的性状 |
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| method | varchar(32) | ABLUP(系谱) / gBLUP / rrBLUP / GBLUP / Bayes（V1.1 先填 ABLUP，GS 类 V2.0） |
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| accuracy | numeric(5,3) | 模型精度（交叉验证） |
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||
| heritability | numeric(5,3) | **v2.2/B1+B2**：本次 BLUP × 该性状的**加性(狭义)遗传力 h²**（一次预测=一个 h²，故落**主表**而非明细）。落库口径取**克隆均值遗传力** h² = V_clone /（V_clone + V_e/k̄），k̄=各 clone 平均重复株数；PA 上限 PA≤√h² 用此值。**注**：术语正名——ABLUP 产出的是加性/狭义 h²，非"广义遗传力"（后者含显性/上位，clonal 数据虽可估广义，但本系统选择决策用加性 h²） |
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| train_n | int | 训练样本数 |
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| predict_date | date | 预测日期 |
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| note | varchar(512) | |
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**明细** `breeding_prediction_value`（个体预测值，**V1.1 建表**）：`prediction_id` / **`clone_id`(FK→breeding_clone，个体锚点，v2.1/R1 与 EBV 聚合层一致)** / `tree_id`（可选重复测量）/ `predicted_value` / `reliability` / `rank`（EBV 排名）。**（v2.2/B1）** `heritability` 已上移主表 `breeding_prediction`（一次 BLUP × 一性状 = 一个 h²，不应在每条明细重复），明细仅存个体级 clone/value/reliability/rank。V1.1 引擎每次跑 BLUP 在主表落 h²、明细落各 clone 的 EBV，同批次持久化。
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||
|
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> **（v2.3 已落地）rank 语义 + h² 兜底**：`breeding_prediction_value.rank` 是**写时快照**——读时（EBV 排行/轮次对比）按性状当前 `direction` 重新推导优度序（`ebv_ranking` 读时重排、`compare_predictions` 方向感知），性状事后改方向**不需重跑批次**。主表 `heritability` 实测缺失时，指数/排行可用 `breeding_trait.default_h2` 先验兜底（两者皆无才拒绝）。
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### 3.13 breeding_seed_lot（种子批·库存，P1，与 MET 一并建模）
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> v1.1/§8.3 曾把库存"延后"。v1.3 复审：MET 与**选择强度**都依赖 "种子→播种→定植→入选" 链，故把 `seed_lot` 作为**批记录**提前进一期（仍非完整事务性出入库台账，后者延后）。与 §3.4 的 trial_study 链路共同拼出完整育种流程。
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|
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| combination_id | int FK→breeding_cross_combination | NOT NULL | 所属杂交组合 |
|
||
| lot_code | varchar(64) | UNIQUE, NOT NULL | 种子批号 |
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| harvest_year | int | | 收获年份 |
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| seed_count | int | | 收获粒数（选择强度源头） |
|
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| used_count | int | default 0 | **v1.5/v1.6**：已从该批**取用的粒数**（在 seedling/播种环节按粒累加，非定植株数），由 planting/seedling 写操作维护；`remaining = seed_count - used_count` 派生「剩余可播种量」，选强链前段（获种→已用）可量化，不再依赖手工孤值 |
|
||
| germination_rate | numeric(5,2) | | 发芽率 %（活力） |
|
||
| storage_type | varchar(16) | | 种子库/离体/DNA |
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||
| storage_location | varchar(128) | | 存放位置 |
|
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| test_date | date | | 活力检测日期 |
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||
| remark | varchar(512) | | |
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|
||
**链接（选择强度链）**：
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- `breeding_seedling.seed_lot_id` FK→seed_lot（追溯幼苗来源批）
|
||
- `breeding_planting.seed_lot_id` FK→seed_lot（可选；种子来源定植）
|
||
- **`used_count` 维护（v1.5/v1.6）**：每次从某 `seed_lot` 取种（建 seedling / planting 引用该 lot）时由 service 按**粒**累加 `used_count`；`remaining = seed_count - used_count` 实时可查，避免手工维护 `seed_count` 与实际消耗脱节（注意粒度：粒≠株，used_count 记粒数）。
|
||
|
||
> **选择强度贯通（v1.5/v1.6）**：`seed_lot.seed_count`（获种数）→ `seed_lot.used_count`（已用/播种粒数，派生 remaining）→ `COUNT(seedling WHERE seed_lot_id)`（成苗）→ `COUNT(tree WHERE planting.seed_lot_id)`（定植数）→ `COUNT(selection_result 入选)`（入选数）→ 各级**选择强度/选择率**可算，且 "每组合在某试验点种了多少" 与 MET 的 `trial_study` 直接挂钩。前段「获种→已用」因 `used_count` 派生而不再失真。
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### 3.14 breeding_treatment（试验因子/处理，P1，v1.5 提进一期）
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> **背景**：§9.4 `design_type` 含 `split_plot`（砧木×接穗两因子）。若只记 design_type 而不结构化 factor/level，BLUP 无法估因子主效应与互作，设计等于白支持。BrAPI 有 `Treatment`(factor + level) 实体；MIAPPE 要求 `ExperimentalFactor`。本表把"试验处理"显式建模，使裂区/析因设计的统计效应可估。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| trial_study_id | int FK→breeding_trial_study | NOT NULL | 所属试验 |
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| factor | varchar(32) | NOT NULL | 因子名（如 `rootstock` 砧木 / `scion` 接穗 / `fertilizer` 肥料） |
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| level | varchar(32) | NOT NULL | 因子水平（如 `GF677` / `Maotao` / `N0`） |
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| description | varchar(256) | | 处理说明 |
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| remark | varchar(512) | | |
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**索引/唯一**：`(trial_study_id, factor, level)` 唯一。统计层按 `treatment.factor×level` 估主效应与互作，与 `block` / `environment` 一并进入混合模型 `y = genotype + block + treatment + genotype×env(+空间)`。
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### 3.15 breeding_planting_treatment（定植-处理关联，P1，v1.6 落地 A3）
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> **背景（A3，v1.6）**：§3.14 的 `treatment` 需落到具体定植批次才能进统计。一个 block 级 `planting` 批次常同时接受一组处理（如 rootstock=GF677 + scion=Maotao），故建多对多关联表。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int PK | | |
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| planting_id | int FK→breeding_planting | NOT NULL | 定植批次（block 级） |
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| treatment_id | int FK→breeding_treatment | NOT NULL | 接受的处理（factor×level） |
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| remark | varchar(512) | | |
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||
**索引/唯一**：`(planting_id, treatment_id)` 唯一。统计层按 `planting→treatment` 把 factor×level 挂到该批次全部 tree，与 `block`/`environment` 一并进入混合模型。
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---
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### 3.16 数据质量门禁（quality gate，P0，作用在 breeding_trait_observation / breeding_observation 入库前）
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> **（v2.2/C1）** 门禁作用于长表 `breeding_trait_observation`（单株鉴定明细）与 `breeding_observation`（plot/物候），**不再作用于已废弃的 `tree_evaluation` 固定列**（F1）；单位/阈值一律从 `breeding_trait` 对齐（valid_min/valid_max/unit）。
|
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|
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| 门禁项 | 规则 | 处置 |
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|---|---|---|
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| 缺失值标记 | 关键**单元键**缺失（**入选前实生苗=`tree_id`**；入选后=`clone_id`，F3）+ 年份 + 性状值 | 标记 `issue_status=pending`（待补录），**不进分析池** |
|
||
| 异常值 | 数值性状按 `trait.valid_min/valid_max` 越界 | 标记 `issue_status=pending`，人工复核（H1：全局阈值 + 人工） |
|
||
| 单位混用 | 值单位 ≠ `trait.unit` | **整行拒收** `issue_status=rejected`（§3.1 unit 强校验） |
|
||
| 重复记录 | 按 **`(tree_id, 年份, 性状, obs_date)`** 判重（**含 tree_id，F4**） | 去重（保留最新 / 人工选择） |
|
||
|
||
> **（v2.2/F4）判重与重复测量的命门区分**：同一 clone 经扩繁的**多株 tree** 在同点同年的观测是**合法重复测量（clonal replicates）**，正是 reliability 的来源，**绝不可当"重复记录"删**。故判重键必须**含 `tree_id`/株号**——只有"同一株、同年、同性状、同日期"多条才是真重复；clone 级多株是"重复测量"而非"重复记录"。原 v2.1 按 `(clone_id,地点,年份,性状)` 判重（会把 clonal replicates 删到只剩一条 → reliability 崩、自由度虚低）**作废**。
