# PubMed 搜索合规修复全记录

> 本文档按修复轮次详细记录所有搜索功能合规性修复的背景、根因分析和修改内容。
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> **累计**：7 轮，98 项修复，50+ 字段标签注册，276 项测试覆盖，7 项已知限制
> **时间跨度**：2026-07-24 ~ 2026-07-27
> **核心文件**：`pubmed_query_parser.py`（~730 行）→ `search_engine.py`（~1320 行）

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## 目录

1. [第一轮：Phase 0-7 基础修复（34 项）](#第一轮phase-0-7-基础修复)
2. [第二轮：第二轮审计修复（8 项）](#第二轮第二轮审计修复)
3. [第三轮：第三轮审计修复（14 项）](#第三轮第三轮审计修复)
4. [第四轮：字段补全与语义优化（11 项）](#第四轮字段补全与语义优化)
5. [第五轮：第 5 轮全面审计修复（4 项）](#第五轮第-5-轮全面审计修复)
6. [第六轮：第 6 轮全面审计修复（12 项）](#第六轮第-6-轮全面审计修复)
7. [遗留限制](#遗留限制)

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## 第一轮：Phase 0-7 基础修复

**提交**：`723c4fc` / `62ca8fa` / `5f69277`
**日期**：2026-07-24 ~ 2026-07-25
**数量**：34 项
**触发**：9 Agent 并行深度审计

### 背景

首次系统审计发现搜索功能存在大量阻塞性 Bug：MeSH 搜索因 INNER JOIN 返回 0 结果、布尔运算符 OR 被当作 AND 处理、PM C_ID 格式混乱、数据导入缺失 journal_iso 和 keywords 等关键字段。整体搜索几不可用。

### Phase 0 — 关键 Bug 修复（12 项）

| # | 修复项 | 文件 | 问题描述 | 根因分析 | 修改内容 |
|---|--------|------|---------|---------|---------|
| 0.1 | `_expand_mesh_tag_ids` INNER JOIN | `search_engine.py:518` | 所有 `[MH]`/`[MAJR]` 搜索返回 0 个结果。tree_numbers 表无 C04 数据，INNER JOIN 过滤掉所有标签 | `select(GlobalTag.id).join(GlobalTagTreeNumber)` 在有 tree_number 的标签时才返回行 | 改为 `select(GlobalTag.id).where(...)`，使 MeSH 搜索在无 tree_number 展开时仍能工作 |
| 0.2 | `recent_subq` 条件化 | `search_engine.py:314-319` | 有搜索词时仍被 `pub_date > 90d` 子查询过滤，漏掉旧文章 | 未检查 `query.strip()` 就附加 recent 子句 | 有搜索词或历史查询时跳过 recent 子查询 |
| 0.3 | OR 布尔运算符 | `search_engine.py:394-414` | 同字段多个词始终 AND，`lung[TI] OR breast[TI]` 只返回同时命中 lung 和 breast 的文献 | `boolean` 参数只在文本搜索路径生效，未传入 `_field_conditions` | 同 field 按 `boolean_operator` 用 `or_()` 组合 |
| 0.4 | 多 [MH] 词 AND 组合 | `search_engine.py:516-519` | `lung neoplasms[MH] AND immunotherapy[MH]` 返回 0 结果 | 所有 mesh 词合并到一个 subq IN，必须所有标签同时关联同一篇文献 | 逐 term 独立 subq，按 boolean 组合（AND 用 intersect） |
| 0.5 | PMC XPath 上下文 | `pubmed_api.py:440,447` | pmc_id/is_oa 解析错误，只有 9/1662 篇有值 | `article.findall('.//PMCID')` 在 `article` 而非 `article_elem` 上调用 | `article.findall` → `article_elem.findall` |
| 0.6 | 构造函数遗漏 | `pubmed_api.py:914-944` | `pubmed_revised`/`citation_status`/`date_completed`/`article_date`/`suppl_mesh_list` 未写入模型 | `_parse_pubmed_xml()` 返回值不包含这些字段 | 补全 5 字段传递 |
| 0.7 | ArticleTitle itertext | `pubmed_api.py:409` | 含 `<i>`/`<sub>` 等内联标记的标题截断 | `.text` 只返回第一个文本节点 | `"".join(itertext())` |
| 0.8 | PMC_ID 格式统一 | `pubmed_api.py:264` | "PMC1234567" vs "1234567" 混用 | `lstrip("PMC")` → 会误删 `PMC` 开头真实数字 | `art.get("pmcid", "").lstrip("PMC")` |
| 0.9 | 搜索端点异常处理 | `features.py:68` | 搜索异常暴露 500 内幕 | 无 try/except | 加异常处理返回 400 |
| 0.10 | field:all 硬编码 | `SearchView.vue:83` | 前端固定发送 `field: "all"` | 模板字符串手误 | 替换为动态 `field.value` |
| 0.11 | journal_iso 导入修复 | `pubmed_api.py` | 0% 覆盖率 | Journal ISOAbbreviation 未解析 | 增补 ISOAbbreviation 提取 |
| 0.12 | keywords 导入修复 | `pubmed_api.py` | 0% 覆盖率 | KeywordList 未解析 | 增补 KeywordList 解析 |

