34047007@qq.com
d4853f7f3f
根因：flat-text ATM 和 [MH] 展开返回 id IN (SELECT literature_id FROM global_literature_tags WHERE tag_id IN (...))。当该子查询与 tsvector/ILIKE 文本条件 OR 组合进 Filter 时，planner 因命中行数过大（生产 'cancer' 展开 51 tag → 47.7 万 literature_id）拒绝哈希为 initplan，改为 Materialize 反复重扫 Bitmap Heap Scan 54-75 次，主查询 15.3s 超时（本地仅 6.4 万行哈希一次 156ms）。 修复：改为关联 EXISTS（literature_id = global_literature.id AND tag_id IN）， 每外行一次 PK(literature_id, tag_id) 索引探测。生产 EXPLAIN 验证： IN+OR 15260ms → EXISTS+OR 43.7ms（350×）。三处同模式一并修复： - query_expansion.expand_atm（flat-text ATM） - search_engine._expand_mesh_tag_ids（[MH]/[MAJR]） - literature.search_literature 中文搜索标签注入 本地 IN/EXISTS 结果集逐行等价验证；全量 1007 tests passed。
SciLit Oncology — 肿瘤科文献管理平台
快速启动
# 1. 启动所有服务
docker compose up -d
# 2. 初始化数据库（首次）
docker compose exec backend alembic upgrade head
# 3. 访问
# 前端: http://localhost:5173
# 后端 API: http://localhost:8000/docs
# MinIO 控制台: http://localhost:9001 (minioadmin/minioadmin)
项目结构
backend/
├── app/
│ ├── main.py # FastAPI 入口
│ ├── config.py # 配置
│ ├── db.py # 数据库连接
│ ├── core/ # 核心：安全、权限、多租户中间件
│ ├── models/ # SQLAlchemy 模型 (32 张表)
│ ├── schemas/ # Pydantic 请求/响应
│ ├── api/v1/ # REST API 端点
│ └── tasks/ # ARQ 异步任务 (PubMed 管道)
├── alembic/ # 数据库迁移
└── config/specialties/ # 科室配置 (oncology.yaml)
frontend/
├── src/
│ ├── views/public/ # 公开页面 (无需登录)
│ ├── views/auth/ # 登录/注册
│ ├── views/app/ # 已登录应用页面
│ ├── stores/ # Pinia 状态管理
│ ├── api/ # Axios 封装
│ └── router/ # Vue Router
docs/ # 完整设计文档 (9 份)
技术栈
- 后端: FastAPI + SQLAlchemy 2.0 (async) + PostgreSQL 16 + Redis + Elasticsearch
- 前端: Vue 3 + Naive UI + Pinia + Vite
- 任务队列: ARQ
- 文件存储: MinIO / S3
- 多租户: PostgreSQL RLS + ContextVar 双层隔离
文档
详细的产品规划、数据库设计、标签体系、数据管道、UI 设计见 docs/ 目录。