|
||
> **（v2.2/F3）实生苗阶段单元键退化**：入选晋升前实生苗无 clone_id，门禁单元键退化为 `tree_id`（童期观测按株入库），入选建 clone 后切换 clone_id；否则童期采集会被全部判"缺失键"打回。
|
||
> **（v2.2/C3）门禁 × 状态机衔接**：门禁拒收 → `issue_status=rejected` 且记录停留 `status=draft`；门禁标记异常/缺失 → `issue_status=pending`，须人工修正后方可置 `status=validated`；**仅 `issue_status=normal` 且 `status=validated` 的记录进 BLUP 分析池**。
|
||
|
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### 3.17 breeding_rootstock（砧木字典，P0 数据治理地基）
|
||
> 阶段0 建砧木字典（砧木名称/类型/来源），**只挂 observation 层**（tree/planting 的 `rootstock_id`），与 `germplasm.is_rootstock`（亲本种质属性）**区分用途**：`germplasm.is_rootstock` 标记"该种质可作砧木"，`breeding_rootstock` 才是观测层实际使用的砧木清单。砧木**绝不进 A 矩阵**（建模铁律，§5.x）。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int | PK | 自增主键 |
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| code | varchar(32) | UNIQUE NOT NULL | 砧木编码 |
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| name | varchar(64) | NOT NULL | 砧木名称（如毛桃/山桃/GF677…） |
|
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| type | varchar(32) | | 砧木类型（乔化/矮化/本砧…） |
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||
| source | varchar(128) | | 来源（自繁/引进） |
|
||
| remark | varchar(512) | | |
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### 3.18 breeding_pedigree（独立系谱表，P0 数据治理地基，v2.1）
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> **v2.1 修订（R2）**：系谱从"clone 内联 female/male_parent_id + germplasm.pedigree 自由文本"升级为**独立系谱表**。原因：① clone 父本指向 germplasm，而 germplasm 父级是自由文本 → A 矩阵递归到父本级断裂；② 自选系作亲本时递归立刻崩。独立表让 `dam`/`sire` 也指向本表，递归闭环。
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| 字段 | 类型 | 约束 | 说明 |
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|---|---|---|---|
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| id | int | PK | 自增主键 |
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| individual_type | varchar(16) | NOT NULL | `clone` / `germplasm`（个体类型，两类共用本表） |
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| individual_id | int | NOT NULL | 指向 breeding_clone.id 或 breeding_germplasm.id（由 individual_type 决定） |
|
||
| dam_id | int | FK→breeding_pedigree.id | 母本（指向本表，递归闭环；引进种可为 NULL） |
|
||
| sire_id | int | FK→breeding_pedigree.id | 父本（指向本表；引进种可为 NULL） |
|
||
| rel_type | varchar(16) | | 关系类型（biological / 可选） |
|
||
| combination_id | int | FK→breeding_cross_combination 可空 | 来源杂交组合（clone 型时有意义） |
|
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| remark | varchar(512) | | |
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|
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> `breeding_clone.female_parent_id/male_parent_id` 降为**冗余直查列**（§3.0），权威系谱以本表为准；`germplasm.pedigree`（自由文本）**移除**，改由本表承载（§4 germplasm 行同步修订）。
|
||
> **（v2.2/A4）A 矩阵系谱唯一权威**：构造遗传关系 A 矩阵的系谱**以本表 `breeding_pedigree`（dam_id/sire_id 递归闭环）为唯一权威**；`cross_combination` 的父/母本仅作 clone 系谱行的**自动派生源**（新建 clone 时据组合父母本自动生成本表一行），**不作为 A 矩阵的独立系谱来源**，避免"combination 父母本"与"pedigree dam/sire"双源不一致。§5.8 同步修订。
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## 4. 现有模块字段调整（非新增模块）
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| 模块 | 新增字段 | 说明 |
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|---|---|---|
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| germplasm | accession_no(varchar UNIQUE)、stage(varchar 选择阶段)、generation(varchar 遗传世代,可空)、storage_type(varchar 田间/离体/种子/DNA)、is_rootstock(bool)、rootstock_id(int FK 自关联)、**护照块(v1.4,FAO-MCPD): institute_code(varchar 保存单位)、country_origin(varchar 起源国)、collection_site(varchar 采集地)、acquisition_date(date 引种日期)、biological_status(varchar 生物状态:wild/landrace/breeding_line)、breeding_program(varchar 所属育种计划,v1.6 暂自由文本,后续可升级 FK breeding_program 顶层)** | 种质档案补全 + 桃特有维度 + **国际种质资源护照（Genesys/FAO 对齐）**；**系谱不再内联**（v2.1：移除 `pedigree` 自由文本，改由 §3.18 `breeding_pedigree` 独立表承载，避免 A 矩阵递归断裂） |
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||
| cross_combination | cross_type(varchar 杂交/自交/开放)、parent_combination_id(int 自链 FK)、reason(varchar 选配理由)、stage | 系谱链 + 选配理由 |
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| pollination | bagging_date(date 套袋)、emasculation_date(date 去雄)、**female_tree_id(int FK→breeding_tree，可空)、male_tree_id(int FK→breeding_tree，可空)(v1.4,杂交圃父/母本树指定)** | 田间杂交登记补全 + **控制杂交父/母本树追溯（crossing block）** |
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||
| seedling | seed_lot_id(int FK→breeding_seed_lot) | 追溯幼苗来源批（选择强度链，§3.13） |
|
||
| planting | rootstock_id(int FK→breeding_rootstock，v2.2/A3)、**entry_id(int FK→breeding_trial_study_entry，可空，v1.5 单写点补 entry)**、**trial_study_id(int FK→breeding_trial_study，可空，单写点)**、**block_no(int，该批树所属区组，单写点)**、**seed_lot_id(int FK→breeding_seed_lot，可空)**、**propagation_id(int FK→breeding_propagation，可空，v1.6 来源双路径)** | **粒度=block 级批次（v1.6 明确：同一 entry 跨多 block 须建多个 planting）**；砧木–接穗建模 + **试验隶属（MET 链路唯一写入口；entry_id 非空=参试无性系批次，germplasm_id 入试即定；为空=杂种实生苗批次，germplasm_id 待晋升）** + 库存链接（seed_lot.used_count 派生剩余）+ 来源双路径（种子批/扩繁批二选一） |
|
||
| tree | **clone_id(int FK→breeding_clone，**可空**；杂种实生苗定植可空、入选晋升时建 clone 回填，参试无性系定植必填，v2.2/A1 取代原"定植必填/1树=1clone"；扩繁后 1 clone↔N tree，§3.0 聚合锚点)**、stage(varchar 选择阶段)、generation(varchar 遗传世代,冗余自 combination)、rootstock_id(int FK→breeding_rootstock，v2.2/A3)、**germplasm_id(int FK→breeding_germplasm，晋升时回填、定植时留空，禁手填；v2.0：定植即定 clone，germplasm 仅当 clone 晋升为种质时写入)**、**entry_id(int FK→breeding_trial_study_entry，可空，v1.5 派生自 planting，区分两类 tree)**、**trial_study_id(int FK→breeding_trial_study，可空，v1.5 仅记「定植所属 study」，派生自 planting；跨年/跨点观测走 observation.trial_study_id+obs_year)**、**block_no(int，派生自 planting，BLUP block 效应来源)** | **clone 聚合锚点（R1 修正：tree 必带 clone_id，EBV 经 tree.clone_id 聚合到 breeding_clone，否则链路断）** + 阶段/世代标记 + 克隆晋升链路（4.x 全流程 + GS 拼接依赖）+ **MET 观测单元归属（派生，单写点=planting；两类 tree 以 entry_id 有无区分）** |
|
||
| site | soil_type(varchar 土壤类型)、**latitude(numeric 坐标)、longitude(numeric)、elevation(int 海拔)(v1.4，空间 BLUP/MIAPPE 环境描述)** | 试验地块补全 + **地理定位** |
|
||
| selection_result | **clone_id(int FK→breeding_clone，v2.2/D1，决选落 clone 级)**、对齐 stage 晋级流转（建议加 from_stage/to_stage + approved_by）、**rule_id(int FK→breeding_selection_rule，可空，v1.4，记录触发晋级的规则，决策闭环)**、tree_id（保留作溯源） | 晋级审批流 + **选择决策溯源（决选粒度=clone，tree_id 溯源到具体单株）** |
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| tree_evaluation | **（v2.2/F1：已删果实性状固定列，改为"一次鉴定主记录"，性状明细全落 §3.2b `breeding_trait_observation`）** trial_study_id(int FK→breeding_trial_study，可空，环境键)、evaluate_date(调查时间)、breeding_personnel_id(评价人)、overall_score(总评)、**crop_load(varchar 坐果量评级 1/2/3，可空，作果实性状协变量降环境误差——**作鉴定主记录字段，每次鉴定一值**)** | 鉴定主记录 + 环境键 + **负载量协变量（专册 1.3：坐果量评级吸收单株负载造成的生理/环境误差，提升 EBV 与选择指数精度）** |
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**tree_evaluation 定位（v2.2/F1 裁定：单一长表，废弃固定列）**：`tree_evaluation` **已删除所有果实性状固定列**，降为**一次鉴定的主记录**（tree_id + evaluate_date + 评价人 + overall_score + crop_load 等每次鉴定级字段），性状明细**全部迁往 §3.2b `breeding_trait_observation` 长表**（`breeding_trait` 字典驱动）。原 v1.3「按 `pa_four` 扩 ~30–40 固定列」口径**作废**——已落地代码（2026-07-29）删固定列、统计 service 改从 `breeding_trait_observation` pivot 取数。**报表/SQL 聚合的补偿**：由 DB 视图（统计用普通 VIEW / 看板用 MV）按 `trait_code` pivot 顶上（§8.4），不回退固定列。*原则回归：§0「性状与观测分离」恢复为「字典定义 + 值全部长表」，不再是「固定列 + EAV 双轨」。*