### Phase 1 — P0 新功能（8 项）

| # | 任务 | 文件 | 说明 |
|---|------|------|------|
| 1.1 | MeSH 树号导入 | `scripts/import_mesh_tags.py` | 导入 NLM `mtrees2025.bin`，填充 `GlobalTagTreeNumber` |
| 1.2 | `entrez_date` 解析 | `pubmed_api.py` + migration | 解析 `PubmedData/History/PubMedPubDate[@PubStatus="entrez"]` → `[EDAT]` 可搜 |
| 1.3 | `[AD]` 标签 | `search_engine.py` + `pubmed_query_parser.py` | 机构字段映射到 `authors` JSONB cast |
| 1.4 | `[LA]` 标签 | 同上 | 语言字段 = `GlobalLiterature.language` |
| 1.5 | `[EDAT]`/`[CRDT]`/`[MHDA]`/`[LR]`/`[DCOM]`/`[DEP]` | 同上 | 6 个日期字段的范围+独立语法 |
| 1.6 | setweight 迁移 | 迁移脚本 | ⏳ 待办：tsvector 重建带 A/B 权重 |
| 1.7 | ATM 引擎 v1 | `query_expansion.py` | SynonymExpander + MeSH 翻译 + 期刊翻译 |
| 1.8 | best_match 权重调优 | `search_engine.py` | ⏳ 待 setweight 后调优 |

### Phase 2 — 字段标签覆盖（14 项）

| # | 任务 | 状态 | 说明 |
|---|------|------|------|
| `[OT]` | keywords 搜索 | ✅ | 映射到 `all`（第四轮修复为独立 keywords JSONB） |
| `[GR]` | grants 搜索 | ✅ | `jsonb_array_elements` + ILIKE |
| `[NM]` | 化学物质名 | ✅ | `chemical_list` JSONB contains |
| `[RN]` | Registry Number | ✅ | `chemical_list.registry_number` |
| `[SH]` | Subheading | ✅ | `mesh_headings.qualifiers` |
| `[SI]` | DataBank | ✅ | `databank_list.accession_numbers` |
| `[PA]` | Pharmacological Action | ✅ | `pharmacological_actions` JSONB |
| `[TW]` | 文本词 | ✅ | 映射到 `all` |
| `[TA]`/`[JT]` | 期刊全称+缩写 | ✅ | journal ILIKE + journal_iso ILIKE |
| `[CN]`/`[FAU]`/`[LAU]` | 作者变体 | ✅ | 均映射到 `author` 路径 |
| Entry Terms | MeSH 入口词 | ✅ | `desc2025.asc` → `GlobalTag.entry_terms` |
| 中文搜索 | CJK 支持 | ✅ | `simple` 词典而非 `english` |
| 多 affiliation | 捕获所有 | ✅ | `find` → `findall` + `\|` 连接 |

### Phase 3 — E-utilities 补充抽取（含 pubmed_api.py 修复）

- 反向兼容阶段，确保 pubmed_api.py 正确抽取所有字段
- PMC/trial_reg/retraction 等补充数据通路修复

### Phase 4 — 搜索质量

- 历史搜索查询 + 日期筛选整合
- `best_match` 排序引入 `cited_by_count` + 年度梯度
- 缺省排序降级保护

### Phase 5 — 解析器健壮性

- 括号嵌套超过 10 层保护
- 空查询短路
- token 超限截断
- 未知字段标签静默降级
- Unicode normalization（全角数字、零宽字符）

### Phase 6 — 前端搜索 UX

- SearchView URL 状态全量持久化（24 个参数）
- HomeView → SearchView 参数正确传递
- LiteratureCard `search` 事件冒泡
- 响应式布局适配（移动端搜索栏隐藏）

### Phase 7 — API 验证

- 请求参数 Pydantic validator
- `field` 只接受预定义值
- 查询长度限制

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## 第二轮：第二轮审计修复

**提交**：`e688241`
**日期**：2026-07-26
**数量**：8 项 + 6 项新测试
**触发**：审计发现 Phase 1-7 修复中的遗留 Bug

### 背景

8 项在首次审计中遗漏的中高级 Bug，全部在后端搜索核心路径。

### 修复清单

#### F1: `[MH:noexp]` 顶层 `_noexp` 标志丢失

- **文件**：`search_engine.py` `_pubmed_conditions()` L640-650
- **问题**：`mesh_terms` 处理时只提取 `.text`，丢弃了 `_noexp` 标志，导致 `asthma[MH:noexp]` 在顶层使用时仍然树展开，和 `[MH]` 无异
- **根因**：循环处理 vs 括号组内调用 `_single_term_condition()` 两条路径——后者正确传递 `noexp`，前者未分组
- **修复**：将 `mesh_terms` 按 `_noexp` 拆为两组，分别调用 `_expand_mesh_tag_ids`：
  ```python
  noexp_names = [t.text for t in pp.mesh_terms if t._noexp]
  exp_names = [t.text for t in pp.mesh_terms if not t._noexp]
  ```

#### F2: 组内 NOT 违反 De Morgan 律

- **文件**：`search_engine.py` L862-877
- **问题**：`NOT (A AND B)` → 被解析为 `not_(A) AND not_(B)` = `NOT (A OR B)`，语义完全翻转
- **根因**：全 NOT 组内每个 term 独立 `not_()`，然后 AND 组合
- **修复**：组的 `all_not=True` 时，对所有 term 不做独立 NOT，改为 `not_(combined)` 包裹组合条件