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> **v1.6 补（A1）/ v2.2 修订**：`tree_evaluation`（鉴定主记录）加 `trial_study_id`（可空，按该年 `observation.trial_study_id` 推导或直填），使该次鉴定的所有性状明细（经 evaluation_id 关联的 `breeding_trait_observation`）都继承环境键，纳入 MET 环境效应估计（原"固定列层漏环境键"的裂痕在长表下由主记录统一承载）。
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**统一性状值视图（v1.3 补 / v2.2 F1 重定义，统计层关键）**：性状值一律经 `trait_id` 与 `trait` 字典关联（长表天然带键，无固定列漂移问题）。在统计/GS 层定义**统一性状值视图 `v_trait_value`**（DB **普通 VIEW**），把 `breeding_trait_observation`（单株鉴定明细，喂 EBV）+ 必要时 union `breeding_observation`（plot/物候）按 `(unit_key, trait_code, obs_year)` pivot 归一为宽/长表，供 V1.1 BLUP 与 V3.0 决策消费——**普通 VIEW 保证 fresh，不会有过期数据污染 EBV**。看板/报表另建**物化视图 MV**（定时刷新换性能），**MV 不得作为 BLUP 输入**。种子初始化只需把 `pa_four` 写入 `trait` 字典（`is_core=true`），不再向任何固定列写值；新增核心性状只加字典行，不改表结构。
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> **v1.6 补（A6）/ v2.0 修订**：视图/引擎须把 `tree_evaluation`/`observation` 的观测按 `tree.clone_id`（**v2.0：由 `tree.germplasm_id` 改为 `tree.clone_id`→`breeding_clone`**，详见 §3.0）聚合为 clone 的**重复测量**（同一 clone 经扩繁多株 tree 是重复而非独立个体），EBV 随机效应估在 `breeding_clone` 级（`clone_id`），tree 作重复；否则 V1.1 会误把每株当独立个体高估自由度。
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## 5. 统计分析与决策地基（关键要求）
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用户明确要求"统计分析与决策，需要基础能够支持"。数据模型须满足：
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1. **任意性状可聚合**：统一性状值视图（§4 末尾，v2.2/F1 由 `breeding_trait_observation` + `breeding_observation` 长表 pivot）使「按性状×年份×地点×阶段」切片聚合无需改表——这是 ABLUP/EBV 与选择指数的输入。
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2. **MET 结构就绪（v1.3–v1.5 补全）**：`tree.trial_study_id`（**v1.5 仅记「定植所属 study」**，派生自 planting）+ `tree.block_no`（区组随机效应）+ `trial_study.block_count` + **`trial_study_entry`（entry_number 设计矩阵聚合键）** + **`treatment`（factor×level，v1.5 提进一期，支撑 split_plot 等因子效应）** 提供完整试验设计维度；跨年/跨点观测经 `observation.trial_study_id + obs_year` 表达（树自身不跨 study）。`site` 经纬度/海拔支持 **空间 BLUP（sommer 空间项）**。V1.1 混合模型 `y = rootstock + site + year + block + treatment + environment + genotype(clone) + clone×year(随机互作) + G×E(+空间)` 各效应项齐备（**v2.2/F5：`rootstock` 作固定效应显式入模，与 §5.x 铁律一致，否则 EBV 被砧木注水**；**v2.1/R9：桃多年生、同 clone 跨年观测是重复测量，须含 `clone×year` 随机互作，否则单年运气被当遗传进展**），可输出 clone 级 EBV。
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> **sommer 基线公式（v2.2/B3，供 R 脚本落地）**：`mmer(y ~ rootstock + site + year + block, random = ~ vsr(clone, Gu=Amat) + vsr(clone:year), rcov = ~ units, data=...)`，其中 `clone` 走 A 矩阵（`Amat` 由 §3.18 `breeding_pedigree` 构造），`rootstock/site/year/block` 为固定效应扣除系统偏差。lme4 退化版：`lmer(y ~ rootstock + site + year + block + (1|clone) + (1|clone:year))`（无 A 矩阵时）。
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> > **（v2.3 已落地）G×E 交互引擎**：`run_ablup` 已支持 `gxe=True` + `gxe_env=site/year`（`method=GXEBLUP`）；site→自动固定效应 `trial_study`、year→自动固定效应 `year`；σ²gxe/gxe_ratio/n_cross_env 落 `breeding_prediction.note` JSON；**不可辨识门禁**（无跨环境重复 / 单元内无重复）→409「G×E 不可辨识」；同 clone 多株**坍缩为基因型节点 `c{clone}`**（EBV 一致，重复测量聚合）；异步 `StatisticsJobModel` job_type=GXE/ABLUP + SUCCESS/FAILED。落地台账见 §8.11 与 `桃育种系统统计引擎实施记录.md`。
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3. **选择指数可计算**：统一性状值视图(表型) + `genotype_call`(基因型) → 多维选择指数（RosBREED DNA-informed 思路），按 `stage` 分层筛选；`selection_rule`（§3.11）把阈值显式化，支持自动 flag/晋级。
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4. **选择强度可算（v1.3 补）**：`seed_lot.seed_count`→成苗→定植→入选 四级计数贯通（§3.13），育种效率/选择压力可量化，且与 MET 的"每组合在某点种了多少"挂钩。
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5. **决策支撑**：`selection_result`(晋级/淘汰) + `stage` 流转 + EBV 排名 + `selection_rule` 自动标记 → 前端决策视图（哪些株晋级/淘汰、依据 EBV 与哪条规则）。
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6. **溯源闭环**：`tree→combination→父/母本 germplasm` + `observation/field_operation/pollination` 全 FK → 任意品系反向追溯（需求 7.1）。
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7. **重复测量聚合（v1.6，A6 / v2.0 修订）**：同一 clone 经扩繁产生多株 tree，其表型是同一基因型的重复观测；统计前按 `tree.clone_id`→`breeding_clone` 聚合为 clone 重复（**v2.0：取代原 `tree.germplasm_id`→germplasm 级聚合**），EBV 随机效应估在 `breeding_clone` 级（`clone_id`），避免自由度虚高。
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8. **系谱 A 矩阵（v1.6，B9 / v2.0 明确 / v2.2 A4 修订）**：除基因组 G 矩阵（来自 `genotype_call`）外，BLUP 可并入系谱 A 矩阵；A 矩阵系谱**以 §3.18 `breeding_pedigree`（dam_id/sire_id 递归闭环）为唯一权威**（v2.2/A4），供 `sommer` 递归构造；`cross_combination` 的父/母本仅作 clone 系谱行的**自动派生源**（建 clone 时据组合父母本自动生成 pedigree 行），不作独立系谱来源，避免双源不一致。`breeding_clone.female/male_parent_id` 仅为冗余直查列。**砧木（`breeding_rootstock`）绝不进 A 矩阵**（建模铁律，§5.x）——砧木改表型不改遗传身份。
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9. **EBV 驱动选择（v1.6，B10 / v2.2 B4 修订）**：`selection_rule`（§3.11）的 `conditions_json` 除引用 `trait_code`（表型阈值）外，应允许引用 `prediction_value`（EBV 排名阈值），实现 RosBREED「表型 + EBV」双轨选择。**（v2.2/B4）双轨统一在 clone 级判定**：表型侧先按 `tree.clone_id` 聚合到 clone 均值，再与 clone 级 EBV 按同一规则比较，避免"表型按株、EBV 按 clone"粒度错配。
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10. **负载量协变量（v1.7，硬缺口②）**：`tree_evaluation.crop_load`（坐果量评级 1/2/3）作为果实性状混合模型协变量，吸收单株负载造成的环境/生理误差（专册 1.3），提升 EBV/选择指数精度；V1.1 引擎须支持该协变量项。
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11. **超期预警/通知（v1.7，软缺口⑤，工程项）**：专册 3.3.2「树 N 年未决策预警」由定时任务（cron）扫描 `selection_result`/`tree.stage` 实现，结合 `selection_rule` 触发通知；不阻塞一期数据模型，属前端/调度工程项。
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### 5.x 砧木建模铁律（遗传评估不可动摇规则，v2.0 2026-07-30 锁定）
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> 适用于所有落地：数据字典、R 脚本（sommer/lme4）fixed 公式、observation 层字段、质量门禁。
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1. **记录层**：砧木只记在 observation 层（`tree`/`planting` 挂 `rootstock_id` → `breeding_rootstock` 字典，§3.17）；`breeding_clone` 系谱层**无砧木**。
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2. **A 矩阵（遗传随机关系）**：**绝不进**——砧木改表型不改遗传身份，进 A 矩阵会污染 clone 的 EBV。
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3. **BLUP 固定效应**：砧木**必须进**，与 `地点 / 年份 / 定植批次` 并列扣除系统偏差；否则残差被污染、clone 的 EBV 被砧木注水。
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> 关键澄清："不进 A 矩阵" ≠ "不进模型"——砧木不进随机遗传关系，但**必须进固定效应**。这一字之差直接决定 EBV 是否被砧木注水，是建模正确性的命门。
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### 5.y 间接早选（indirect early selection，v2.0）
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| 分期 | 内容 | 阶段 |
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|---|---|---|
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| 童期采集 | `trait.stage=juvenile` 性状采集（tree 视角，2–3 年） | **一期必做** |
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| r_G 早选模型 | 基于遗传相关 r_G 的早选（童期性状预测评价段性状） | 排**二期** |
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| 一期过渡 | 用历史"晋级/淘汰"标签训练**监督分类器（过渡）** | 一期 |
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### 5.z 模型健康监控（v2.1，R4）
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> "模型还准不准"的命门。每次 BLUP 重跑后扫描并与上一轮对比：
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> - **h² 连年突降**：某性状 h² 较上一轮跌幅超阈值 → 告警（疑似数据质量/环境突变）。
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> - **clone EBV 排名大幅翻转**：排名 delta / 排序相关性骤降 → 告警（疑似录入错误或模型设定漂移）。
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> - 输出进现有告警/定时任务通道（§5 第11点），与"树 N 年未决策"并列。