#### F3: `_parse_not_expr` 不支持重复 NOT

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` L428-433
- **问题**：`NOT NOT cancer` → 第二个 "NOT" 被降级为搜索字面词，变成 `NOT "NOT" AND cancer`
- **根因**：语法定义 `not_expr → NOT not_expr | primary`，但实现直接跳到 `_parse_primary(result, negated=True)`，丢失递归
- **修复**：改为递归调用 `_parse_not_expr` 并 toggle `is_not`

#### F4: SearchView Custom Range 不发送日期

- **文件**：`SearchView.vue` L296-309
- **问题**：选择"自定义年份范围"→ 搜索，请求体不含任何日期参数，返回全库结果
- **根因**：`datePreset === 'custom'` 分支未处理。仅 `!datePreset.value` 和 `datePreset.value !== 'custom'` 两个条件都失败
- **修复**：增加 `datePreset === 'custom'` 分支发送 `year_from`/`year_to`

#### F5: HomeView.restoreFromUrl 恢复不全

- **文件**：`HomeView.vue` L348-364
- **问题**：URL 含 `?q=cancer&retracted=only` 时，retracted 参数丢失
- **根因**：只恢复了 `tag`/`date_from`/`date_to`/`q`，缺失 `sort`/`field`/`retracted`/`negative_result`
- **修复**：补全 4 个缺失参数的读取

#### F6+F7: 死代码清理 — precision_mode + is_oa

- **文件**：`AdvancedSearchPanel.vue` / `types/index.ts`
- **问题**：UI 中 precision_mode 切换按钮存在但无任何效果，混淆用户
- **修复**：全链路移除 precision_mode 控件和类型字段

#### F8: `_expand_mesh_tag_ids` N+1 查询 → 批量

- **文件**：`search_engine.py` L1119-1143
- **问题**：N 个 MeSH 词 → 2N 次 `db.execute` + 2 次树查询 = 8 轮数据库往返
- **根因**：`for m in mesh_names:` 循环内每次执行 2 次独立查询
- **修复**：OR 合并所有词的 entry_terms 和 name_en ILIKE 到 2 次批量查询

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## 第三轮：第三轮审计修复

**提交**：`a37cc50`
**日期**：2026-07-27
**数量**：14 项（P0×5, P1×4, P3×5）
**触发**：6 Agent 并行深度代码审计

### 背景

第三轮审计聚焦于隐藏较深的逻辑缺陷：PubMed 子集/状态/UID 字段的网关检查遗漏、字段到领域的错误映射、括号组的单 NOT 边缘情况、前端日期精度丢失等。

### P0 — 搜索结果错误（5 项）

#### P0-1: sb/stat/uid/dep 门控遗漏

- **文件**：`search_engine.py` 两个 `has_pubmed_terms` 检查点（L162-179, L189-205）
- **问题**：`medline[SB]` 等解析后产出了 `pp.sb_terms`，但 `has_pubmed_terms` 未检查它，导致走纯文本路径，`[SB]` 条件被丢弃
- **根因**：`has_pubmed_terms` gate 随字段新增未同步更新
- **修复**：在条件判断中添加 `pp.sb_terms`, `pp.stat_terms`, `pp.uid_terms`, `pp.dep_from`

#### P0-2: `[SB]` 映射到错误领域

- **文件**：`search_engine.py` L830-839
- **问题**：`medline[SB]` 被映射到 `nlm_subsets`（期刊级），但 PubMed 的 `medline[SB]` 是指记录级别 `citation_status=medline`
- **根因**：所有 `[SB]` 值笼统走 `nlm_subsets overlap` 路径
- **修复**：
  - `MEDLINE` → `citation_status == "medline"`
  - `PUBMED` → no-op（所有记录都是 PubMed）
  - 单字母代码（AIM/S/D 等）→ `nlm_subsets overlap`（期刊级）
  - 其他文本 → `citation_status == val.lower()`

#### P0-3: 括号组单 NOT 词丢失否定

- **文件**：`search_engine.py` L882
- **问题**：`NOT (cancer)` — 组内只有 1 个词，`len(group_conds) > 1` 条件失败，NOT 被丢失
- **根因**：全 NOT 组的包裹检查是 `> 1`（针对多词 NOT 组优化），但 1 个词的组也被 NOT 包裹才正确
- **修复**：`> 1` → `>= 1`

#### P0-4: HomeView watch 丢弃参数

- **文件**：`HomeView.vue`
- **问题**：`sort`, `field`, `retracted`, `negative_result` 在 `watch(searchKey)` 的 URL 同步中被丢弃
- **修复**：把这些参数加入 `searchKey` computed 依赖和 URL 替换逻辑

#### P0-5: 日期精度丢失

- **文件**：`SearchView.vue`
- **问题**：URL 中的 `date_from=2025-03-15` 恢复后变成 `2025-03-14` 或丢失
- **根因**：使用 `date_from`/`date_to` ref 存储（受 DatePicker 组件双向绑定影响），而非原始 URL 值
- **修复**：增加 `urlDateFrom`/`urlDateTo` ref 直接存储原始日期字符串

### P1 — 功能缺失（4 项）

#### P1-1: `[ALL]` 未注册

- **文件**：`pubmed_query_parser.py`
- **问题**：`[ALL]` tag 未在 `_FIELD_TAG_MAP` 和 `_ALL_FIELD_TAGS` 中注册，导致被 `is_pubmed_syntax()` 识别但 tokeniser 不识别 → `UNKNOWN_FIELD` → 静默降级
- **修复**：在 `_FIELD_TAG_MAP` 添加 `"ALL": "all"`，在 `_ALL_FIELD_TAGS` 添加 `"ALL"`

#### P1-2: 独立日期字段降级

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_dispatch_term`
- **问题**：`2024-01-01[DP]` 作为日期范围使用时正确，但作为独立字段值时（term.field 非 None 且非范围语法）被降级到 `plain_terms`
- **根因**：`_dispatch_term` 缺少 `term.field` 为日期字段名称时的独立处理分支
- **修复**：`_dispatch_term` 增加 DP/EDAT/CRDT/MHDA/LR/DCOM/DEP 裸字段处理→设置 `from=to=日期`

#### P1-3: 浮点日期范围不交换

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_parse_range`
- **问题**：`2026:2024[DP]` 只对纯 digit 做了交换，`2024-12-01:2024-01-01[DP]` 这种完整日期不交换
- **修复**：elif 增加非 digit ISO 字符串比较 + 交换

#### P1-5: MeSH entry_terms 大小写不敏感

- **文件**：`scripts/import_mesh_full.py`
- **问题**：Entry terms 导入时未统一 lowercase，`@>` 匹配区分大小写，导致 `cancer` 无法匹配 `Cancer`
- **修复**：`.lower()` 统一存储

### P3 — 健壮性（5 项）

| # | 修复项 | 文件 | 问题 | 修复 |
|---|--------|------|------|------|
| P3-2 | MeSH 展开无保护 | `search_engine.py` | `_expand_mesh_tag_ids` 和 `expand_atm` 的 DB 查询未包裹异常 | `try/except` 包裹 DB 查询块 |
| P3-4 | 参数无验证 | `features.py` | `sort`/`field`/`boolean` 参数接受任意值 | `field_validator` |
| P3-5 | GET 搜索无限制 | `literature.py` | 超长查询可耗尽资源 | 100 词上限 |
| P3-6 | 中文正则不一致 | `query_expansion.py` | 中文检测正则与 search_engine 不一致 | `[一-鿿㐀-䶿豈-﫿]` 同步 |
| P1-8 | page_size 未恢复 | `SearchView.vue` | URL 翻页参数丢失 | `restoreFromQuery` + `syncSearchToUrl` |

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## 第四轮：字段补全与语义优化

**提交**：`807972d`
**日期**：2026-07-27
**数量**：11 项
**触发**：系统跟踪遗留限制的逐个解决

### 背景

前三轮修复后仍有多项已知限制：8 个 PubMed 字段标签未注册、`[OT]` 语义过宽（映射到 `all`）、精确短语用 ILIKE 而非 GIN 索引。第四轮系统性地清理了这些残留项。

### 字段注册（8 项）

| # | 字段标签 | 映射目标 | 说明 |
|---|---------|---------|------|
| P4-1 | `[Title/Abstract]` | `all` | PubMed 长标签，等同 `[TIAB]` |
| P4-2 | `[OAB]` | `all` | Other Abstract |
| P4-3 | `[WORD]` | `all` | Word in text |
| P4-4 | `[FI]` | `GR` 同路径 | Funder Identifier，搜索 grant_id |
| P4-5 | `[SO]`/`[PL]` | `journal` | Source / Place of Publication（近似映射） |
| P4-6 | `[GEN]` | `gene_symbols` JSONB | 基因符号精确搜索（数据覆盖率依赖实际导入） |
| P4-7 | `[PMC]` | `pmc_id` 列 | PMCID 精确匹配（数据覆盖率依赖实际导入） |

**涉及修改**：
- `_ALL_FIELD_TAGS` set：新增 8 个标签名
- `_FIELD_TAG_MAP`：注册映射关系
- `_SPECIAL_FIELDS`：加 `OT`、`GEN`、`PMC`
- `ParsedPubmedQuery`：加 `ot_terms`/`gene_terms`/`pmc_terms` list
- `_dispatch_term`：加 3 个 elif 分支
- `search_engine.py`：两个 `has_pubmed_terms` gate 加新字段

### 语义修复（3 项）

#### P4-8: `[OT]` → keywords JSONB（不再映射到 all）

- **问题**：`[OT]` 映射到 "all" 意味着在标题/摘要/PMID/DOI 全字段搜索，语义过宽。PubMed 的 `[OT]` 只搜索 Other Keywords（`keywords` JSONB 列）
- **修复**：
  - `_dispatch_term` 将 `OT` 路由到 `ot_terms`（而非 `_FIELD_TAG_MAP` → `all` → `tiab_terms`）
  - `_pubmed_conditions` 增加 `ot_terms` 处理块：`GlobalLiterature.keywords.cast(JSONB).contains([t.text])`
  - `_single_term_condition` 增加 OT 分支

#### P4-10: phraseto_tsquery 精确短语

- **问题**：精确短语 `"immune checkpoint"` 用 ILIKE `%immune checkpoint%` 实现，无法利用 GIN 索引，全表扫描
- **修复**：`_field_condition` 的 `"all"` 字段精确短语路径从 ILIKE 改为 `search_tsv @@ phraseto_tsquery('english', term)`
- **限制**：通配符 `*` 时仍需 ILIKE（tsvector 不支持截词）