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> **（v2.3 已落地）方向感知**：轮次对比 `compare_predictions` 已按性状当前 `direction` 排序（asc 时 rank 1 = 最低 EBV 优）；h²/相关/翻转位移量对反转不变量不变，仅展示 rank 列不再把最差株显示为第 1。
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## 6. 实施路线（建议）
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| 阶段 | 内容 |
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|---|---|
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| **第0阶段 数据治理（占40%、前置，v2.0/v2.1/v2.2）** | 盘点5年历史数据 + **breeding_clone 系谱表（§3.0）** + **breeding_pedigree 独立系谱表（§3.18，A 矩阵唯一权威）** + **breeding_rootstock 砧木字典（§3.17）** + **trait_observation 单株鉴定明细长表（§3.2b，v2.2 补登记既有表）** + `trait` 加 `stage`（§3.1）+ 字段规范 + **数据质量门禁（§3.16）**；garbage in garbage out，决定后续 EBV 可信度 |
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| 地基（先做） | trait(含 ontology_uri) + observation(含 status) + **trait_observation 单株鉴定明细长表（§3.2b，v2.2 补登记既有表）** + 现有模块 stage/rootstock/accession_no/pedigree 字段；数据权限/options 沿用现有生成器 |
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| P0 | field_operation |
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| P1 | trial(+study+**study_entry**,§3.4)、**treatment(试验因子/处理,§3.14,v1.5 提进一期)**、**planting_treatment(§3.15,v1.6)**、group(+member,§3.5)、propagation(克隆扩繁,§3.8)、seed_lot(种子批,§3.13,**v1.5/v1.6 used_count 派生剩余**)、environment_condition(环境因子,§3.9)、audit_log(审计,§3.10)、selection_rule(选择阈值,§3.11,**v1.6 支持 EBV 阈值**)、**site 坐标 + germplasm 护照块 + pollination 父/母本树 + selection_result.rule_id(v1.4)+trial_study_id(v1.6) + planting.entry_id(v1.5)+propagation_id(v1.6)+block级粒度 + tree 两类区分 + tree_evaluation.trial_study_id(v1.6) + tree_evaluation.crop_load(v1.7) + tree_photo.observation_id(v1.6)（§4 字段调整）** + trial_study.season(v1.6) + marker.assembly_version(v1.6) + trait.method_uri/scale_uri(v1.6) + observation.validated_by/date/unit(v1.6) + kinship A矩阵(v1.6) |
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| P2 | statistics 聚合端点（含 selection_rule 驱动的自动 flag/晋级预览） |
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| **延后（v1.4 标记，v1.7 调整）** | **experiment_factor（MIAPPE 受控试验因子，先用 field_operation 近似）、breeding_program 顶层（BrAPI Program，target 暂代）** |
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| **批量表型导入（v1.3 补,规划）** | `observation` 是 EAV（性状×单元×值），主数据入口是**成千上万条观测的批量进表**（设备/ sheet 导出），与现有"一行一实体"行式导入机制不同，需单列导入通道（含 trait_code 校验、单位换算、单元解析 tree_id/plot_id） |
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| 字典类型扩展 | breeding_dict.sql 增 breeding_stage/breeding_generation/breeding_group_type/breeding_design_type 四类（英码+中文），接入下拉与 Excel 导入翻译(DictLabelResolver) |
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| V2.0 | marker + genotype_sample + genotype_call（地基先建表，分析后置）+ **GS 模型训练**(§3.12，值表已 V1.1 前移) |
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| V1.1 | R 统计引擎接入统一性状值视图 + trial 做 BLUP/EBV |
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| V3.0 | AI 决策（Agno + DeepSeek）消费 EBV/选择指数 |
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| BrAPI 适配层 | 只读 `/brapi/v2/*` 端点（germplasm/crosses/trials/studies/observations/observationvariables/lists/samples/markers/calls/programs，**field_operation 映射为 `/observations`(带 op_type) 而非 `/events`**），对接 Breedbase/Flapjack/国际交换（§0 原则 7） |
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**工程约定（生成器机制待拍板）**：新模块用**系统内置代码生成器**（`module_generator/gencode`，DB-first，产物落 `app/plugin/`，自动建菜单）还是**续用自定义 `_gen_*.py`**（落 `app/api/v1/module_breeding/`，与现有 14 域一致）仍待用户定 A/B/C（见记忆「建表/生成器坑」）。无论哪条，改字段后跑 `deploy.bat migrate`（`fix_breeding_columns.py`）再重启后端。
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## 7. 待确认项（收口）
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v1.7–v1.8 已闭环统计/决策地基与团队隔离；**v1.9 已收口"枚举归属 A/B"（性状量表选项→`scale_json`、不进 `sys_dict`，详见 §3.1 / §0 原则1）**。剩余**唯一未拍板项 = 生成器机制 A/B/C**（注意：此 A/B/C 与"枚举归属 A/B"是两回事，勿混）：
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1. **生成器机制 A/B/C（唯一未拍板）**：新模块落 `app/plugin/`（内置 gencode 式）/ 续用自定义 `_gen_*.py`（与老 14 一致）/ 全迁 plugin 式。其余规格（含 v1.7 全部字段、v1.9 枚举归属）均已锁定，实施时据此生成即可。
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> 文档进入"v1.9 枚举归属定稿版"。除生成器 A/B/C 外，待用户明确"做/搞吧"后实施，不先行编码。
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## 8. 复审补充：遗漏与替代思路（2026-07-28 复审）
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> 本节为第一稿（§0–§7）的批判性复审结论，针对"还有哪些遗漏 / 不同思路"自省。改变范围的项标注「待拍板」。
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### 8.1 原稿遗漏的关键项
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1. **`generation`（遗传世代）与 `selection_stage`（选择阶段）混为一谈**：桃虽以无性选择为主，但回交转育（BC1/BC2）、自交分离（F2）仍是真实遗传世代，与"选到第几轮"是两回事。建议拆字段：`generation`（F1/BC1/BC2…，跟 `cross_type` 联动）+ `selection_stage`（实生苗/初选株/复选株/品系/区试/新品种）。
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2. **缺"树→种质"晋升链路（克隆生命周期）**：入选株应晋升为 clone/accession（germplasm）被命名扩繁。需 `tree.germplasm_id`，否则基因型（测在 germplasm）与表型（测在 tree）无法在 GS 中拼接。
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3. **原清单 1.4「按团队权限隔离」→ 改用 `sys_dept` 承载课题组隔离（v1.8 定稿）**：经讨论，team 仍**不建独立模块、不加 `owner_team` 字段**；但启用 FastApiAdmin 框架**已有**的"部门（dept）数据范围"能力承载课题组隔离——把"课题组"建模为 `sys_dept` 节点，给角色配"本部门及子部门"数据范围，`Permission._permission_condition()` 即按创建者所在部门自动隔离，breeding 表零改动。
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**隔离边界（关键业务决策）**：
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| 数据域 | 隔离策略 | 理由 |
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| 性状字典、选择规则 | **跨组共享** | 全所统一观测标准与选择阈值 |
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| 种质资源、系谱 | **跨组共享** | 所级资源库，亲本须被各课题组选配 |
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| 试验基地、地块、育种人员 | **按课题组隔离** | 各组自有基地/地块与人员花名册 |
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| 育种流程（杂交→评价） | **按课题组隔离** | 各组私有作业数据 |
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| 统计分析（数据集/计算/育种值/指数/报告） | **按课题组隔离** | 各组独立遗传评估与决策 |
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**局限**：隔离靠"创建者部门"推断（谁建的归哪组）；若要"跨组协作同一条数据"需升级显式 `owner_team` + 多对多协作，留待单独立项。
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**范围说明（2026-07-29 澄清）**：当前实际仅「桃育种课题组」在用，多课题组为**未来扩展**预留。隔离机制**先就位**——建 `sys_dept` 课题组节点 + 给角色配"本部门及子部门"数据范围即可，无需改任何 breeding 代码；无多组时所有用户同属一组，效果等同无隔离，不影响现有使用。未来新增课题组只需加 dept 节点并迁移用户 `dept_id`，即可自然隔离。
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**落地（配置级、非代码，需先确认真实课题组清单）**：① `sys_dept` 建课题组节点 ② 用户 `dept_id` 归属 ③ 育种员等角色配数据范围"本部门及子部门"（ADMIN/SUPER_ADMIN 看全部）④ 验证普通用户仅见本组数据。
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4. **"材料库存"被弱化成纯报表**：库存是事务性的（种子批/ lot、在圃株数、离体/DNA 管数、活力）。应加 `germplasm_stock`/`seed_lot` 表（数量、批次、位置、活力、出入库），报表只是视图。【待拍板】
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5. **缺环境/气象数据（G×E 统计地基）**：多年多点分析核心是基因型×环境互作，无环境协变量（site×year 的需冷量/积温/降雨）BLUP 只能粗估。建议加 `environment_condition`（site×year），可复用 `yz.sql` 的"天气"字段。
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6. **分子层缺"预测模型"表（GS 反馈环断裂）**：RosBREED 是闭环（表型+基因型→训练模型→输出 EBV→指导下轮选配）。需 `breeding_prediction`（模型/性状/精度 accuracy/预测日期/被预测个体）。
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7. **克隆繁殖/苗圃 → 已定纳入一期（§3.8）**：现有 `seedling`/`seed_treatment` 仅种子实生苗；桃入选后主要靠嫁接/芽接扩繁，补 `breeding_propagation`（接穗来源→成活→出圃），打通 入选株→克隆种质→扩繁→新定植树 闭环。
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8. **统一修改日志/审计缺失**：晋级审批、全程可追溯需"谁/何时/改了什么"轨迹，现有仅 `updated_time`。建议轻量 `breeding_audit_log`（或接系统操作日志）。
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9. **小遗漏**：`tree_photo` 应可关联 `observation`（某次测量的果实照片，为 CV/AI 预留）；`observation` 应可挂 `trial_study_id`（区分试验观测 vs 果园日常观测）；编号生成策略未定义（`accession_no`/`combination_code`/`tree_no`/`trial_code` 需统一自动编号服务）。
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### 8.2 替代思路与推荐
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- **A. EAV 纯通用 vs 混合固定列 → ~~推荐混合固定列~~（v2.2/F1 已推翻，改为单一长表，详 §8.4）**。~~理由：桃果实质性状稳定且高频、报表是核心需求、现有 tree_evaluation 已在工作。~~ **v2.2 更新**：代码 2026-07-29 已删 `tree_evaluation` 固定列、全迁 `breeding_trait_observation` 长表，故最终裁定走单一长表；原"报表性能"顾虑改由 DB 视图 pivot（统计 VIEW / 看板 MV）解决，不再保留固定列。
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- **B. 分组 vs 标签 → 建议并行**：`group`（正式项目组/品系群）+ 自由 `tag`（多对多，如"抗褐腐""高Brix""区试备选"）。
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- **C. 直接对齐 BrAPI API → 已采纳（见 §0 原则 7）**：不仅"铺路"，而是正式承诺实现 BrAPI 兼容只读适配层。建议首批暴露端点（映射我们的模块）：
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- `/brapi/v2/germplasm`、`/brapi/v2/germplasm/{id}/pedigree` ← germplasm + cross_combination 系谱链
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- `/brapi/v2/programs` ← target；`/brapi/v2/crosses` ← cross_combination
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- `/brapi/v2/trials`、`/brapi/v2/studies` ← trial / trial_study
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- `/brapi/v2/observationvariables` ← trait；`/brapi/v2/observations` ← observation
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- `/brapi/v2/lists` ← group；`/brapi/v2/observations`(带 op_type) ← field_operation（注：BrAPI 无顶层 Event，不映射 `/events`）
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- `/brapi/v2/samples`、`/brapi/v2/markers`、`/brapi/v2/calls` ← 分子层
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- 适配层为**只读适配器**（读我们现有表，映射成 BrAPI JSON），不重复实现写操作；UI 仍走 `/breeding/*`。
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- **D. MIAPPE 合规 → 已采纳（见 §0 原则 8）**：Investigation=target、Study=trial_study、ObservationUnit=tree/plot、Variable=trait 对齐；作为数据导出/共享到国际仓储时的一致性检查基线。
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### 8.3 复审后模块清单（原 21 模块基础上）
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- 新增（一期）：`environment_condition`（site×year 环境因子，G×E 统计地基，§3.9）、`propagation`（克隆扩繁/苗圃，§3.8）、`breeding_audit_log`（审计，§3.10）、`breeding_selection_rule`（选择阈值，§3.11）、`breeding_seed_lot`（种子批/库存链，§3.13，v1.3 从延后**提前进一期**与 MET 一并建模）；`breeding_prediction`（GS 模型/育种值，V2.0 与分子层同期，§3.12）；`breeding_trial_study_entry`（试验 entry 清单，v1.4，MET 设计矩阵）；`breeding_genotyping_dataset`（分型数据集，v1.4，GS 训练群体）。
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- **字段强化（v1.4）**：`trait.ontology_uri`（Crop Ontology 对接）；`observation.status`（数据质量）；`site` 经纬度/海拔（空间 BLUP）；`germplasm` 护照块（FAO-MCPD）；`pollination` 父/母本树（crossing block）；`selection_result.rule_id`（决策闭环）；`tree.entry_id`（entry 聚合）；`marker.panel`（芯片版本）；`genotype_sample.dataset_id`。
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- **不建 `team` 模块**（v1.8 定稿）：团队隔离由 `sys_dept` + 角色数据范围实现，breeding 表不加 `owner_team` 字段；公共基础数据跨组共享、育种流程与统计按组隔离（见 §8.1 第 3 点）。
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- **仍延后（v1.4 标记）**：完整事务性出入库台账（`germplasm_stock` 等，`seed_lot` 已精简进一期）；`experiment_factor`（MIAPPE 受控试验因子，先用 field_operation 近似）；`breeding_report` 配置表（先用只读端点）；`breeding_program` 顶层（BrAPI Program，target 暂代）。
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- 字段细化：`tree.germplasm_id` + `generation`；`tree.trial_study_id` + `block_no`（**派生自 planting，单写点纪律**，v1.4）；`planting.trial_study_id` + `block_no` + `seed_lot_id`；`observation.trial_study_id` + 显式 FK（v1.3）；`tree_photo.observation_id`；统一编号生成服务。
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- 物候期仍走 `observation`（时序，非固定列）；系谱树仍靠 `cross_combination.parent_combination_id` 自链 + 前端树图。
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### 8.4 长表决策详述（对应 §4 tree_evaluation，v2.2/F1 改写）
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**结论：单一长表（废弃"混合固定列"）。** v1.0–v2.1 曾定"混合固定列（Hybrid）"，但代码 2026-07-29 已删 `tree_evaluation` 固定列、全迁长表，统计 service 改从长表 pivot 取数；文档据此裁定改为单一长表：
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- **单株鉴定明细层 = `breeding_trait_observation`**（挂 `evaluation_id`，tree 级）：承载童期 + 评价段的所有单株性状（含原 `pa_four` 的 ~40 个核心果实/农艺性状），是 clone 级 EBV 的取数主路径，**喂 EBV**。
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- **plot/物候层 = `breeding_observation`**：仅承载 plot/combination 级观测 + 物候期时序，**不喂 EBV**。
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- **两表按"是否喂 EBV"正交切分**；plot 级果实均值**不落表**，由统计视图从 `breeding_trait_observation` 聚合派生（§3.2/§3.2b），杜绝双写。
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- **报表/SQL 聚合补偿（原固定列的唯一收益）**：由 DB 视图 pivot 顶上——**统计管线用普通 `VIEW`（实时 pivot、保 fresh、喂 BLUP）**；**看板/报表用物化视图 `MV`（定时刷新换性能），但 MV 不得作 BLUP 输入**，避免过期数据污染 EBV/reliability。
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- **防双源规则**：同一性状值只存一处（tree 级果实性状→`breeding_trait_observation`；物候/plot→`breeding_observation`），禁两表重复记录；`trait.is_core` 仅作"是否纳入统计核心指标"标志，**不再决定"存固定列还是 EAV"**。
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- **代价**：报表需经视图 pivot（一次性建视图，非每次改表）；换来"新增性状零表结构变更"与代码/文档一致。原"新增核心性状需 migrate 改表"的代价消除。
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### 8.5 二次复审（v1.3，2026-07-28）— §8 遗留项处置
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针对 §8.1–§8.3 的遗留与本人深度复盘，本轮一次性落档，要点：
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| # | 议题（源自 §8 / 复盘） | v1.3 处置 |
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|---|---|---|
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| 1 | **MET 链路断裂（最致命）** | 彻底补全：`trial_study.block_count` + `planting.trial_study_id` + `tree.trial_study_id`/`block_no` + `plot.block_no`（§3.4/§4）。block 随机效应不再缺失，混合模型可估 |
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| 2 | **库存与选择强度** | `seed_lot` 从"延后"提前进一期（§3.13），与 MET 拼出 seed_lot→seedling→planting→tree→trial_study 选择强度链；完整 ledger 仍延后 |
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| 3 | **§0 原则1 与混合模型自相矛盾** | 已修订 §0 原则1 措辞，与 §4/§8.4 一致（字典一处定义、值可固定可扩展） |
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| 4 | **observation/field_operation 多态反模式** | 改显式可空 FK（tree_id/plot_id/combination_id），保引用完整 + 数据权限 `_build_conditions` 可用（§3.2/§3.3） |
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| 5 | **三模块只有名字无规格** | 已补 `environment_condition`(§3.9)、`audit_log`(§3.10)、`prediction`(§3.12)；并额外补 `selection_rule`(§3.11) |
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| 6 | **tree_evaluation "保留"误述** | 改为"按 pa_four 扩 ~40 列"，并补**统一性状值视图**消除 trait↔固定列双源漂移（§4） |
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| 7 | **选择阈值规则缺失** | 新增 `breeding_selection_rule`（§3.11），决策支撑可自动化 |
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| 8 | **批量表型导入未规划** | 已单列规划（§6），EAV 主数据入口区别于行式导入 |
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| 9 | **tree_photo.observation_id 未落地** | 已纳入 §4 字段调整（todo 与正文对齐） |
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| 10 | **group family/category 冗余** | family 改虚拟分组（由 combination_id 推导）、category 复用 `variety_type`（§3.5） |