### 引擎改进（1 项）

#### P4-9: `[PMC]` 搜索 SQL

- `_pubmed_conditions` 增加第 9 块：`pmc_id == term.text` 精确匹配
- `_single_term_condition` 增加 PMC 分支

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## 第五轮：第 5 轮全面审计修复

**提交**：`275a9f6`
**日期**：2026-07-27
**数量**：4 项
**触发**：5 Agent 并行深度审计 + 第 2 轮规划核对

### 背景

第 4 轮后启动第 5 轮全面审计，5 个 agent 并行扫描 parser、engine、前端、文档。首先与第 2 轮审计计划（F1-F8）逐项核对，确认以下 8 项已在之前轮次完成：

| 计划 ID | 项目 | 完成轮次 | 状态 |
|---------|------|---------|------|
| F1 | `[MH:noexp]` 顶层支持 | 第 3/4 轮 | 已修复 |
| F2 | 组内 NOT De Morgan 律 | 第 2 轮 | 已验证正确 |
| F3 | `_parse_not_expr` NOT NOT 递归 | 第 4 轮 | 已修复 |
| F4 | SearchView Custom Range 日期 | 第 3 轮 | 已工作正常 |
| F5 | HomeView restoreFromUrl | 第 3 轮 | 已工作正常 |
| F6 | precision_mode 死代码 | 此前轮次 | 已移除 |
| F7 | is_oa 死字段 | 此前轮次 | 已注释 `unused` |
| F8 | `_expand_mesh_tag_ids` N+1 | 第 3/4 轮 | 已批量优化 |

实际在第 5 轮修复的 4 项均为 parser 边缘案例：

### P5-1: 尾部 NOT 导致 IndexError 降级

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_parse_not_expr` L498
- **问题**：`cancer NOT` — 解析器 `_is_primary_start` 包含 `NOT`，隐式 AND 逻辑尝试将 NOT 作为新词开始，但 NOT 之后无 token → `peek()` 越界抛 `IndexError` → 整个查询降级为纯文本拆分，`NOT` 作为字面搜索词（影响极小但产生异常）
- **根因**：`_parse_not_expr` 不检查是否已到 EOF
- **修复**：消费 NOT token 后立即检查 `peek().type == TokenType.EOF`，直接返回 `[]` 静默忽略

### P5-2: 单数字日期格式不被识别

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `parse_pubmed_query` L679
- **问题**：`2024-1-1[DP]` — tokeniser 的 DATE 模式只匹配 `\d{4}-\d{2}-\d{2}`，单数字月/日被解析为 `WORD('2024-1-1')` → `_dispatch_term` 设置 `date_from='2024-1-1'` → `date.fromisoformat()` 抛 `ValueError` → 日期条件被静默丢弃
- **根因**：tokeniser 前缺少单数字日期归一化
- **修复**：在 `parse_pubmed_query` 的 NFKC 归一化后增加 `YYYY-M-D → YYYY-MM-DD` 正则替换

### P5-3: `is_pubmed_syntax` 不处理全角字符

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `is_pubmed_syntax` L652
- **问题**：全角括号 `［TI］` 不被 `\[...\]` 识别 → 检出失败 → 走纯文本路径（解析器内 `parse_pubmed_query` 做 NFKC 但已不会进入）
- **根因**：`is_pubmed_syntax` 未做 NFKC 归一化、与 `parse_pubmed_query` 行为不一致
- **修复**：函数开头增加 `query = unicodedata.normalize('NFKC', query)`

### P5-4: `extract_pubmed_query_for_prisma` 不能处理 `[Title/Article]`

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `extract_pubmed_query_for_prisma` L706
- **问题**：归一化 regex `\[([\w:]+)\]` 不含 `/`，`[Title/Article]` 不被匹配、保持原文
- **根因**：regex 字符类不含 `/`
- **修复**：`[\w:]` → `[\w/:]`

### P5-5: Tokeniser 缺口字符被静默丢弃（BUG-7）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `tokenise()` L150
- **问题**：`finditer` 只输出匹配到的片段，`$`、`@` 等匹配不到的字符无声丢失
- **根因**：`_TOKEN_PATTERNS` 未覆盖所有可能字符，且无 fallback
- **修复**：在 `tokenise()` 中检测相邻 match 间的 gap，将非空 gap 作为 WORD 加入 token 流

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## 第六轮：第 6 轮全面审计修复（12 项）

**日期**：2026-07-27
**数量**：12 项（6 项已在前轮中应用 + 6 项新增）
**触发**：4 Agent 并行审计（Parser/Engine + API/Validation + Frontend + Integration）

### P6-1: Title/Abstract 字段标签大小写不匹配

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_FIELD_TAG_MAP` L54
- **问题**：`_FIELD_TAG_MAP` 只有 `"Title/Abstract"` 键，但解析器 `.upper()` 产生 `"TITLE/ABSTRACT"`，导致查表失败，该字段标签退化到 `plain_terms`（走 "all" 路径，结果正确但掩盖了 bug）
- **根因**：初始化 `FieldTagMapping` 时只写了原始大小写
- **修复**：增加 `"TITLE/ABSTRACT"` 大写键值对映射到 "all"

### P6-2: 末尾 OR 产生空 Term（BUG-2）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_parse_or_expr()` L466
- **问题**：`cancer OR ` 末尾操作符导致解析器尝试读取空 token，生成 `Term(text="")`，引起 `plainto_tsquery("english", "")` 报错
- **根因**：OR 后无表达式时，解析器仍尝试调用 `_parse_and_expr`，最终生成空 term
- **修复**：在 `_parse_or_expr` 中，advance 后检查 EOF 并 break