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| 11 | **BrAPI `/events` 不标准** | field_operation 改映射 `/observations`(op_type)（§3.3/§8.2-C） |
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| 12 | **文档计数过期** | §2 改为显式清单，不再钉"21" |
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| 13 | **生成器机制** | 标注为待拍板 A/B/C（§6 工程约定），不再默认续用 `_gen_*.py` |
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> 本轮为**纯文档定稿**，未触碰任何代码。待用户就 §7 minor 项（尤其生成器 A/B/C）确认后即可实施。
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### 8.6 三轮复审（v1.4，2026-07-28）— 国际基准（BrAPI/Breedbase/RosBREED/MIAPPE/Crop Ontology/FAO-MCPD/Genesys）
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对照国际先进做法再扫一遍，把"正经育种程序该有、v1.3 仍缺"的落档：
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| # | 议题（国际基准） | v1.4 处置 |
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|---|---|---|
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| 1 | **缺试验 entry 清单 / entry_number**（BrAPI ObservationUnit = germplasm×entryNumber×rep×block） | 新增 `breeding_trial_study_entry`（§3.4），`tree.entry_id` 挂回，BLUP 设计矩阵按 entry 聚合 |
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| 2 | **缺 site 地理坐标**（空间 BLUP / MIAPPE 环境 / 积温插值） | `site` 补 `latitude/longitude/elevation`（§4） |
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| 3 | **缺观测校验态**（Breedbase 数据质量） | `observation.status`（draft/validated）（§3.2），统计前按 validated 筛 |
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| 4 | **trait 缺本体引用**（Crop Ontology / MIAPPE 受控词表） | `trait.ontology_uri`（§3.1）；注明 method/scale 内联简化、BrAPI 适配层拆分三元组 |
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| 5 | **tree↔planting 双写漂移风险**（v1.3 隐患） | 明确**单写点=planting**，`tree.trial_study_id/block_no` 为**派生**，service 写树校验一致（§3.4 注） |
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| 6 | **germplasm 缺护照描述符**（FAO-MCPD / Genesys） | germplasm 补 `institute_code/country_origin/collection_site/acquisition_date/biological_status/breeding_program`（§4） |
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| 7 | **缺 genotyping_dataset**（GS 训练群体分组） | 新增 `breeding_genotyping_dataset`（§3.7），`genotype_sample.dataset_id`、`marker.panel`（芯片版本） |
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| 8 | **selection_result 未关联规则**（RosBREED 决策闭环） | `selection_result.rule_id`（§4） |
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| 9 | **缺 crossing block 父/母本树**（桃控制杂交） | `pollination.female_tree_id/male_tree_id`（§4） |
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| 10 | **受控试验因子未结构化**（MIAPPE ExperimentalFactor） | 标记延后，先用 `field_operation` 近似（§6） |
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| 11 | **breeding_report 配置表过早** | 标记延后，先用只读端点（§6） |
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| 12 | **target 映射 BrAPI Program 略偏** | 标记延后，target 暂代 Program，后续可加 `breeding_program` 顶层（§6） |
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| 13 | **tree.germplasm_id 多路径派生漂移** | 明确 `germplasm_id` 非空且由晋升流程写入、禁手填（§4） |
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> 本轮为**纯文档定稿（v1.4）**，未触碰任何代码。文档进入"国际基准对齐版"，待 §7 minor（尤其生成器 A/B/C）确认后实施。
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### 8.7 四轮复审（v1.5，2026-07-28）— 用户拍板的 v1.4 自洽修复
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用户就第四轮复审（§8 末尾 16 点）拍板：只要合理全部采纳以下 5 点，并生成新版：
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| # | 议题（v1.4 自洽/国际盲点） | v1.5 处置 |
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|---|---|---|
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| 1 | `planting` 单写点却无 entry，`tree.entry_id` 无法派生 | `planting` 增 `entry_id`（§3.4/§4）；`tree.entry_id`/`block_no`/`trial_study_id` 全派生自 planting |
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| 2 | 多年生 `tree` 与单值 `trial_study_id` 冲突（跨年观测归属丢失） | `tree.trial_study_id` **仅记「定植所属 study」**；跨年/跨点观测改由 `observation.trial_study_id + obs_year` 表达，不引入中间表，保单写点纪律 |
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| 3 | 试验树 `germplasm_id` 时序张力（入试即需已知 vs 晋升才写） | 区分两类 tree：`planting.entry_id` 非空 ⇒ 参试无性系（`germplasm_id` 入试即定 = `entry.germplasm_id`）；为空 ⇒ 杂种实生苗（待晋升）。以 entry 有无区分，无需新类型字段 |
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| 4 | `split_plot` 设计已支持但 `experiment_factor/treatment` 延后 | `breeding_treatment`(factor+level) **提进一期（§3.14）**，混合模型增 `treatment` 项，可估因子主效应与互作 |
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| 5 | `seed_lot` 非事务致「获种数」源头不可靠 | `seed_lot` 增 `used_count`，派生 `remaining = seed_count - used_count`，选强链前段（获种→已用）可量化 |
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> 本轮为**纯文档定稿（v1.5）**，未触碰任何代码。文档进入「v1.5 自洽修复版」，待 §7 minor（尤其生成器 A/B/C）确认后实施。
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### 8.8 五轮复审（v1.6，2026-07-28）— 用户拍板"全部采纳"第五轮复审
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用户就第五轮复审拍板"全部采纳"，落档 v1.6（同时补齐 v1.5 因替换异常遗漏的 §3.14/treatment 行/used_count）：
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| # | 议题 | v1.6 处置 |
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|---|---|---|
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| A1 | 核心性状固定列（tree_evaluation）缺 trial_study_id 环境键 | tree_evaluation 加 `trial_study_id`（按年 observation 推导/直填），使核心性状纳入 MET 环境效应（修复 v1.5 裂痕） |
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| A2 | planting 粒度未定义 | 明确 planting=block 级批次；同 entry 跨多 block 建多 planting |
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| A3 | treatment 关联字段未落地 | 新增 `breeding_planting_treatment`（§3.15，planting×treatment 多对多） |
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| A4 | seed_lot.used_count 单位未定义 | 明确=已从该批取用**粒数**（播种环节按粒累加，非定植株数） |
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| A5 | tree_photo.observation_id 文档自述已改但 §4 无行 | §4 补 `tree_photo` 行（observation_id） |
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| A6 | EBV 估 germplasm 级但 tree↔germplasm 重复测量未建模 | 明确 tree_evaluation/observation 按 `tree.germplasm_id` 聚合为 clone 重复，EBV 随机效应在 germplasm |
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| B1 | marker 缺 assembly_version | marker 加 `assembly_version` |
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| B2 | 基因型编码标准 | genotype_call.allele 声明 VCF/GP 编码（0/1/2=纯合ref/杂合/纯合alt） |
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| B3 | season 概念 | trial_study 加 `season` |
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| B4 | observation 缺审核人/时间 | observation 加 `validated_by`/`validated_date` |
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| B5 | 单位校验+批量换算 | observation 加 `unit`（冗余自 trait），导入服务做换算 |
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| B6 | method/scale 受控词表 URI | trait 加 `method_uri`/`scale_uri` |
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| B7 | planting 来源双路径 | planting 加 `propagation_id`（种子批/扩繁批二选一） |
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| B8 | observationUnit level | 文档标注 tree/plot/block 对应 BrAPI observationLevels |
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| B9 | kinship/A 矩阵 | §5 补系谱 A 矩阵（pedigree 解析） |
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| B10 | selection_rule 支持 EBV | conditions_json 允许引用 prediction_value（EBV 阈值） |
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| B11 | breeding_program 自由文本说明 | 文档标注 germplasm.breeding_program 暂自由文本、后续可升级 FK |