### P6-3: PubMed 降级路径 field 标签 regex 未覆盖 `/`（BUG-11）

- **文件**：`search_engine.py` L222
- **问题**：`re.sub(r'\[[\w-]+\]', '', query)` —— `[\w-]` 不含 `/`，`[Title/Abstract]` 不会被擦除，留在降级查询中作为普通文本
- **根因**：字符类缺 `/`
- **修复**：`[\w-]` → `[\w/-]`

### P6-4: ATM 展开未剥离括号（Flat Text BUG 5）

- **文件**：`search_engine.py` L284
- **问题**：`_atm_query` 仅执行 `replace('"', '').replace("'", '')`，未去除 `(` 和 `)`。`(lung cancer)` 作为 ATM 查询导致 `expand_atm` 搜索到 ` (lung cancer)` 而非 `lung cancer`，可能零匹配
- **修复**：增加 `replace('(', '').replace(')', '')`

### P6-5: 中文 MeSH name_zh 查询无 LIMIT（Flat Text BUG 4）

- **文件**：`search_engine.py` L229-235
- **问题**：`GlobalTag.name_zh.ilike(...)` 可能返回大量匹配（如 "癌"），导致 subquery 膨胀
- **修复**：追加 `.limit(100)` 限制

### P6-6: year_from / year_to 使用 falsy 检测（BUG-15）

- **文件**：`search_engine.py` L312-315
- **问题**：`if year_from:` 使 `year_from=0` 被当作假值跳过（0 不是有效年份，但语义上 "0" 应被忽略；改为 `is not None` 更安全）
- **根因**：Python falsy 检测对于 int 含 0
- **修复**：`if year_from:` → `if year_from is not None:`

### P6-7: `_parse_range` 混合类型日期范围无反向交换（BUG-8）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` _parse_range L601-606
- **问题**：`2026:2024-01-01[DP]` 不触发任何 swap（一个纯数字一个不是），导致 `year_from=2026`, `date_to=2024-01-01`（空范围）
- **根因**：反向 swap 条件只处理两端同类型
- **修复**：增加第三条件 `_start_is_digit and not _end_is_digit and int(start_val) > int(end_val[:4])`

### P6-8: Tokeniser 内部 gap 字符恢复（BUG-7 补充）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` tokenise L150
- **问题**：无 gap 处理时部分特殊字符丢失
- **修复**：记录 `last_end`，gap 中的非空白字符作为 WORD 输出

### P6-9: `[MH:noexp]` 顶层支持（F1）

- **文件**：`search_engine.py` _pubmed_conditions L660-674
- **状态**：已在第一阶段实现，审计确认正确（按 `_noexp` 标志分组处理）

### P6-10: 组内 NOT 语义 De Morgan（F2）

- **文件**：`search_engine.py` _pubmed_conditions L922-941
- **状态**：已在第二阶段实现，审计确认正确（`all_not` 标志 → `not_(combined)` 包裹）

### P6-11: `_parse_not_expr` 递归支持（F3）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` L498-509
- **状态**：已在第五阶段实现，审计确认正确（递归调用 `_parse_not_expr`）

### P6-12: 前端日期发送 + restoreFromUrl（F4+F5）

- **文件**：`SearchView.vue` L300-302、`HomeView.vue` L364-367
- **状态**：已在第五阶段实现，审计确认正确（custom range 已发送年/月参数、restoreFromUrl 已覆盖 sort/field/retracted/negative）

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## 各轮变更摘要

| 维度 | 第一轮 | 第二轮 | 第三轮 | 第四轮 | 第五轮 | 第六轮 |
|------|--------|--------|--------|--------|--------|--------|
| 修复数 | 34 | 8 | 14 | 11 | 4 | 12 |
| 后端文件变更 | 全部 | engine + parser | engine + parser + api | engine + parser | parser | engine + parser |
| 前端文件变更 | SearchView + HomeView + Card | SearchView + HomeView + Panel | SearchView + HomeView | 0 | 0 | 0 |
| 测试变更 | 新增 | +6 项 | 已有覆盖 | 0 | 0 | 0 |
| 新功能 | `[MH]`/`[EDAT]`/`[AD]`/`[LA]` 等 | — | — | `[GEN]`/`[PMC]`/`[Title/Abstract]` | — | — |
| 性质 | 从零搭建 | 审计修复 | 深度审计修复 | 字段补全 | 审计修复 | 深度审计修复 |

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## 第七轮：第 7 轮深度审计修复（20 项）

**日期**：2026-07-27
**数量**：20 项（4 Agent 第 2 轮并行审计）
**触发**：用户"再次全面、深入地检查、分析，消除漏洞"
**测试**：276 通过（新增 ~28 项），13 项预存失败

### P7-1: `isdecimal()` 非 ASCII 数字崩溃 PMID 检测（HIGH）

- **文件**：`search_engine.py` `search()` L245-246
- **问题**：`str.isdecimal()` 对阿拉伯数字 U+0660 等返回 True，但 `int()` 不接受非 ASCII 数字 → `ValueError`，搜索返回 500
- **根因**：Python 的 isdecimal() 包含 Unicode 数字字符，int() 只认 ASCII
- **修复**：`t.isdecimal()` → `re.match(r'^\d{1,15}$', t)`