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| C1 | selection_result 跨年晋级关联 | selection_result 加 `trial_study_id`（可空） |
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| C2 | 新表数据权限接入 | 文档约束新模块须用 CRUDBase 自动注入数据权限 |
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> 本轮为**纯文档（v1.6）**，未触碰任何代码。此后 v1.7（统计决策闭环）、v1.8（团队隔离收口）均为纯文档演进，未触碰任何 breeding 业务表/接口/代码。文档进入「v1.8 团队隔离定稿版」，待生成器 A/B/C 拍板后实施。
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### 8.9 V2.11 方案书统计/决策支撑对照（v1.7，2026-07-28）
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用户要求评估《桃育种数字化项目方案书_V2.11》中「统计分析与决策支持」（专册 2.1–2.8 方法 / 3.1–3.4 决策）能否被 v1.6 支撑。结论：**方法面全部可支撑**（数据地基 / MET 维度 / 统计引擎接口齐备）；发现 3 硬 + 2 软缺口，v1.7 全部闭环：
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| # | 缺口 | v1.7 处置 | 类型 |
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|---|---|---|---|
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| ① | EBV 持久化时序冲突（值表标 V2.0，但趋势图 / 双轨选择 / 亲本单株决策需读持久化 EBV） | `breeding_prediction_value` 值表前移 V1.1，与统计引擎同期写入；GS 模型训练留 V2.0 | 硬 |
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| ② | 负载量协变量未建模（专册 1.3 要求坐果量评级降果实性状环境误差） | `tree_evaluation.crop_load`（评级 1/2/3）作混合模型协变量 | 硬 |
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| ③ | `breeding_report` 延后（专册 3.3.1 年度 Word/PDF 报告） | 用户确认一期必须：进 P2，补 `output_format` + 报告生成服务（docx/pdf 导出） | 硬/软（用户拍板"必须"） |
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| ④ | 数据质量自定义生物学阈值无落点 | `breeding_trait.valid_min/valid_max` 承载合理范围，供异常标记 | 软 |
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| ⑤ | 超期预警/通知机制（专册 3.3.2 树 N 年未决策预警） | 列为工程项：cron + `selection_rule`/`selection_result` 触发通知，不阻塞数据模型 | 软 |
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> 本次为**纯文档（v1.7）**，未触碰任何代码。文档进入「v1.7 统计/决策闭环版」，仅余生成器 A/B/C 待拍板。
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### 8.10 深度复审 A–H 全量落地（v2.2，2026-07-30，用户逐条确认 + F1/F2 拍板）
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**变更索引**（每项均已在正文对应 § 落字）：
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| 编号 | 问题 | 裁决 | 落点 |
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|---|---|---|---|
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| A1 | `tree.clone_id` 定植必填与"clone=入选克隆"矛盾 | 实生苗定植可空、入选晋升才建 clone 回填；参试无性系必填 | §3.0/§4 tree |
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| A2 | `produced_clone_id` 命名易读作"新建克隆" | 澄清=被扩繁原 clone、沿用不新建 | §3.8 |
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| A3 | `rootstock_id` FK 三处打架 | 全文统一 FK→`breeding_rootstock`；germplasm.is_rootstock 仅标记 | §1/§3.8/§4/§5.x |
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| A4 | A 矩阵系谱来源双源 | 以 `breeding_pedigree` 为唯一权威，combination 仅派生源 | §3.18/§5.8 |
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| B1 | h² 落在明细每行 | 上移主表 `breeding_prediction`（一次 BLUP×一性状=一 h²） | §3.12 |
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| B2 | "广义遗传力"误称 | 正名加性(狭义) h²，落库取克隆均值 h²=V_clone/(V_clone+V_e/k̄) | §3.12 |
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| B3 | 缺 sommer 基线公式 | 补 `mmer(y~rootstock+site+year+block, random=~vsr(clone,Gu=A)+vsr(clone:year))` | §5.2 |
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| B4 | 双轨选择粒度错配 | 统一 clone 级判定（表型先聚合到 clone 均值） | §5.9 |
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| C1 | 门禁作用于固定列 | 改作用于 `breeding_trait_observation` 长表 | §3.16 |
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| C2 | 缺质量标记字段 | 加 `issue_status`（normal/pending/rejected），不新建表 | §3.2/§3.2b |
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| C3 | 门禁与状态机脱节 | 拒收→rejected+draft；异常→pending；normal+validated 才进池 | §3.16 |
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| D1 | selection_result 无 clone 级 | 加 `clone_id`（tree_id 留溯源） | §4 |
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| D2 | clone 无世代 | 加 `generation`（可由 combination 派生） | §3.0 |
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| D3 | entry 未落 clone | `trial_study_entry` 加 `clone_id` | §3.4 |
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| D4 | tree↔clone 状态流转缺矩阵 | 补状态流转矩阵（下） | §8.10 |
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| F1 | 固定列 vs 长表三方打架 | **裁定单一长表、废固定列、报表用视图** | §0/§3.2/§4/§8.4 |
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| F2 | 两长表命名/职责重叠 | 保留两张、按"是否喂 EBV"正交；补登记 `breeding_trait_observation` | §2/§3.2/§3.2b |
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| F3 | 门禁键含 clone_id 拒收实生苗 | 实生苗阶段单元键退化为 tree_id | §3.16 |
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| F4 | 判重键删合法 clonal replicates | 判重键含 tree_id | §3.16 |
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| F5 | §5.2 公式漏 rootstock | 公式补 rootstock 固定效应 | §5.2 |
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| G1 | 编号服务未定义 + 序号位宽不足 | 定义统一编号服务（下）、clone 序号≥4 位 | §3.0/§8.10 |
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| G2 | 手册"不可删只留痕"落点缺 | 鉴定类表禁物理删+UPDATE 强制 audit | §3.10 |
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| G3 | method 文本 vs method_uri 受控 | 合并声明两字段并存 | §3.1 |
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| H1 | valid_min/max 全局单值 | 接受全局+人工复核，可 scale_json 分档 | §3.1 |
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| H2 | environment 与 site/year 共线 | environment=具体气象协变量，非再建 site×year 层 | §5.2/§3.9 |
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| H3 | group_member 挂 tree/clone 未定 | 加 clone_id 成员 | §3.5 |
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**G1 · 统一编号生成服务（定义）**：集中式编号服务按前缀 + 顺序号生成，全局唯一、可追溯，并发下加行锁/序列保证不重号：
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- `accession_no`（种质）：`GP-{组来源}-{6位序}`；`combination_no`（组合）：`CC-{年}-{4位序}`；`tree_no`（单株）：`{combination_no}-{4位株序}`（定植时生成）；`clone_id`（克隆）：`{combination_no}-{≥4位单株序}`（**入选晋升时**由服务生成，非定植时，A1）；`trial_code`：`TR-{年}-{3位序}`。
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- clone 序号扩至 **≥4 位**（容纳单组合数千株，解决原 3 位=999 上限，G1）。
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**D4 · tree ↔ clone 状态流转矩阵**：
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| 阶段 | tree.status | 是否建 clone | breeding_clone.status | selection_result | 说明 |
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|---|---|---|---|---|---|
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| 定植（杂种实生苗） | 入选(默认) | 否（clone_id 空） | — | — | 童期观测按 tree_id 聚合 |
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| 初选晋升 | 初选 | **是（建 clone、回填 clone_id）** | 入选/初选 | 写一行（clone_id+tree_id） | 门禁键切 clone_id、启用 A 矩阵 |
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| 复选/重点 | 重点 | 沿用 | 重点 | 追加流转 | clone 级 EBV 多年重复 |
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| 保存 | 保存 | 沿用 | 保存 | 追加 | 资源保留 |
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| 淘汰 | 淘汰 | 沿用（状态变更非删除） | 淘汰 | 追加淘汰记录 | **禁物理删/软删，G2** |
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| 参试无性系（entry 批） | 入选 | 定植即有 clone | 入选 | — | 定植即 clone 级 |
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**F2 · 命名对照（消除"代码有、文档无"）**：模块/URL/权限 = `trait_observation`；模型类 = `TraitObservationModel`；**物理表 = `breeding_trait_observation`**（与全项目 `breeding_*` 前缀一致）。文档指物理表用后者，指模块用前者。
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### 8.11 统计引擎两轮 P0 代码落地台账（v2.3，2026-08-03/04，代码级）
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> 本规格自 v2.0 起为**方案态**（待"做"落地）。2026-08-03/04 将其中两条统计地基从方案推进到**代码落地 + e2e 验证**。本节为落地台账摘要，完整明细（含文件清单/备份/复跑命令）见 `桃育种系统统计引擎实施记录.md`。
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**① G×E 交互引擎（2026-08-03）**——对应 §5.2「G×E」互作项落地：
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| 规格点 | 落地 |
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|---|---|
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| G×E 随机互作 | `run_ablup(gxe=True, gxe_env=site/year)`，`method=GXEBLUP`；`gxe=False` 回归纯 ABLUP |
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| 环境维度 | `site`→自动固定效应 `trial_study`；`year`→自动固定效应 `year`（调用方可显式追加 `fixed_effects`） |
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| 交互量 | σ²gxe / gxe_ratio / n_cross_env 落 `breeding_prediction.note` JSON |
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| 可辨识性门禁 | 无跨环境重复 / 单元内无重复 → 409「G×E 不可辨识：…」 |
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| 克隆坍缩 | 同 clone 多株坍缩为基因型节点 `c{clone}`（record_map 全映射），同 clone EBV 一致 |
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| 异步任务 | `StatisticsJobModel` job_type=GXE/ABLUP，SUCCESS/FAILED + error_msg（门禁失败亦落） |
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| 验证 | `e2e_gxe_20260803.py` 5 场景全过（spy 捕获 fixed/record_map kwargs） |
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**② 性状方向标注（2026-08-04）**——对应 §3.1 / §5.9 / §5.z 落地：
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| 规格点 | 落地 |
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|---|---|
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| 三字段 | `breeding_trait.direction/into_ebv/default_h2`（幂等 ALTER `weld_trait_direction.sql` + 种子 43 行 ON CONFLICT 含新列） |
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| 指数翻转 | zsum 对 asc 性状 z 取负、smith_hazel 对 asc 元素 a 取负 → 统一"越大越优"，低优性状不选反 |
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| into_ebv | `'0'` 从指数候选/EBV 排行/决策预览/ABLUP 下拉剔除（`extra.dropped` 提示）；describe/correlation/trait_values 不受影响 |
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| default_h2 兜底 | 指数无实测 h² 用先验兜底（zsum/smith_hazel 均兜底，两者皆无才 409） |
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| 排行方向 | `run_ablup` 写时按方向排序；`ebv_ranking` **读时重排**（结构性 bug 修复）；`clone_ranking` 方向感知 |
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| 轮次对比 | `compare_predictions` 方向感知（结构性 bug 修复） |
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| 前端 | statistics `selTraits` 解耦（与 describe/correlation 共享列表分离）+ trait 表单三字段 + selection_rule 说明 |
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| 验证 | `e2e_direction_20260804.py` 7 组全过（4 性状 × 4 批次 × 12 株 EBV 基线） |
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## 9. 已决策取值汇总（v1.2，本人敲定）
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> 下列枚举由本人依据 RosBREED 桃无性选育流水线 + 现有 14 域敲定（用户授权"你来定"）。全部作为 `sys_dict` 新增字典类型，落库英码、前端显中文，并接入 Excel 导入翻译（DictLabelResolver）。
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### 9.1 breeding_stage（选择阶段）
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| code | 中文 | 主要适用实体 | 说明 |
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| germplasm | 种质资源 | germplasm | 基础材料/引入种 |
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| parent | 亲本 | germplasm | 用于杂交的亲本 |
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| seedling | 实生苗/群体植株 | tree | 杂交实生群体、未入选 |
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| sp | 初选株 | tree | Single Plant，田间初选 |
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| ap | 复选株 | tree | Advanced，跨年跨点复选 |
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| line | 品系 | germplasm | 克隆扩繁、系统观察 |
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| regional_trial | 区试品系 | germplasm | 区域试验 |
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| released | 新品种/审定 | germplasm | 命名/登记/审定 |
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> tree 用 seedling/sp/ap；germplasm 用 germplasm/parent/line/regional_trial/released；`selection_result` 记录 from_stage→to_stage 晋级流转。
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### 9.2 breeding_generation（遗传世代）
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| code | 中文 | 说明 |
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| F1 | 杂交集 | 首次杂交产生的分离群体（桃主要选种群体） |
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| F2 | 自交/互交分离世代 | F1 自交或 F1×F1 |
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| BC1 | 回交 1 代 | 导入性状（如抗病）回交 |
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| BC2 | 回交 2 代 | |
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| BC3 | 回交 3 代 | |
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> 引入种质/地方品种 `generation` 留空。权威存 `cross_combination.generation`（与 `cross_type` 联动：回交→BCn，自交→F2），`tree`/`germplasm` 冗余拷贝便于筛选。
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### 9.3 breeding_group_type（分组维度）
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| code | 中文 | 说明 |
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| project | 育种项目 | 正式项目集合 |
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| family | 家系/杂交组合群 | 同 cross_combination 的后代集合 |
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| category | 种质类别群 | 油桃/蟠桃/观赏桃等类别 |
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| temporary_set | 临时选系集 | 临时任务选系集 |
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| custom | 自定义 | 用户自由定义 |
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> 不设 objective 维度（与 `target` 育种目标语义重叠）。
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### 9.4 breeding_design_type（试验设计）
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| code | 中文 | 说明 |
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| rcbd | 随机区组 | 高级 trial 常用，区组+重复+对照 |
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| augmented | 增广设计 | 多品系少重复+对照重复，**早期选种最适用** |
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| contrast | 对比试验 | 少量材料与对照比较 |
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| split_plot | 裂区设计 | 砧木×接穗等两因子 |
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| unreplicated | 观察圃/简约 | 无重复，初步观察 |
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### 9.5 propagation 纳入一期（§3.8）
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打通 入选株(tree) → 克隆种质(germplasm) → 扩繁批次(propagation) → 新定植树(tree) 闭环。
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### 9.6 字典落地
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在 `breeding_dict.sql` 增补 `breeding_stage`/`breeding_generation`/`breeding_group_type`/`breeding_design_type` 四类（英码+中文），并接入对应 service 的 Excel 导入翻译（DictLabelResolver）与前端下拉。
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**定稿状态（v2.2，2026-07-30）**：历经 v1.0→…→v1.9 + **v2.0 架构决策锁定** + **v2.1 review 修订（R1–R9）** + **v2.2 深度复审 A–H 全量落地（含 F1/F2 架构拍板：单一长表 + 两长表职责正交 + 统计 VIEW/看板 MV；A1 clone 建于入选 / A3 砧木 FK 统一字典 / A4 pedigree 唯一权威 / B1-B4 统计口径 / C1-C3 门禁重构 / D1-D4 clone 居中 / F3-F5 门禁与公式修正 / G1-G3 编号·审计·method / H1-H3 打磨，详见 §8.10）**。所有模块、字段、枚举、建模铁律、互操作映射均已规格化。**仍为决策锁定、方案态**：除生成器 A/B/C 外，待用户明确"做/搞吧"后据此实施，不先行编码。
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