### P7-2: 降级 regex `[\w/: -]` 兼容冒号

- **文件**：`search_engine.py` `search()` L219
- **问题**：`[MH:noexp]` 标签中的冒号不在 `[\w/-]` 内，降级后冒号残留
- **根因**：regex 缺少 `:` 和空格
- **修复**：`[\w/-]` → `[\w/: -]`

### P7-3: Parse 异常处理器清除字段标签/布尔符/引号

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `parse_pubmed_query()` L719-726
- **问题**：降级时 `query.strip().split()` 产生含 `"`、`[`、`]` 的碎片词，传递给 ATM 和 ILIKE 产生无意义匹配
- **根因**：降级路径未做任何清理
- **修复**：先用 regex 去掉 `[field]` 标签、AND/OR/NOT、引号和括号，再 split

### P7-4: `_parse_range` date:year 反向交换（第 4 分支）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_parse_range()` L621
- **问题**：`2026-06-01:2024[DP]` 开始日期、结束年份时未交换
- **根因**：缺少 `not _start_is_digit and _end_is_digit` 分支
- **修复**：增加第 4 分支处理 date:year 反向

### P7-5: `_pubmed_conditions` boolean_operator 应用到字段分组（HIGH）

- **文件**：`search_engine.py` `_pubmed_conditions()` L612, L635
- **问题**：字段分组（title、abstract 等）内全部用 `and_()` 组合，无视 `boolean_operator="or"`
- **根因**：字段分组硬编码 `and_()`
- **修复**：定义 `field_combine = or_ if boolean_operator=="or" else and_`

### P7-6: `_pubmed_conditions` boolean_operator 应用到无标签词（HIGH）

- **文件**：`search_engine.py` `_pubmed_conditions()` L652-659
- **问题**：纯文本词固定 AND，分开写的 `cancer OR tumor` 实际变 AND
- **根因**：plain_conds 硬编码 `and_()`
- **修复**：全部改用 `field_combine`

### P7-7: best_match 排序剥离字段标签

- **文件**：`search_engine.py` `search()` L497
- **问题**：sort=="best_match" 时未剥离标签词，`[TI]` 参与 ts_rank 产生噪音
- **根因**：条件只检查 `sort == "relevance"`
- **修复**：改为 `sort in ("relevance", "best_match")`

### P7-8: year_from/year_to 精确空值检测

- **文件**：`search_engine.py` `_pubmed_conditions()` L969-972
- **问题**：`if pp.year_from:` 当 year_from=0 时 falsy → 条件跳过
- **根因**：falsy 检测不适用于年份 0
- **修复**：`if pp.year_from is not None`

### P7-9: `_single_term_condition` SB 字段全量分发

- **文件**：`search_engine.py` `_single_term_condition()` L1100-1117
- **问题**：组内 SB 只有 nlm_subset 路径，PUBMED/MEDLINE/其他未处理
- **根因**：括号分组内调 `_single_term_condition`，与顶层分发不一致
- **修复**：复制顶层 SB 全量分发逻辑

### P7-10: journal_tiers/nlm_subsets 空条件预警

- **文件**：`search_engine.py` `search()` L336-341, L388-393
- **问题**：筛选项匹配 0 个期刊时条件被跳过，用户收到全量结果而非 0 结果
- **根因**：`if issns:` 保护，空→跳过
- **修复**：始终添加条件，空 ISSNS 时 0 结果 + `logger.warning`

### P7-11: ATM 展开异常日志化

- **文件**：`search_engine.py` `search()` L287, `_pubmed_conditions()` L655
- **问题**：flat text 和 pubmed 路径 ATM 异常都用裸 `except Exception: pass`
- **修复**：改为 `logger.exception()`

### P7-12: `_expand_mesh_tag_ids` 异常日志化

- **文件**：`search_engine.py` `_expand_mesh_tag_ids()` L1239, L1276
- **问题**：MeSH tag 查找和树展开的 `except Exception: pass`
- **修复**：改为 `logger.exception()`

### P7-13: 中文 name_zh ILIKE 加 LIMIT 100

- **文件**：`query_expansion.py` `_find_mesh_tags()` L99
- **问题**：中文 name_zh ILIKE 无 LIMIT，常见词匹配数千标签
- **根因**：英文 name_en ILIKE 已有 LIMIT 100，中文忘记加
- **修复**：`.limit(100)`

### P7-14: Cursor 分页使用 pub_date 优先（HIGH）

- **文件**：`SearchView.vue` L358
- **问题**：sort 是 pub_date 降序，cursor 却用 article_date → 数据错位/丢失
- **修复**：改为 `pub_date || article_date`

### P7-15: Null cursor 日期安全守卫

- **文件**：`SearchView.vue` L361-363
- **问题**：两个日期都为空时 cursor_date="" → `fromisoformat("")` ValueError → 静默回退 offset 分页
- **修复**：`delete keysetCursors.value[p+1]` 当两日期都为空

### P7-16: syncSearchToUrl 移到 finally 块

- **文件**：`SearchView.vue` L365, L373-376
- **问题**：搜索失败时 URL 状态不更新，下次搜索使用过时参数
- **修复**：移到 `finally` 块

### P7-17: 年份滑块清除 URL 日期

- **文件**：`SearchView.vue` `onYearSliderChange()` L89
- **问题**：拖动年份滑块后 URL 残留 `date_from`/`date_to` 与滑块设置冲突
- **修复**：添加 `urlDateFrom.value=''; urlDateTo.value=''`

### P7-18: resetAllFilters 清除 URL 日期

- **文件**：`SearchView.vue` `resetAllFilters()` L528
- **问题**：重置筛选后 urlDateFrom/urlDateTo 依然存在
- **修复**：添加 `urlDateFrom.value=''; urlDateTo.value=''`

### P7-19: MAX_TERMS 保护

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `tokenise()`
- **问题**：超长查询（>200 token）产生过多字段条件，数据库超时
- **修复**：扫描到 `MAX_TERMS=200` 后截断并记录 warning

### P7-20: `_FIELD_TAG_MAP` 补充 `TITLE/ABSTRACT` 大写键

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_FIELD_TAG_MAP`
- **问题**：解析器 `.upper()` 产生 `"TITLE/ABSTRACT"` 但 map 只有 `"Title/Abstract"`
- **修复**：增加大写键

### P7-21: PubMed 路径中文 tsquery 降级（D2）

- **文件**：`search_engine.py` `_field_condition("all")` L1198
- **问题**：PubMed 路径对无标签中文词（如 `肺癌` 在 `lung cancer OR 肺癌` 中）使用 `plainto_tsquery("english", 肺癌)` → tsvector 是英语配置 → 返回空 → 零结果。仅当 `[TI]`/`[AB]` 加字段标签或有通配符时才走 ILIKE
- **根因**：tsquery("english") 不索引中文字符
- **修复**：`_field_condition("all")` 默认路径新增中文检测 → ILIKE title/abstract 回退

### P7-22: 裸混合布尔 A OR B AND C 保留 AND 分组（D3）

- **文件**：`pubmed_query_parser.py` `_parse_or_expr()` L475
- **问题**：`A OR B AND C` 被拉平为 3 个 term OR：`A OR B OR C`。PubMed 语义应是 `A OR (B AND C)`
- **根因**：`_parse_or_expr` 对 `left`/`right` 做 `extend`，AND cluster 全部拉平
- **修复**：收集各 `_parse_and_expr` 结果为独立 cluster，OR 存在时将 >1 term 的 cluster 包装为 group + `group_operators="and"`。引擎 OR/mixed 模式将所有正条件 OR 合并，组内 AND

### P7-23: 混合布尔引擎分支 — boolean_operator="mixed" 丢失 OR

- **文件**：`search_engine.py` `_pubmed_conditions()` L616, L952
- **问题**：`A OR B AND C` → parser 产 `boolean_operator="mixed"`。引擎只处理了 `=="or"`，`"mixed"` 落到 else（AND），组间 OR 完全丢失
- **根因**：`boolean_operator` 有三种值（and/or/mixed），引擎只有二分支
- **修复**：`field_combine` 和 `term_conditions` 合并都改为 `in ("or", "mixed")`

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## 遗留限制

截至 2026-07-27，剩余 7 项已知限制：

| ID | 问题 | 原因 | 影响 |
|----|------|------|------|
| L2 | Affiliation JSONB cast 假阳性 | 需独立 affiliation 列 + Alembic 迁移 + 重新填充 | 低 |
| L3 | retracted "yes"="only" | 命名语义，SQL 条件相同 | 无影响 |
| L4 | OR-mode NOT 检测不可靠 | `UnaryExpression + _sa_ops.inv` 不可靠用于复合 NOT | 低 |
| L5 | 历史引用 `#N` 仅前端支持 | `#N` 是 localStorage UX 功能，仅在高级搜索前端内联展开 `resolveQuery()` 后发送到 API。后端无 `#` token 类型。API 直传 `#1` 被当普通文本。属于设计决策，非 bug | 无影响（前端已覆盖所有 user 路径） |
| L6 | `[SH]`/`[MAJR]` 依赖 MeSH 抽取质量 | 引擎逻辑正确（`mesh_headings JSONB contains qualifiers` / `global_literature_tag.is_major=True`），但结果完整性取决于 pipeline 的 XML 抽取是否漏标。2026-07-27 审计抽检 981 篇：漏标率 0.1%、误标率 0.0%。脚本见 `scripts/audit_mesh_major.py` | 低（当前数据质量良好） |
| L7 | 字段标签 REF/ISBN 未注册 | 低使用频率或数据缺失 | 低 |
| L8 | GIN 索引缺失（基因/chemicals 等） | 需 DBA 操作，生产数据量大 | 中（大表性能） |
| L9 | `_dispatch_term` 回归不可见 | 需字段级测试 | 低 |

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## 附录：测试覆盖统计

| 测试文件 | 用例数 | 范围 |
|---------|--------|------|
| `test_pubmed_query_parser.py` | ~40 | tokeniser、解析器、语法正确性 |
| `test_pubmed_search_integration.py` | ~60 | 字段映射、API 集成、前端格式 |
| `test_comprehensive_verify.py` | ~27 | 字段完整、NOT 语义、括号、日期 |
| `test_comprehensive_verify.py` | ~55 | 第 7 轮新增覆盖（full dispatch、boolean_operator、cursor 等） |
| **合计** | **276** | 全部通过 |

> **预存失败（13 项）**：9 项 `feed_engine` `StopAsyncIteration`（测试数据缺失） + 4 项 `pubmed_api` `_tag_article` import（函数已移入 pipeline）